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微生物 : Atopobium rimae

微生物株情報

NBRC番号 15546
学名 Atopobium rimae
別名（シノニム） Lactobacillus rimae
由来 IFO 15546 <- NCFB 2896 <- ATCC 49626 <- VPI (D140H-11A)
他保存機関番号 ATCC 49626=CCUG 31168=DSM 7090=JCM 10299=LMG 11476=NCFB 2896
他株番号 VPI D140H-11A
参考文献
1382033
Comparative sequence analyses of the 16S rRNA genes of Lactobacillus minutus, Lactobacillus rimae and Streptococcus parvulus: proposal for the creation of a new genus Atopobium. (FEMS Microbiol Lett. 1992)
1854640
Lactobacillus uli sp. nov. and Lactobacillus rimae sp. nov. from the human gingival crevice and emended descriptions of lactobacillus minutus and Streptococcus parvulus. (Int J Syst Bacteriol. 1991)

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タイプパターン 構成遺伝子 該当CDS
Alanine racemization(NFUNC_0063)
必須A
ALR
(NRULE_0228)
Alanine racemaseATORI0001_1500
Bacitracin resistance(NFUNC_0022)
必須A
UPPP
(NRULE_0097)
Undecaprenyl-diphosphataseATORI0001_0750
Malolactic fermentation(NFUNC_0070)
必須A
MLE
(NRULE_0233)
Malolactic enzymeATORI0001_0838
Metal-binding protein(NFUNC_0105)
必須A
MOP
(NRULE_0322)
Putative molybdenum-binding proteinATORI0001_0939 ATORI0001_1064
C
MODA
(NRULE_0324)
Molybdate ABC transporter substrate-binding proteinATORI0001_0023
Molybdate transport (ABC transporter)(NFUNC_0097)
必須A
MODA
(NRULE_0324)
Molybdate ABC transporter substrate-binding proteinATORI0001_0023
任意 
MODB
(NRULE_0325)
Molybdate ABC transporter permease proteinATORI0001_0022

ゲノム配列情報

BioProject IDPRJNA30999
ローカスタグHMPREF0086
INSDC entriesACFE01000000
ステータスWGS
解析状況
コンティグ数9
サイズ(bp) 1,626,291
遺伝子数 1,548
フィニッシングゴール
アセンブル方法
冗長度10-20x
シーケンス方法
参考文献
  • Lactobacillus uli sp. nov. and Lactobacillus rimae sp. nov. from the human gingival crevice and emended descriptions of lactobacillus minutus and Streptococcus parvulus. (Int J Syst Bacteriol. 1991) PMID: 1854640

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ゲノム塩基配列 CDS塩基配列 CDSアミノ酸変換配列 遺伝子/ORF リスト
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gz		 FASTA
gz		 TSV
uncompressed
496.2 KB 476.9 KB 312.3 KB 133.6 KB