Pimar_00030 : CDS information

Location

Organism	Streptomyces natalensis
Strain	ATCC 27448 (=NBRC 13367)
Entry name	Pimaricin
Contig	AM493721
Start / Stop / Direction	4,702 / 6,744 / + [in whole cluster] 2,041 / 4,083 / + [in contig]
Location	4702..6744 [in whole cluster] 2041..4083 [in contig]
Type	CDS
Length	2,043 bp (680 aa)

Annotation

Category	4.1 transcriptional regulator
Product	transcriptional activator(fragment)
Product (GenBank)	PimR protein
Gene
Gene (GenBank)	pimR
EC number
Keyword
Note
Note (GenBank)
Reference	ACC A7DWM2 comment PimR protein (Fragment) PimMの解析時に読まれた配列。全長は別entry(Q70DY8)で登録されている。
Related Reference	ACC Q70DY8 PmId [15090496] Identification of PimR as a positive regulator of pimaricin biosynthesis in Streptomyces natalensis. (J Bacteriol. , 2004) [22693644] Hierarchical Control on Polyene Macrolide Biosynthesis: PimR Modulates Pimaricin Production via the PAS-LuxR Transcriptional Activator PimM. (PLoS One. , 2012) comment pimaricin cluster報告論文におけるOrfXの全長が読まれ、別のUniProt entry PimRとして登録されている。 -- [PMID: 15090496](2004) pimR置換でpimaricin非産生。gene clusterの自身を除いたすべてのgenes(特にpimE)はPimRのdeletionで転写抑制。 pimaricin gene clusterに属するすべての遺伝子の転写を活性化するが、pimR自身の転写は活性化しないことが実証された。 N末にSARP domainを持つが、pimaricin生合成genesのpromoter推定領域での配列解析から、おそらくSARPsとは異なる調節パターンに従うと判断されている。 -- [PMID: 22693644](2012) PimRはpimM(transcriptional activatorをコード)の発現レベルを調節することにより、pimaricin産生におけるpositive effectを発揮することが実験的に確認されている。 PimR SARP domainの結合promoter同定、mutantsでの転写産物定量など。 pimaricin非産生pimR mutantは、pimMを恒常的に発現することにより、pimaricin産生を回復する。

Sequence

>transcriptional activator(fragment) [PimR protein]
MPAPPTANVSPATTGQAELLLSVLGPMSARYNGQDLPLGPPRRRTLLALLLIRLGRVVPT
ELLVEELWGDEPPRHAVATLQSHVSHLRRALHTVTEMGQLSVLRHRTPGYVLHLDPEQVD
ACRFERLVTDGRRLLEQRDPRTAQARLTEALGLWHGSPYAEFDGHPPLSDERSRLEQIRL
TAVESCAEARLALGAAEEVAAALDGEARRHPTRERLVGHLMTALSQLGRQAEALEVYERT
RSHLVEEFGVDTAAELRRVRTAILRQEPGASAPSKKLPPTPVESTRASYVPLVRNETGDD
GVADSAESAGFEGSGEGRTAVTPQGRGRAVATDDGNGTDGSTAAVEREGITGTDARPESR
TDVPPGARADAAGTPAGTAAWRPIPGPIPGPEHAPSAAPGAGETPEFESGWTAAPSPFIG
RGPDLDRLTTAAASAVVGHGHVAGVLGPPGVGKTRLLLELAARLESMDAQENGSRLEVIW
SHCFPGDGVPPYWLWTQILRQLSATRPDAFREATEPYGALLAPLMPERSADRVEGTKWTS
DWSQARFLAHDAVCEVLLTLAGQHPLVLLLEDLQWADTASLDLLRLLSPRCQGHPLGIVL
TARKFETESDATLRRIVSDVLRGPRTATLRLCGLPRQAVGALVEAHAGSGVDPEVVEVLH
RRSEGNPYFVMQLLSLVGDAR

>transcriptional activator(fragment) [PimR protein]
ATGCCCGCACCACCGACCGCAAACGTGTCACCTGCAACGACCGGCCAGGCTGAGCTCTTA
CTGAGTGTTCTGGGGCCCATGTCGGCGCGATACAACGGGCAGGACCTGCCACTCGGTCCG
CCACGCCGGCGCACGCTGCTCGCCCTGCTGCTCATACGCCTCGGCCGCGTGGTGCCCACC
GAACTGCTGGTGGAGGAACTGTGGGGTGACGAACCACCCCGTCACGCCGTCGCCACACTC
CAAAGCCATGTCTCGCATCTGCGCCGCGCCCTGCATACAGTGACGGAAATGGGCCAACTT
TCGGTGCTGCGTCACCGGACGCCCGGTTATGTCCTCCATCTCGACCCCGAACAGGTCGAT
GCCTGCCGCTTCGAGCGGCTGGTCACCGACGGACGGCGGCTGCTGGAGCAGCGCGATCCG
CGCACCGCGCAGGCCCGGCTCACCGAGGCGCTGGGGCTGTGGCACGGCTCGCCCTACGCG
GAGTTCGACGGCCATCCGCCGCTCAGCGACGAGCGCTCCCGACTCGAACAGATCCGGCTC
ACCGCCGTGGAGTCCTGCGCGGAGGCCCGGCTGGCTCTCGGCGCGGCCGAAGAGGTCGCC
GCCGCTCTGGACGGGGAGGCACGCCGTCATCCCACCCGGGAGCGGCTGGTCGGCCACCTC
ATGACGGCACTGTCCCAACTCGGGCGGCAGGCCGAGGCACTTGAGGTGTACGAGCGGACG
CGTAGTCATCTGGTCGAGGAGTTCGGCGTGGACACCGCGGCGGAACTACGCCGGGTCAGA
ACCGCGATCCTGCGCCAGGAGCCGGGAGCGAGCGCCCCCTCGAAGAAGCTGCCTCCCACA
CCAGTTGAGTCCACCCGGGCGTCATATGTCCCGCTCGTGAGGAACGAGACCGGTGACGAC
GGAGTAGCGGACTCCGCGGAGTCCGCGGGCTTCGAGGGCTCCGGGGAGGGGAGGACGGCC
GTCACGCCCCAGGGGCGCGGCCGGGCGGTGGCGACCGACGACGGCAACGGGACGGACGGC
TCCACGGCGGCCGTCGAGCGCGAGGGGATCACAGGGACCGACGCGCGCCCGGAGTCGCGA
ACCGATGTGCCGCCGGGCGCGCGGGCGGACGCCGCCGGCACACCAGCAGGGACAGCCGCG
TGGCGGCCGATACCCGGGCCGATCCCCGGGCCGGAACACGCGCCGTCAGCCGCCCCGGGG
GCCGGCGAAACCCCGGAGTTCGAGTCGGGGTGGACGGCTGCCCCCTCGCCGTTCATCGGC
CGCGGCCCGGACCTCGACCGCCTGACGACCGCCGCCGCGAGCGCGGTCGTGGGCCACGGC
CATGTGGCCGGCGTCCTCGGCCCCCCAGGAGTCGGAAAGACCCGCCTGCTGCTGGAACTT
GCGGCACGGCTGGAGAGCATGGACGCGCAGGAGAACGGCTCCAGGCTGGAGGTGATCTGG
AGCCACTGCTTCCCCGGCGACGGCGTCCCCCCCTACTGGCTCTGGACCCAGATCCTGCGG
CAGCTGTCCGCCACCCGGCCGGATGCCTTTCGCGAGGCGACGGAACCGTACGGCGCCCTG
CTCGCCCCCCTGATGCCCGAGCGGTCGGCGGACCGGGTCGAAGGCACGAAATGGACCTCC
GACTGGTCCCAGGCCCGCTTCCTCGCCCACGACGCGGTCTGCGAGGTGTTGCTCACCCTC
GCCGGGCAACACCCGCTCGTGCTGCTCCTGGAAGACCTGCAATGGGCGGACACCGCCTCC
CTCGACCTGCTCAGGCTGCTGAGCCCCCGCTGCCAGGGCCATCCGCTCGGCATCGTGCTC
ACGGCCCGGAAGTTCGAAACCGAGTCGGACGCCACGCTGCGCCGGATAGTCTCCGACGTC
CTACGCGGCCCCAGGACCGCGACGCTGCGGCTCTGCGGGCTCCCCCGGCAGGCCGTCGGC
GCCCTCGTCGAGGCACATGCAGGGTCCGGTGTGGACCCGGAGGTTGTCGAGGTGCTGCAC
CGGCGCAGCGAAGGCAACCCGTACTTCGTGATGCAGCTTCTCTCCCTCGTGGGGGACGCG
CGT

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR001867 Signal transduction response regulator, C-terminal (Domain) PF00486 Trans_reg_C SM00862 Trans_reg_C IPR005158 Bacterial transcriptional activator domain (Domain) PF03704 BTAD SM01043 BTAD IPR011991 Winged helix-turn-helix transcription repressor DNA-binding (Domain) G3DSA:1.10.10.10 Wing_hlx_DNA_bd IPR016032 Signal transduction response regulator, C-terminal effector (Domain) SSF46894 Bipartite_resp_reg_C-effector
SignalP	Eukaryota Bacteria, Gram-negative
TMHMM	No significant hit

Pimar_00020 Pimar_00031