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微生物 : Desulfovibrio magneticus

微生物株情報

NBRC番号 104933
学名 Desulfovibrio magneticus
別名(シノニム) 該当データなし
由来 Tokyo Univ. Agric. Technol. (T. Matsunaga, RS-1)?
他保存機関番号 DSM 13731=ATCC 700980=JCM 12223
他株番号 RS-1
参考文献
7537237
Phylogenetic analysis of a novel sulfate-reducing magnetic bacterium, RS-1, demonstrates its membership of the delta-Proteobacteria. (FEMS Microbiol Lett. 1995)
11837306
Desulfovibrio magneticus sp. nov., a novel sulfate-reducing bacterium that produces intracellular single-domain-sized magnetite particles. (Int J Syst Evol Microbiol. 2002)

推定保有機能 >>詳細

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タイプパターン 構成遺伝子 該当CDS
Alanine racemization(NFUNC_0063)
必須A
ALR
(NRULE_0228)
Alanine racemaseDMR_17650
Aminoglycoside resistance (by aminoglycoside N-acetyltransferase)(NFUNC_0041)
必須A
AAC3
(NRULE_0149)
Aminoglycoside N(3')-acetyltransferaseDMR_p1_00650
Bacitracin resistance(NFUNC_0022)
必須A
UPPP
(NRULE_0097)
Undecaprenyl-diphosphataseDMR_24020
Beta-lactam antibiotic resistance(NFUNC_0033)
必須D
BLAD
(NRULE_0125)
Beta-lactamase class DDMR_04670
Chloramphenicol resistance(NFUNC_0025)
必須A
CAT1
(NRULE_0107)
Chloramphenicol acetyltransferaseDMR_43300
Fosfomycin resistance(NFUNC_0023)
必須C
FOSX
(NRULE_0100)
Fosfomycin resistance protein FosXDMR_15460
Freeze resistance (by antifreeze protein)(NFUNC_0019)
必須A
AFP
(NRULE_0089)
Ice-structuring proteinDMR_26330
Metal-binding protein(NFUNC_0105)
必須A
MOP
(NRULE_0322)
Putative molybdenum-binding proteinDMR_12820 DMR_19500 DMR_19270 DMR_17720 DMR_17150 DMR_06550
C
MODA
(NRULE_0324)
Molybdate ABC transporter substrate-binding proteinDMR_17460 DMR_43860 DMR_17420 DMR_19530 DMR_19460
H
NIKR
(NRULE_0331)
Nickel-responsive transcriptional regulator NikRDMR_31750
Molybdate transport (ABC transporter)(NFUNC_0097)
必須A
MODA
(NRULE_0324)
Molybdate ABC transporter substrate-binding proteinDMR_43860 DMR_17420 DMR_17460 DMR_19460 DMR_19530
任意 
MODB
(NRULE_0325)
Molybdate ABC transporter permease proteinDMR_17470
 
MODC
(NRULE_0326)
Molybdate ABC transporter ATP-binding proteinDMR_17450
Nitrogenase(NFUNC_0094)
必須A
NIFD
(NRULE_0347)
Nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chainDMR_20530
NIFK
(NRULE_0348)
Nitrogenase molybdenum-iron protein beta chainDMR_20520
VNFH
(NRULE_0353)
Nitrogenase reductaseDMR_20560
Penicillin resistance(NFUNC_0047)
必須B
BLAD
(NRULE_0125)
Beta-lactamase class DDMR_04670

ゲノム配列情報

BioProject IDPRJDA32105
ローカスタグDMR
INSDC entriesAP010904
ステータスComplete
解析状況
コンティグ数3
サイズ(bp) 5,315,620
遺伝子数 4,706
フィニッシングゴール
アセンブル方法
冗長度
シーケンス方法
参考文献
  • Whole genome sequence of Desulfovibrio magneticus strain RS-1 revealed common gene clusters in magnetotactic bacteria. (Genome Res. 2009) PMID: 19675025

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ゲノム塩基配列 CDS塩基配列 CDSアミノ酸変換配列 遺伝子/ORF リスト
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TSV
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1.5 MB 1.4 MB 944.0 KB 349.9 KB