FR008_00020 : CDS information

Location

Organism	Streptomyces sp.
Strain	FR-008
Entry name	FR-008
Contig	AY310323
Start / Stop / Direction	3,037 / 2,264 / - [in whole cluster] 3,037 / 2,264 / - [in contig]
Location	complement(2264..3037) [in whole cluster] complement(2264..3037) [in contig]
Type	CDS
Length	774 bp (257 aa)

Annotation

Category	2.2 modification addition of starter unit
Product	aminodeoxychorismate lyase 4-amino-4-deoxychorismate lyase
Product (GenBank)	PabC
Gene
Gene (GenBank)	pabC
EC number	4.1.3.38
Keyword	PABA
Note
Note (GenBank)	putative 4-amino-4-deoxychorismate lyase
Reference	ACC Q6W5R4 PmId [14652074] Organizational and mutational analysis of a complete FR-008/candicidin gene cluster encoding a structurally related polyene complex. (Chem Biol. , 2003) [19389784] Functional characterization of the first two actinomycete 4-amino-4-deoxychorismate lyase genes. (Microbiology. , 2009) comment [PMID: 14652074](2003) complete FR-008 gene clusterの報告。 pabC: ADC lyase @biosynthesis of starter unit PABA PabCはおそらく、PabABによって生成されたaminodeoxychorismate(ADC)をaromatized PABAとpyruvateに変換する。 pabCは、FR-008 polyketide合成におけるstarter unitであると予想されているp-aminobenzoic acid (PABA)合成に関与している。 chorismate→(PabAB)→ADC→(PabC)→PABA --- [PMID: 19389784](2009) pabC-1(=pabC)の不活化でFR-008産生はwildの20%まで減少。 pabC-1はE.coli pabC mutantを相補できる。同じ株からpabC-2も同定され（FR-008 cluster外のようだ）、不活化でFR-008産生をwildの57%まで減少。E.coli pabC mutant相補可能。 pabC-1/pabC-2 double mutantはFR-008産生をwildの4%しか保持せず。 in vitroでの個々の活性を測定。どちらも機能的なADC lyasesであった。 pabC-1/pabC-2どちらも一次代謝、二次代謝の両方に関与するADC lyasesである。

Sequence

>aminodeoxychorismate lyase [PabC]
MIELDGEPAGPEALASLALTNYGHFTTLLVENGRVRGLDLHLERLIRDCRTLFDAALDPD
RVRKLARRAAPTDGRATVRVTVFDPALNLGNIAADARPGILVTSRPAPDKPPGPLRVRSV
VHRRDLPEVKSVGLCPTLRLRRQAQRAGYDDVLFTGPDGDILEGGTWNVGLVRDGEVVWP
GGEVLAGTTRQLLRRATDGPTELVGLADLDSVEAVFATNAAVGVRPVTGIDDREFPAAHH
SVTRLAEIYQALPGSPL

>aminodeoxychorismate lyase [PabC]
ATGATCGAACTGGACGGGGAACCCGCCGGGCCCGAGGCGCTGGCCTCGCTCGCCCTCACC
AACTACGGCCATTTCACCACGCTGCTCGTCGAGAACGGCCGGGTGCGCGGGCTCGACCTC
CACCTGGAACGCCTCATCCGCGACTGCCGGACCCTCTTCGACGCGGCGCTCGACCCGGAC
CGGGTGCGGAAGCTCGCCCGCCGGGCGGCACCAACAGACGGCCGGGCCACCGTCCGTGTC
ACCGTCTTCGACCCGGCGCTGAACCTGGGGAACATCGCCGCCGACGCCCGGCCGGGCATC
CTGGTGACCTCCCGGCCCGCCCCCGACAAGCCCCCTGGTCCGCTGCGGGTACGTTCGGTG
GTCCACCGCCGCGACCTTCCCGAGGTGAAGTCGGTCGGCCTCTGTCCCACCCTGCGGCTG
CGCAGGCAGGCCCAACGGGCGGGTTACGACGACGTGCTGTTCACGGGCCCCGACGGCGAC
ATCCTGGAGGGCGGCACCTGGAACGTCGGCCTGGTGCGCGACGGCGAGGTGGTCTGGCCC
GGCGGGGAGGTGCTGGCCGGCACGACCCGGCAGCTGCTGCGGCGGGCCACCGACGGTCCC
ACCGAACTGGTCGGCCTCGCGGACCTCGACTCAGTCGAGGCGGTCTTCGCGACCAACGCC
GCCGTCGGGGTCCGTCCCGTCACCGGCATCGACGACCGTGAGTTCCCGGCGGCCCATCAC
TCGGTGACCCGGCTCGCGGAGATCTACCAGGCACTTCCCGGCTCCCCGCTCTGA

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR001544 Aminotransferase, class IV (Family) SSF56752 Aminotrans_IV PF01063 Aminotran_4
SignalP	No significant hit
TMHMM	No significant hit

FR008_00010 FR008_00030