Rubra_00470 : CDS information

Location

Organism	Streptomyces achromogenes var. rubradiris
Strain	NRRL 3061 (=NBRC 14000)
Entry name	Rubradirin
Contig	AJ871581
Start / Stop / Direction	87,155 / 88,378 / + [in whole cluster] 87,155 / 88,378 / + [in contig]
Location	87155..88378 [in whole cluster] 87155..88378 [in contig]
Type	CDS
Length	1,224 bp (407 aa)

Annotation

Category	2.2 modification addition of starter unit
Product	putative 3,4-dideoxy-4-amino-D-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase putative aminoDAHP synthase
Product (GenBank)	putative aDAHP synthase
Gene
Gene (GenBank)	rubH
EC number
Keyword	AHBA
Note
Note (GenBank)
Reference	ACC Q2PC43 PmId [18080113] Biosynthesis of rubradirin as an ansamycin antibiotic from Streptomyces achromogenes var. rubradiris NRRL3061. (Arch Microbiol. , 2008) comment Rubradirin生合成clusterの報告。 Table1>配列比較からの推定機能 RubH(407aa): aDAHP synthase rifamycin産生株で見つかっているAHBA biosynthetic genes, rifK, L, M, N, G, H, and Jの産物と高度な相同性を示す（rubNを除く）6つの遺伝子がrubradirin生合成gene clusterにある。 rubG and rubHは転写的にリンクされている。
Related Reference	ACC O52550 NITE Rifam_00290 PmId [11278540] Mutational analysis and reconstituted expression of the biosynthetic genes involved in the formation of 3-amino-5-hydroxybenzoic acid, the starter unit of rifamycin biosynthesis in amycolatopsis Mediterranei S699. (J Biol Chem. , 2001) [11804477] Biosynthesis of 1-deoxy-1-imino-D-erythrose 4-phosphate: a defining metabolite in the aminoshikimate pathway. (J Am Chem Soc. , 2002) comment 3rd, 66%, 1e-151 Amycolatopsis mediterranei_rifH RifH [Rifam_00290]aminoDAHP synthase --- [PMID: 11278540](2001) rifH, -G, and -J genesの遺伝子産物は shikimate biosynthesis pathwayに関連する酵素に似ている。rifH, G, Jの各mutantは成長に影響を与えないので、shikimate pathwayに直接関連しないことがわかる。また、mutantでもrifamycin B産生をある程度保つことから、shikimate pathwayのgeneが代替していると考えられる。 --- [PMID: 11804477](2002) starter AHBAの前駆体aminoDAHP合成が、3-amino-3-deoxy-D-fructose 6-phosphate(aminoF6P)に由来することを確認している。 aminoF6P, D-ribose 5-phosphate(R5P), phosphoenolpyruvate(PEP), E.coli transketolase_TktA, A. mediterranei RifH aminoDAHP synthase(64units)で反応すると、aminoDAHP, DAHPを産生。使用しているRifHはFloss HG.提供によるplasmidから精製している。 aminoDAHP synthase activityはDAHP synthase activityとして測定されたもの。 aminoF6P, R5P, PEP, A. mediterranei ATCC21789 crude cell lysate(DAHP synthase activity 0.2units)で反応すると、aminoDAHP, DAHP, AHBA, Tyr, Pheを産生。 [6,6-2H, amino-15N]aminoF6Pを使った実験で、aminoF6PのframeworkとNがaminoDAHPに取り込まれることが実証された。提唱経路は、 aminoF6P + R5P → 1-deoxy-1-imino-D-erythrose 4-phosphate(iminoE4P) iminoE4P + PEP → aminoDAHP (aminoF6P→iminoE4Pはtransketolase_TktAによる)

Sequence

>putative 3,4-dideoxy-4-amino-D-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase [putative aDAHP synthase]
MTHFPPLDGLLAGRLEAVFRKPAAQQPVWPDPDRAREAVAALSRAEPIVAPEETARLARR
LAAVARGEAFLLQGGDCAETFAGGTEAHQRGNLRTLTGMAAVLVQRAGLPVVRVARMAGQ
YAKPRSQAVDALGLPVYRGDMVNSAESTPAARTPDPGRMLRAHACAARTMGLVRAFCPGG
AAGSEIYVSHEALLLDYERTQLRVDTSGPEPRLSSGLGHFLWIGERTRRLDGAHLAFAEL
LSNPIGVKIGPSTTPEQAVEYVRRLDPHGEPGRVTLVSRMGHTRVRDVLPPIVEKVTASG
SQVIWQCDPMHGNTYVSANGYKTRHLRQIVDEVAGFFEVHRRLGTHPGGLHVEMTGDDVT
ECLGGAPAVAEECLPARYETACDPRLNARQAMGLACSVAEMVAASRT

>putative 3,4-dideoxy-4-amino-D-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase [putative aDAHP synthase]
ATGACGCATTTTCCCCCGCTGGACGGCCTTCTCGCCGGGCGGCTGGAAGCGGTGTTCCGC
AAGCCGGCGGCGCAGCAGCCGGTGTGGCCCGATCCGGACCGGGCACGGGAGGCGGTGGCC
GCGCTGAGCCGGGCCGAGCCGATCGTCGCGCCGGAGGAGACCGCGCGGCTGGCCCGCCGG
CTCGCCGCAGTTGCCCGGGGCGAGGCGTTCTTGCTGCAGGGAGGGGACTGTGCGGAGACC
TTCGCCGGCGGCACCGAGGCGCACCAGCGGGGCAATCTCCGGACGCTGACCGGTATGGCC
GCGGTGCTCGTCCAGCGTGCCGGATTGCCCGTCGTCAGGGTCGCTCGCATGGCGGGGCAG
TACGCCAAGCCGCGCTCCCAGGCCGTCGATGCCCTGGGGCTGCCCGTCTACCGCGGCGAT
ATGGTCAACTCCGCCGAATCCACGCCCGCGGCCCGGACACCCGATCCCGGCCGGATGCTG
CGGGCCCACGCCTGTGCCGCCCGCACCATGGGGCTTGTCCGCGCGTTCTGCCCGGGCGGC
GCGGCCGGCAGCGAGATCTACGTCAGCCACGAGGCGCTGCTGCTCGACTACGAAAGGACG
CAGCTGCGGGTCGACACCAGCGGGCCGGAGCCGCGTCTGTCCAGTGGGCTGGGGCACTTC
CTGTGGATCGGCGAGCGCACCCGCCGGCTCGACGGCGCCCATCTCGCCTTCGCGGAGCTG
CTGTCCAACCCCATCGGCGTCAAGATCGGTCCGTCGACGACCCCGGAGCAGGCGGTCGAG
TATGTGCGCCGGCTCGACCCTCACGGTGAGCCTGGGCGGGTCACGCTGGTCAGCCGTATG
GGGCACACCCGGGTCCGTGACGTTCTGCCTCCGATCGTGGAGAAGGTCACTGCCTCCGGC
TCTCAGGTGATCTGGCAGTGCGATCCCATGCACGGCAACACCTACGTGTCGGCGAACGGC
TACAAGACGCGCCATCTGCGTCAGATAGTCGACGAGGTCGCCGGTTTCTTCGAGGTGCAT
CGACGGCTGGGCACCCACCCCGGCGGCCTCCACGTGGAGATGACGGGCGATGACGTCACG
GAATGTCTCGGTGGTGCCCCGGCCGTCGCGGAGGAGTGTCTGCCGGCCCGCTACGAGACG
GCGTGTGATCCCCGCCTGAATGCCCGGCAGGCGATGGGGCTCGCCTGTTCGGTCGCGGAG
ATGGTCGCGGCGTCCCGGACGTAG

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR002480 DAHP synthetase, class II (Family) PF01474 DAHP_synth_2
SignalP	No significant hit
TMHMM	No significant hit

Rubra_00460 Rubra_00480