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Pimar_00020 : CDS information

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Organism
StrainATCC 27448 (=NBRC 13367)
Entry namePimaricin
Contig
Start / Stop / Direction4,305 / 3,727 / - [in whole cluster]
1,644 / 1,066 / - [in contig]
Locationcomplement(3727..4305) [in whole cluster]
complement(1066..1644) [in contig]
TypeCDS
Length579 bp (192 aa)
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Category4.1 transcriptional regulator
ProductLuxR family transcriptional activator
Product (GenBank)PimM protein
Gene
Gene (GenBank)pimM
EC number
Keyword
Note
Note (GenBank)
Reference
ACC
PmId
[17768260] PimM, a PAS domain positive regulator of pimaricin biosynthesis in Streptomyces natalensis. (Microbiology. , 2007)
[21187288] Molecular control of polyene macrolide biosynthesis: direct binding of the regulator PimM to eight promoters of pimaricin genes and identification of binding boxes. (J Biol Chem. , 2011)
[22693644] Hierarchical Control on Polyene Macrolide Biosynthesis: PimR Modulates Pimaricin Production via the PAS-LuxR Transcriptional Activator PimM. (PLoS One. , 2012)
comment
[PMID: 17768260](2007)
pimMのシークエンス、配列解析、遺伝子操作実験。

pimMのC末HTH DNA-binding domainを欠くと、pimaricin非産生。pimM geneで相補され、pimaricin産生回復。
promoter下でpimMを発現すると、pimaricin産生増加。
pimaricin gene clusterの18genesの発現量をwildとpimM(-) mutantで確認している。
pimM(-) mutantでは、pimS0, pimS1などの発現が見られない。

以上から、1つめのpathway-specific regulatorであるPimRとは独立して、PimMがpimaricin生合成のpositive regulatorとして働くことが示された。

--
[PMID:21187288](2011)
transcriptional activator PimMのpromoter結合についての調査。binding siteの同定。
PimMはpimaricin clusterの8つのpromotersに直接結合する。

--
[PMID: 22693644](2012)
pimMの発現はPimRの制御を受けることが実験的に確認されている。
pimaricin非産生pimR mutantは、pimMを恒常的に発現することにより、pimaricin産生を回復する。

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selected fasta
>LuxR family transcriptional activator [PimM protein]
MASLDRTLTIQQANQEFFRQFNGSSEDICGRNFRDVVHPSVQQPLVRQFSNLLEGKHQRF
VTPVIAVGPGEESAFTVPLTAVAVRGGLPDTTAILVMMPSAGDAEGTRVVTKRKKILSAM
DARILEGIAAGVSTVPLAARLYLSRQGVEYHVTCLLRKLKVPNRAALVSRAYSMGVLKVG
IWPPEVVDDFVK
selected fasta
>LuxR family transcriptional activator [PimM protein]
ATGGCGAGCCTTGATAGAACATTGACCATCCAGCAGGCGAACCAGGAGTTCTTCCGGCAG
TTCAACGGCTCGTCCGAGGACATATGCGGCCGCAATTTCCGTGACGTGGTGCACCCGAGC
GTGCAGCAGCCGCTGGTGCGCCAATTCTCCAATTTACTGGAAGGTAAGCACCAGCGATTC
GTCACGCCCGTCATCGCCGTGGGGCCCGGCGAGGAGTCCGCCTTCACCGTTCCCCTCACC
GCGGTCGCGGTACGCGGTGGCCTGCCCGACACGACCGCGATCCTGGTCATGATGCCCTCG
GCCGGGGACGCCGAGGGGACGCGCGTGGTGACCAAACGCAAGAAGATCCTCTCCGCGATG
GACGCGCGCATCCTCGAAGGCATCGCCGCCGGCGTCTCCACCGTCCCCTTGGCGGCACGG
CTCTACCTCAGCCGGCAGGGCGTCGAGTACCACGTGACCTGCCTGCTGCGGAAGCTGAAG
GTACCCAACCGCGCCGCGCTGGTCTCCCGTGCCTACTCCATGGGCGTGCTCAAGGTCGGC
ATCTGGCCGCCCGAGGTCGTGGACGACTTCGTGAAGTGA

close this sectionFeature

BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR000014 PAS domain (Domain)
[1-56] PS50112
PS50112   PAS
IPR000792 Transcription regulator LuxR, C-terminal (Domain)
[116-170] 4.7e-08 PF00196
PF00196   GerE
[110-175] PS50043
PS50043   HTH_LUXR_2
[114-171] 2.90000036269908e-08 SM00421
SM00421   HTH_LUXR
IPR011991 Winged helix-turn-helix transcription repressor DNA-binding (Domain)
[102-178] 6.40000000000001e-12 G3DSA:1.10.10.10
G3DSA:1.10.10.10   Wing_hlx_DNA_bd
IPR013656 PAS fold-4 (Domain)
[3-87] 2e-06 PF08448
PF08448   PAS_4
IPR016032 Signal transduction response regulator, C-terminal effector (Domain)
[95-181] 3.0999994589937e-11 SSF46894
SSF46894   Bipartite_resp_reg_C-effector
SignalP No significant hit
TMHMM No significant hit
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