Pimar_00040 : CDS information

Location

Organism	Streptomyces natalensis
Strain	ATCC 27448 (=NBRC 13367)
Entry name	Pimaricin
Contig	AJ278573
Start / Stop / Direction	8,934 / 10,310 / + [in whole cluster] 2,190 / 3,566 / + [in contig]
Location	8934..10310 [in whole cluster] 2190..3566 [in contig]
Type	CDS
Length	1,377 bp (458 aa)

Annotation

Category	2.3 modification addition of sugar moiety
Product	GDP-mycosamine glycosyltransferase
Product (GenBank)	PimK protein
Gene
Gene (GenBank)	pimK
EC number
Keyword	mycosamine
Note
Note (GenBank)
Reference	ACC Q9EWA4 PmId [11094342] A complex multienzyme system encoded by five polyketide synthase genes is involved in the biosynthesis of the 26-membered polyene macrolide pimaricin in Streptomyces natalensis. (Chem Biol. , 2000) [19362642] Enzymology of the polyenes pimaricin and candicidin biosynthesis. (Methods Enzymol. , 2009) [23324745] In vivo investigation of the substrate recognition capability and activity affecting amino acid residues of glycosyltransferase FscMI in the biosynthesis of candicidin. (Mol Biosyst. , 2013) comment [PMID: 11094342](2000) pimaricin biosynthetic gene clusterの報告。 PimK: glycosyl transferase pimK productは哺乳類のgalactosyl and glucuronosyl transferasesに弱い類似性あり。pimaricinのaglyconeにsugar moiety(mycosamine)を移すのに関連するかもしれないが、実験で確認することが必要。 --- [PMID: 19362642](2009) pimKの不活化は主要産物としてaglycone 4,5-de-epoxypimaricinolide形成をもたらす。よってmycosamineでのglycosylationはpimaricin生合成経路で最後から2番目のステップである。このaglycone産物は非常に不安定で抗真菌活性なし。 (unpublished results) --- [PMID: 23324745](2013) abstract: putative glycosyltransferase(GT)をコードするfscMI のmutant株で、amphDI, nysDI, pimKなどの相同なGT genesは、candicidin aglycone → candicidin/FR-008-III への変換を触媒できる。また、PKSのDH11 domainの不活化でpolyketide骨格が変化してもmycosamineを持つ新規polyene派生体が導かれ、これらpolyene GTsの基質特異性がゆるいことが確認された。
Related Reference	ACC Q6W5Q9 NITE FR008_00070 PmId [14652074] Organizational and mutational analysis of a complete FR-008/candicidin gene cluster encoding a structurally related polyene complex. (Chem Biol. , 2003) [23324745] In vivo investigation of the substrate recognition capability and activity affecting amino acid residues of glycosyltransferase FscMI in the biosynthesis of candicidin. (Mol Biosyst. , 2013) comment 4th(Q6W5Q9) 68%, 1e-178 Streptomyces sp. FR-008_fscMI glycosyltransferase --- [PMID: 14652074](2003) complete FR-008 gene clusterの報告。 fscMI : glycosyltransferase @attachment of mycosamine FscMI を妨害されたmutantではFR-008の抗真菌力価が下がる。そしてLC-MSn analysisによって得られた質量差から、そのmutantではmycosamineからHへの置換が起きている、つまりmycosamineが付着できていないことを確認。よってFscMI はFR-008のaglyconeへのC21での糖(mycosamine)の付着を担う。 --- この間に、candicidinとFR-008が一致した要素のmixtureであるという報告がある。産生株が異なる。 candicidin: S. griseus IMRU 3570 FR-008: Streptomyces sp. FR-008 --- [PMID: 23324745](2013) abstract: putative glycosyltransferase(GT)をコードするfscMI のmutant株で、amphDI, nysDI, pimKなどの相同なGT genesは、candicidin aglycone → candicidin/FR-008-III への変換を触媒できる。また、PKSのDH11 domainの不活化でpolyketide骨格が変化してもmycosamineを持つ新規polyene派生体が導かれ、これらpolyene GTsの基質特異性がゆるいことが確認された。さらに、site-directed mutagenesisによってFscMI のSer346, Ser361, His362 or Cys387 を変異すると有意に触媒活性が減少。さらなる解析から、Ser361 and Cys387 がGT FscMI の活性に決定的な残基であるようだと示唆された。

Sequence

>GDP-mycosamine glycosyltransferase [PimK protein]
MESARRPILFVSLPESGLLNPLLVLAGELSRQGVEDLWFATDEPRRNDVKRIAEGSPVEF
ASLGEVDSEMSAVTWSDEVYREVTQPSRFKAHRAVVRHTYRPGLQAEKFRRLQAVIDEVQ
PALMVIDCISGFAVDAAIARNIPYVLSVPFLPSNVLTAHTHFAKSYTPRGFPVPHTGLSR
RMTLAQRVANELFKLRTFAMFLNPRLGKVLAEDNRRRNELGLPKASFMARIEHADLVLCN
SLAELDYPFDIPEKMRLVGAMVPPLPEAPDDQDLSRWLDAQSSVVYVGLGTITRLTREQV
GSMVEVARRLEDRHQVLWKLPSEQQHLLPPRESLPGNLRVESWVPSQMDVLAHPHVKVFF
THGGGNGFNEGMYFGKPLVVRPLWVDCYDQAVRGQDFGLSLTLDRPQTIDVNDVVDKLTR
VLGTPSFYEKAERRAALMRSAGGRETAAGLVLSLPALA

>GDP-mycosamine glycosyltransferase [PimK protein]
ATGGAATCCGCCCGACGGCCGATCCTCTTCGTCAGCCTTCCGGAGAGCGGCCTGCTCAAT
CCGCTGCTCGTGCTGGCGGGTGAACTCTCCCGCCAGGGCGTGGAGGACCTCTGGTTCGCC
ACCGACGAGCCGCGCCGCAACGATGTGAAACGGATCGCGGAGGGCTCCCCTGTGGAGTTC
GCCTCGCTGGGCGAAGTCGACTCCGAAATGTCGGCCGTGACGTGGAGCGACGAGGTCTAC
CGCGAGGTCACGCAGCCTTCGCGCTTCAAGGCGCACCGCGCGGTCGTCAGGCACACCTAC
CGGCCCGGCCTCCAGGCGGAGAAGTTCCGCCGTCTCCAAGCCGTCATCGACGAGGTCCAA
CCGGCGCTGATGGTCATCGACTGCATCAGCGGCTTCGCGGTCGACGCGGCCATCGCCCGG
AACATCCCGTACGTACTGAGCGTGCCGTTCCTGCCGAGCAATGTGCTGACGGCGCATACG
CACTTCGCGAAAAGCTACACCCCGCGGGGCTTCCCGGTCCCGCACACGGGTCTGTCGCGG
CGGATGACGCTCGCGCAGCGCGTCGCCAACGAGCTGTTCAAGCTGCGGACCTTCGCGATG
TTCCTCAACCCTCGGCTGGGCAAGGTCCTCGCGGAGGACAACCGGCGACGCAATGAACTC
GGGCTGCCGAAGGCCAGTTTCATGGCCAGGATCGAGCACGCCGATCTGGTGCTGTGCAAC
TCCCTCGCCGAGCTGGACTACCCCTTCGACATCCCGGAAAAGATGCGGCTGGTGGGTGCC
ATGGTGCCGCCGCTGCCCGAGGCGCCGGACGACCAGGATCTCTCGCGGTGGCTGGACGCC
CAGTCCTCCGTGGTCTACGTGGGGCTCGGGACGATCACCCGCCTGACGCGGGAGCAGGTC
GGCTCCATGGTGGAGGTGGCCCGTCGGCTGGAGGACCGGCACCAGGTGCTGTGGAAGCTG
CCCTCGGAACAGCAGCACCTGCTGCCGCCCCGGGAGTCGCTGCCGGGCAACCTCCGTGTC
GAGAGCTGGGTTCCCTCGCAGATGGACGTGCTGGCCCATCCGCATGTGAAGGTGTTCTTC
ACCCACGGCGGCGGCAACGGCTTCAACGAGGGCATGTACTTCGGCAAGCCGCTCGTGGTG
CGACCGCTGTGGGTGGACTGCTACGACCAGGCCGTCCGCGGCCAGGACTTCGGCCTCAGC
CTGACCCTCGACCGGCCGCAGACCATCGACGTCAACGACGTCGTCGACAAGCTCACGAGG
GTTCTCGGCACCCCGTCCTTCTATGAGAAGGCGGAGCGGCGGGCCGCCCTGATGCGCTCG
GCGGGCGGGCGGGAGACCGCCGCCGGCCTGGTTCTCTCGCTCCCGGCCCTGGCGTAA

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR002213 UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase (Family) PF00201 UDPGT
SignalP	Bacteria, Gram-negative Eukaryota
TMHMM	No significant hit

Pimar_00031 Pimar_00050