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Crypto_00080 : CDS information

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Organism
StrainATCC 53789
Entry nameCryptophycin 1
Contig
Start / Stop / Direction48,796 / 50,271 / + [in whole cluster]
48,796 / 50,271 / + [in contig]
Location48796..50271 [in whole cluster]
48796..50271 [in contig]
TypeCDS
Length1,476 bp (491 aa)
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Category3.4 other modification
Productputative halogenase
Product (GenBank)CrpH
Gene
Gene (GenBank)crpH
EC number
Keyword
Note
Note (GenBank)
  • halogenase
Reference
ACC
PmId
[17240975] Biosynthetic characterization and chemoenzymatic assembly of the cryptophycins. Potent anticancer agents from cyanobionts. (ACS Chem Biol. , 2006)
[17240971] Cryptophycin anticancer drugs revisited. (ACS Chem Biol. , 2006)
comment
[PMID: 17240975](2006)
comment in: [PMID: 17240971](2006)

cryptophycin生合成遺伝子を同定した論文。
Supplementary Table 1.
CrpH: non-heme halogenase

CrpHは、O-Met部分の隣の置換基でtyrosineの修飾をするpredicted halogenaseである。
DB比較では、rebeccamycinやpyoluterin pathwayのものも含むnon-heme flavin-dependent halogenasesに似ている。
よって、CrpHは様々なcryptophycin自然産物のUnitBにある芳香環のmono- and dichlorinationをすると予想される。
Related Reference
ACC
O87676
NITE
Balhi_00140
PmId
[11880037] Glycopeptide biosynthesis in Amycolatopsis mediterranei DSM5908: function of a halogenase and a haloperoxidase/perhydrolase. (Chem Biol. , 2002)
[15342578] Biosynthesis of chloro-beta-hydroxytyrosine, a nonproteinogenic amino acid of the peptidic backbone of glycopeptide antibiotics. (J Bacteriol. , 2004)
comment
BLAST id38%
Amycolatopsis balhimycina_bhaA
Halogenase

---
[PMID: 11880037](2002)
bhaAの8.5kb下流にあるORF(bhp)が明らかになった。BhaAとBhpはbalhimycin生合成でのClの取り込みを担う酵素として検討された。

in-frame欠損株を作成して解析。bhp欠損株ではbalhimycinを生産しなくなる。bhaA欠損株ではグリコシル化されているが塩素化されていないbalhimycinを生産した。

よってhalogenase BhaAのみがbalhimycinの塩素化に必要である。

---
[PMID: 15342578](2004)
beta-hydroxytyrosine (beta-HT)形成に関与するoxyDのmutantを利用して、塩素化の起こるタイミングを調査している。

oxyD mutantに塩素化されていないbeta-HTを与えると、塩素化されたbalhimycinが合成された。tyrosine前駆体がBhaAの天然基質であるなら塩素化されたbalhimycinは得られないはずなので、遊離beta-HTより早期生合成段階での塩素化反応は除外される。

また、遊離beta-HTが塩素化されてchloro-beta-HT (CHT)が形成されるかを確認するため、oxyD mutantにCHTを与えて培養したが活性のある化合物は産生されず、CHTはNRPSの基質として使用されなかった。

以上から、塩素化は遊離beta-HTの段階より後、たぶんbalhimycin heptapeptide coreの非リボソーム合成の際に起こると考えられる。

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selected fasta
>putative halogenase [CrpH]
MSTLPNSTQILIIGGGPSGSTAATLLAREGFDVTLLEREVFPRYHVGESLLPSALEIFDL
LGVREKIEAYGFQRKPGAYIEWGTEKWSLNFGELTGDNTYSFQVRRDEFDHLLLEHSKSQ
GVKVFEGTKIRQLSFDGDRPRSATWSQSNDTTGEISFDFMIDASGRAGIMATEYLKNRRL
HDVFQNVGIWGYWKNALRLPKGQSGAIALGSIPDGWVWGIPLDEEIMSVGVVMHKSTYKE
RLTKNLKDIYVEAIAECPLIADLVALGELVSDVKVEQDYSYTSDSFSGPAYFISGDAACF
LDPLLSSGVHLATYSALLAAASITSVIRGEVTESQAASFYDQSYRQAYLRFLVFVSAFYD
QNRGKDSYFWEAQRLSRRDFGSSNLKLAFLNLVSGVEDLEDAKEGIADFVMAEMSQRIQS
SHSIRQDKQALAIEREKGNEVMKTNAQFFNAVEGFSILSAVGAVDGLYVTTQPKLGLVQV
IPLQRNSLLHT
selected fasta
>putative halogenase [CrpH]
ATGTCTACACTGCCTAATTCCACACAGATTCTAATTATCGGAGGGGGACCTTCTGGATCT
ACTGCTGCTACCCTATTGGCTCGTGAGGGCTTTGATGTAACGCTGTTAGAACGAGAGGTA
TTCCCGCGTTACCACGTTGGGGAATCTCTTTTGCCCTCTGCTTTAGAAATTTTTGACCTG
CTTGGCGTACGCGAGAAAATTGAAGCTTATGGCTTTCAGCGTAAACCTGGAGCGTACATA
GAATGGGGAACGGAAAAGTGGAGCCTCAATTTTGGGGAACTTACGGGGGACAACACCTAC
AGCTTCCAAGTTCGCCGTGACGAATTCGACCACTTGCTTTTAGAGCATTCAAAGAGCCAG
GGTGTGAAGGTTTTTGAAGGGACTAAAATTCGCCAGTTGTCTTTTGATGGCGATCGCCCG
CGCAGCGCTACTTGGTCACAATCAAATGATACTACCGGGGAGATTTCTTTTGACTTTATG
ATTGACGCTTCAGGTCGTGCTGGGATCATGGCGACGGAGTATCTGAAAAACCGCCGTCTA
CACGACGTATTCCAGAATGTTGGCATCTGGGGGTACTGGAAAAACGCCTTGAGACTACCT
AAAGGTCAGTCGGGTGCGATTGCCTTGGGCTCCATTCCAGATGGTTGGGTGTGGGGAATT
CCTTTGGATGAGGAAATTATGAGCGTTGGTGTAGTGATGCATAAGTCAACCTACAAGGAG
AGACTGACTAAGAACTTGAAGGATATCTACGTGGAGGCGATTGCAGAGTGTCCCTTGATA
GCGGATCTGGTTGCACTAGGGGAGCTAGTCTCAGACGTGAAAGTTGAGCAAGATTACTCT
TACACTTCCGACTCCTTTTCAGGACCAGCCTACTTCATATCGGGAGACGCTGCTTGCTTC
CTAGACCCCCTACTATCGAGTGGGGTGCATCTTGCTACTTATAGCGCTTTGTTAGCCGCA
GCCAGTATCACAAGTGTTATACGTGGCGAGGTGACTGAGTCACAAGCTGCTTCTTTCTAC
GATCAGAGCTATCGGCAGGCTTATTTGCGTTTCTTAGTGTTCGTATCAGCCTTCTACGAT
CAAAACCGTGGCAAGGATTCCTATTTCTGGGAGGCACAACGGCTTAGTCGCCGTGACTTC
GGCAGTTCTAACCTAAAGCTAGCATTCTTGAATCTGGTGTCCGGCGTCGAGGACTTGGAG
GACGCTAAGGAGGGGATTGCCGATTTTGTTATGGCAGAGATGTCTCAGCGGATTCAGTCA
AGCCACAGCATTAGGCAAGACAAGCAGGCGTTGGCAATCGAAAGGGAAAAAGGTAACGAG
GTAATGAAGACAAATGCCCAGTTTTTCAATGCAGTCGAGGGATTTTCCATACTATCGGCA
GTTGGGGCAGTTGATGGTCTATATGTTACAACTCAGCCAAAATTAGGATTGGTACAGGTA
ATCCCTCTCCAAAGAAACTCTTTGCTCCACACTTAG

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BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR003042 Aromatic-ring hydroxylase-like (Domain)
[9-31] 2.00000075217457e-07 PR00420 [288-303] 2.00000075217457e-07 PR00420
PR00420   RNGMNOXGNASE
IPR006905 Tryptophan halogenase (Family)
[9-94] 8.30000000000004e-17 PF04820 [99-378] 4.5e-26 PF04820
PF04820   Trp_halogenase
SignalP
[1-22] 0.852 Signal
Bacteria, Gram-negative   
[1-22] 0.185 Signal
Eukaryota   
[1-22] 0.221 Signal
Bacteria, Gram-positive   
TMHMM No significant hit
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