Pimar_00031 : CDS information

Location

Organism	Streptomyces natalensis
Strain	ATCC 27448 (=NBRC 13367)
Entry name	Pimaricin
Contig	AJ278573
Start / Stop / Direction	6,746 / 8,830 / + [in whole cluster] 2 / 2,086 / + [in contig]
Location	6746..8830 [in whole cluster] 2..2086 [in contig]
Type	CDS
Length	2,085 bp (694 aa)

Annotation

Category	4.1 transcriptional regulator
Product	transcriptional activator(fragment)
Product (GenBank)	hypothetical protein
Gene	pimR
Gene (GenBank)
EC number
Keyword
Note
Note (GenBank)	ORFX
Reference	ACC Q9EWA5 PmId [11094342] A complex multienzyme system encoded by five polyketide synthase genes is involved in the biosynthesis of the 26-membered polyene macrolide pimaricin in Streptomyces natalensis. (Chem Biol. , 2000) comment pimaricin biosynthetic gene clusterの報告。 OrfX: None (N末truncated)
Related Reference	ACC Q70DY8 PmId [15090496] Identification of PimR as a positive regulator of pimaricin biosynthesis in Streptomyces natalensis. (J Bacteriol. , 2004) [22693644] Hierarchical Control on Polyene Macrolide Biosynthesis: PimR Modulates Pimaricin Production via the PAS-LuxR Transcriptional Activator PimM. (PLoS One. , 2012) comment OrfXの全長が読まれ、別のUniProt entry PimRとして登録されている。 -- [PMID: 15090496](2004) pimR置換でpimaricin非産生。gene clusterの自身を除いたすべてのgenes(特にpimE)はPimRのdeletionで転写抑制。 pimaricin gene clusterに属するすべての遺伝子の転写を活性化するが、pimR自身の転写は活性化しないことが実証された。 N末にSARP domainを持つが、pimaricin生合成genesのpromoter推定領域での配列解析から、おそらくSARPsとは異なる調節パターンに従うと判断されている。 -- [PMID: 22693644](2012) PimRはpimM(transcriptional activatorをコード)の発現レベルを調節することにより、pimaricin産生におけるpositive effectを発揮することが実験的に確認されている。 PimR SARP domainの結合promoter同定、mutantsでの転写産物定量など。 pimaricin非産生pimR mutantは、pimMを恒常的に発現することにより、pimaricin産生を回復する。

Sequence

>transcriptional activator(fragment) [hypothetical protein]
TRPDAFREATEPYGALLAPLMPERSADRVEGTKWTSDWSQARFLAHDAVCEVLLTLAGQH
PLVLLLEDLQWADTASLDLLRLLSPRCQGHPLGIVLTARKFETESDATLRRIVSDVLRGP
RTATLRLCGLPRQAVGALVEAHAGSGVDPEVVEVLHRRSEGNPYFVMQLLSLVGDARRLH
RPDAVDALLAHIPTGVREALNQRFAALPEPVLRVLRLCAVIGAEVDTDLLRRTATCDASV
NAGLESAIRAGLLGEDPHHPGQLHFAHALVQETLFDELPRADRRRLHAKVADALYARRRG
HVGDEEIERVAHHSWHAKSALPAAEVLPRLLLAAEHAEQAMAYEQVEIWLRRAVHLVGFL
PPDDPATVRLEQKLHIQLGQVLATTRGYGHPEAETALTRGRALSTVTHAPEDPSVLWALC
AASLVTGRYDASRQLSGLLRDLSWQTREPVAVLGAAYGEGIVLHVRGMLPQALAELEHGV
ERADHFANEGHALARTFQHDPRVSCRSYNTFTHWLLGHRQIADARRRELLSLTEYESRPS
DRSFALYVDGVVAAWEGDTRTALASSDEGVRVAGDHGLLYWKAMLGVVKGWGLVHAGDRD
EGLALMHTSLAELGQSRTYLRHPLHLGLLGQAQHHNGQIEEARTTFRMLLAAVEQRRERV
YLHPALPATPLLHELLGHGADEALADRDPGRGQV

>transcriptional activator(fragment) [hypothetical protein]
ACCCGGCCGGATGCCTTTCGCGAGGCGACGGAACCGTACGGCGCCCTGCTCGCCCCCCTG
ATGCCCGAGCGGTCGGCGGACCGGGTCGAAGGCACGAAATGGACCTCCGACTGGTCCCAG
GCCCGCTTCCTCGCCCACGACGCGGTCTGCGAGGTGTTGCTCACCCTCGCCGGGCAACAC
CCGCTCGTGCTGCTCCTGGAAGACCTGCAATGGGCGGACACCGCCTCCCTCGACCTGCTC
AGGCTGCTGAGCCCCCGCTGCCAGGGCCATCCGCTCGGCATCGTGCTCACGGCCCGGAAG
TTCGAAACCGAGTCGGACGCCACGCTGCGCCGGATAGTCTCCGACGTCCTACGCGGCCCC
AGGACCGCGACGCTGCGGCTCTGCGGGCTCCCCCGGCAGGCCGTCGGCGCCCTCGTCGAG
GCACATGCAGGGTCCGGTGTGGACCCGGAGGTTGTCGAGGTGCTGCACCGGCGCAGCGAA
GGCAACCCGTACTTCGTGATGCAGCTTCTCTCCCTCGTGGGGGACGCGCGTAGACTCCAT
CGCCCGGATGCGGTTGACGCGCTCCTGGCGCACATTCCCACCGGCGTGCGCGAGGCGCTG
AACCAGCGGTTCGCCGCGCTGCCCGAACCGGTCCTGCGGGTGCTTCGACTGTGCGCCGTC
ATCGGCGCCGAGGTGGACACCGACCTGTTGCGCCGGACCGCCACCTGCGACGCATCGGTC
AACGCGGGTCTTGAGTCGGCCATCCGTGCCGGCCTGCTCGGGGAGGACCCGCACCACCCG
GGGCAGCTGCACTTCGCTCATGCCCTGGTCCAGGAGACGCTCTTCGACGAGCTTCCCCGT
GCGGATCGCCGCCGTCTGCACGCCAAGGTCGCCGACGCACTGTACGCACGCAGGCGCGGG
CACGTGGGGGACGAGGAGATCGAGCGGGTGGCACATCACAGCTGGCACGCCAAGAGTGCG
CTGCCGGCCGCCGAGGTGCTGCCCCGGCTGCTGCTCGCCGCGGAACACGCCGAGCAGGCC
ATGGCGTACGAGCAGGTGGAGATCTGGCTGCGCCGCGCAGTGCACCTGGTCGGCTTCCTG
CCCCCGGACGATCCCGCCACGGTGAGGCTGGAACAGAAACTGCACATCCAACTCGGCCAG
GTACTCGCCACCACTCGCGGCTACGGCCACCCCGAGGCCGAGACGGCATTGACGCGCGGT
CGCGCCCTCAGCACGGTCACGCATGCCCCCGAGGACCCGTCGGTGCTCTGGGCGCTGTGC
GCGGCGTCCCTGGTCACCGGCCGCTACGACGCCTCACGGCAGCTGTCCGGCCTGCTGCGG
GACCTCTCGTGGCAGACCCGGGAGCCCGTGGCGGTGCTCGGTGCGGCGTACGGCGAAGGC
ATCGTGCTGCATGTGCGCGGAATGCTGCCGCAGGCGCTCGCCGAATTGGAGCACGGCGTC
GAAAGGGCAGATCATTTCGCCAACGAGGGGCATGCGCTGGCGCGTACCTTCCAGCACGAC
CCACGCGTCTCCTGCCGCTCCTACAACACCTTCACCCACTGGCTCCTCGGACACCGGCAG
ATCGCCGACGCGCGCCGACGCGAGCTGTTGAGCCTCACCGAGTACGAGAGCAGGCCGTCC
GACCGCTCCTTCGCGCTGTACGTGGACGGGGTCGTGGCGGCTTGGGAGGGTGACACCCGC
ACCGCACTCGCCTCTAGCGACGAGGGCGTCCGTGTTGCGGGCGACCATGGGCTTCTCTAC
TGGAAGGCGATGCTGGGCGTCGTCAAAGGGTGGGGCCTGGTGCACGCAGGAGACCGCGAC
GAGGGTCTCGCCCTGATGCACACCTCGCTGGCCGAACTGGGCCAGTCCAGAACGTACTTA
CGCCACCCGCTCCATCTGGGCCTGTTGGGCCAGGCCCAACATCACAACGGGCAGATCGAG
GAGGCGAGGACGACCTTCCGGATGCTGCTGGCCGCCGTGGAACAACGCCGCGAGCGCGTG
TACCTCCACCCGGCACTGCCCGCGACTCCGCTGCTCCACGAACTGCTGGGCCACGGTGCC
GACGAGGCGCTCGCGGACCGGGACCCAGGACGGGGCCAAGTCTAA

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR011717 Tetratricopeptide TPR-4 (Repeat) PF07721 TPR_4 IPR011990 Tetratricopeptide-like helical (Domain) G3DSA:1.25.40.10 TPR-like_helical
SignalP	No significant hit
TMHMM	No significant hit

Pimar_00030 Pimar_00040