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Rifam_00570 : CDS information

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Organism
StrainS699
Entry nameRifamycin
Contig
Start / Stop / Direction99,201 / 99,893 / + [in whole cluster]
99,201 / 99,893 / + [in contig]
Location99201..99893 [in whole cluster]
99201..99893 [in contig]
TypeCDS
Length693 bp (230 aa)
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Category3.4 other modification
Productputative transketolase(fragment)
Product (GenBank)putative transketolase A subunit
Gene
Gene (GenBank)
EC number
Keyword
Note
Note (GenBank)
  • ORF15A
Reference
ACC
PmId
[9512878] Biosynthesis of the ansamycin antibiotic rifamycin: deductions from the molecular analysis of the rif biosynthetic gene cluster of Amycolatopsis mediterranei S699. (Chem Biol. , 1998)
comment
ansamycin系抗生物質rifamycinの生合成gene clusterの報告。
Orf15(590aa): transketolase

この論文ではorf15というひとつのORFとして述べられている。
Orf15は異なる生物のtransketolasesに良く似ている。

--
kanosamine合成経路についての論文[PMID: 12207505]では、aminoF6P→iminoE4Pへの触媒をOrf15が担うかもしれないと言っている。
Related Reference
ACC
D8HZB6
PmId
[20567260] Complete genome sequence of the rifamycin SV-producing Amycolatopsis mediterranei U32 revealed its genetic characteristics in phylogeny and metabolism. (Cell Res. , 2010)
[21986914] Two genes, rif15 and rif16, of the rifamycin biosynthetic gene cluster in Amycolatopsis mediterranei likely encode a transketolase and a P450 monooxygenase, respectively, both essential for the conversion of rifamycin SV into B. (Acta Biochim Biophys Sin (Shanghai). , 2011)
comment
blast search
Rifam_00570: 100%, 9e-132

Amycolatopsis mediterranei (strain U-32)_AMED_0651
Transketolase N-terminal subunit

---
[PMID:20567260](2010)
rifamycin SV → rifamycin Bへの変換にはCYP450が必須。
rifamycin SV産生株U32では、CYP450をコードするAMED_0653にR84Wのmissense変異あり。

この反応はtransketolases AMED_0651 and AMED_0652が一緒に触媒するかもしれない。

---
[PMID:21986914](2011)
同じ著者らの続報。
中間体 rifamycin SV → 最終産物 rifamycin Bへの変換には、これまでにわかっているCYP450(rif16がコード)の他に、putative transketolase(rif15がコード)も必須であることを遺伝学的に証明。

A. mediterranei U32のrif cluster null mutantにおけるrif15 and rif16の発現で、rifamycin SV → B へ変換可能。しかし、このRif15 and Rif16が媒介する変換はStreptomyce coelicolor or Mycobacterium smegmatisでは検出されなかったので、A. mediterranei内に未同定の必須遺伝子があると示唆される。
Family/Domain
FD
IPR005474
comment
[IPR005474] Transketolase, N-terminal (Domain)

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selected fasta
>putative transketolase(fragment) [putative transketolase A subunit]
MQMTEENLRGLFGRMTGDEKHGWAAASTLHAIWVLYERVLNVSPSNIDDPGRDRFYLSKG
HGPMAYYAVLAAKGFIEPETLDTWRQWGSPLGMHPDRNLAPGVEISSGSLGHGLPLGVGT
ALGLRAQGRDARVVVLMGDGEFDEGSNHETMAIAGRLGLGSLTAVVIDNKTASLGWPGGI
AGRFEQEGWAATTVDGRDHDALEKALTGETDGRPRAVIAEILPIEEGSTA
selected fasta
>putative transketolase(fragment) [putative transketolase A subunit]
ATGCAGATGACCGAAGAGAACCTCCGCGGCCTGTTCGGCCGGATGACGGGGGACGAGAAG
CACGGCTGGGCCGCGGCGTCGACATTGCACGCGATCTGGGTGCTCTACGAACGCGTGCTC
AACGTGTCGCCGTCGAACATCGACGACCCCGGCCGGGACCGGTTCTACCTCTCCAAGGGA
CACGGCCCGATGGCCTACTACGCGGTGCTCGCCGCGAAGGGCTTCATCGAGCCGGAAACG
CTGGACACCTGGCGGCAGTGGGGTTCGCCGCTGGGCATGCACCCGGACCGCAACCTGGCG
CCCGGCGTGGAGATCAGCAGCGGCTCCCTCGGCCACGGGCTCCCGCTCGGCGTCGGCACC
GCGCTCGGGCTGCGCGCCCAGGGCCGCGACGCCCGCGTGGTCGTCCTGATGGGCGACGGC
GAGTTCGACGAGGGCAGCAACCACGAGACGATGGCGATCGCCGGACGGCTCGGGCTGGGC
AGCCTCACCGCGGTCGTCATCGACAACAAGACGGCGAGCCTCGGCTGGCCGGGCGGCATC
GCCGGGCGCTTCGAACAGGAGGGCTGGGCCGCCACCACGGTCGACGGCCGCGACCACGAC
GCGCTGGAGAAGGCGCTGACCGGGGAGACCGACGGGCGGCCGCGCGCGGTCATCGCGGAG
ATCCTCCCGATCGAGGAAGGGAGCACCGCATGA

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BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR005474 Transketolase, N-terminal (Domain)
[22-216] 1.3e-32 PF00456
PF00456   Transketolase_N
SignalP No significant hit
TMHMM No significant hit
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