Rubra_00270 : CDS information

Location

Organism	Streptomyces achromogenes var. rubradiris
Strain	NRRL 3061 (=NBRC 14000)
Entry name	Rubradirin
Contig	AJ871581
Start / Stop / Direction	46,312 / 47,106 / + [in whole cluster] 46,312 / 47,106 / + [in contig]
Location	46312..47106 [in whole cluster] 46312..47106 [in contig]
Type	CDS
Length	795 bp (264 aa)

Annotation

Category	1.4 Other
Product	putative amide synthase
Product (GenBank)	putative amide synthase
Gene
Gene (GenBank)	rubF
EC number
Keyword
Note
Note (GenBank)
Reference	ACC Q2PC63 PmId [18080113] Biosynthesis of rubradirin as an ansamycin antibiotic from Streptomyces achromogenes var. rubradiris NRRL3061. (Arch Microbiol. , 2008) comment Rubradirin生合成clusterの報告。配列比較からのProposed function RubF(264aa): Amide synthase 完成したpolyketideを放出するintramolecular amide形成を担いmacrolactam構造を形成するRifFに、RubFはかなり似ている。rifFへ相同な遺伝子はみなansamycin PKS genesの下流に隣接しているが、rubFはrubBの13kbp上流にある。 rubransarol(Rubradirinのpolyketide部分)のmacrolactamはその他のansamycinsで見つかっているものと構造的に異なり、amideのCO基が完全に還元されている。rubFはこの還元に影響する遺伝子と関連し、PKS_rubBとは関連しないと推定される。 RubF2 and RubF3はたぶんRubFとオペロンなので、完全に伸長されたpolyketide鎖のC末は、RubFで保存されているCys-73 residueに付着され(Payton et al. 2001)、RubF3によって移動、adenylateされ、RubF2によってcyclic amineに還元されると考えられる。
Related Reference	ACC O52547 NITE Rifam_00260 PmId [9512878] Biosynthesis of the ansamycin antibiotic rifamycin: deductions from the molecular analysis of the rif biosynthetic gene cluster of Amycolatopsis mediterranei S699. (Chem Biol. , 1998) [10430893] Direct evidence that the rifamycin polyketide synthase assembles polyketide chains processively. (Proc Natl Acad Sci U S A. , 1999) [11812235] Expression and purification of the rifamycin amide synthase, RifF, an enzyme homologous to the prokaryotic arylamine N-acetyltransferases. (Protein Expr Purif. , 2002) comment 2nd(O52547) 43%, 2e-53 Amycolatopsis mediterranei_rifF [Rifam_00260]amide synthase UniProt(O52547)でのproduct nameは3-amino-5-hydroxybenzoic acid synthase(AHBA synthase)とされているが、これは論文に出てくるものと配列が異なる。 --- [PMID: 9512878](1998) ansamycin系抗生物質rifamycinの生合成gene clusterの報告。 RifF(260aa): amide synthase(N-acetyl transferase) RifFは哺乳類のarylamine:acetyl-CoA acetyltransferase(EC 2.3.1.5)に明らかな相同性がある。この反応への化学的類似性から、RifFがPKSから完成したpolyketideを放出するintramolecular amide formationを担い、macrolactam構造を持つproansamycin Xが生成されることが考えられる。このORFの上流に隣接しているRifamycin PKSをコードするORFにはTE domainが含まれておらず、このORFがその代わりにpolyketide放出に関連している。 --- [PMID: 10430893](1999) 同じ著者らのPKSに関する報告。 rifF inactivation mutant作成して中間体を検出。 mutantではmacrocyclic lactamとして完成したundecaketideではなく、tetra-からdecaketideにわたる直鎖状polyketidesを産生し、rifamycin B非産生であった。 --- [PMID: 11812235](2002) 実験には上記論文著者Floss HG.から提供されたplasmidをtemplateとして使用している。タンパクの配列比較、3D構造予測。

Sequence

>putative amide synthase [putative amide synthase]
MYDSDTYLRRLGYDPAAGRPAADLATLVALHKRHMETVPFNSAGSLAVPAASGRLVDLVD
FDEDATFDSVVAAGNGGGCVQMTRLFLRLLRDLGFDADLIAGTTAEGRQSYGVEVEHMLI
LARVDGGSWLADIGYAGPSFVEPLRLDGAPGDQRQYGCRYRLIPGRDGVTLQRRPRLGQW
STVYEFTTHVRDRSDWAPAEKAINAALAAGGGGELYSRAVPDGQVVLKGRRYLTVRAGIE
KTRTVTDDGDWHAYRSAILAGEVG

>putative amide synthase [putative amide synthase]
ATGTACGACAGCGACACGTACCTGCGGCGGCTGGGGTACGACCCCGCCGCCGGCAGACCG
GCCGCGGATCTGGCGACCCTCGTCGCACTGCACAAGCGGCATATGGAGACCGTTCCGTTC
AACAGTGCGGGCTCGCTGGCTGTGCCCGCTGCGAGCGGCAGGCTGGTCGATCTGGTCGAC
TTCGACGAGGACGCGACGTTCGATTCGGTGGTCGCGGCGGGCAACGGCGGCGGCTGCGTC
CAGATGACCCGGCTGTTCCTGCGGCTGCTGCGCGACCTCGGGTTCGATGCCGACCTGATC
GCCGGCACGACGGCGGAAGGCCGCCAGTCGTACGGCGTCGAGGTCGAGCACATGCTCATC
CTGGCCCGCGTGGACGGCGGGTCCTGGCTGGCCGACATCGGGTACGCCGGGCCGTCGTTC
GTCGAGCCGCTGCGCCTCGACGGCGCCCCCGGCGATCAACGCCAGTACGGCTGCCGGTAC
CGGCTCATCCCCGGCCGGGACGGTGTGACGCTGCAGCGCCGCCCCAGGCTCGGCCAGTGG
AGCACGGTCTACGAGTTCACCACGCACGTCCGCGACCGGTCGGACTGGGCGCCGGCGGAG
AAGGCGATCAACGCCGCGCTCGCCGCCGGCGGCGGCGGCGAGCTCTACAGCCGAGCGGTC
CCCGACGGCCAGGTGGTGCTGAAGGGCCGCCGCTATCTCACCGTCCGGGCCGGCATCGAG
AAGACCCGCACCGTCACCGACGACGGTGACTGGCACGCGTATCGCAGCGCCATCCTGGCC
GGCGAAGTCGGCTGA

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR001447 Arylamine N-acetyltransferase (Family) PF00797 Acetyltransf_2
SignalP	No significant hit
TMHMM	No significant hit

Rubra_00260 Rubra_00280