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Rubra_00560 : CDS information

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Organism
StrainNRRL 3061 (=NBRC 14000)
Entry nameRubradirin
Contig
Start / Stop / Direction100,098 / 99,418 / - [in whole cluster]
100,098 / 99,418 / - [in contig]
Locationcomplement(99418..100098) [in whole cluster]
complement(99418..100098) [in contig]
TypeCDS
Length681 bp (226 aa)
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Category4.1 transcriptional regulator
Productputative transcriptional regulator
Product (GenBank)hypothetical protein
Gene
Gene (GenBank)rubC4
EC number
Keyword
Note
Note (GenBank)
Reference
ACC
PmId
[18080113] Biosynthesis of rubradirin as an ansamycin antibiotic from Streptomyces achromogenes var. rubradiris NRRL3061. (Arch Microbiol. , 2008)
comment
Rubradirin生合成clusterの報告。
rubC1-C5はAMC and DHDP biosynthesisに関連する。

Table1>配列比較からの推定機能
RubC4(226aa): LmbU

rubC1-C4はaminocoumarin生合成に関連するものに似ている。
RubC4はnovobiocin生合成に必須でないNovEに似ている。
Related Reference
ACC
Q9L9G3
PmId
[18568336] novE and novG act as positive regulators of novobiocin biosynthesis. (Arch Microbiol. , 2008)
comment
12th(Q9L9G3) 45%, 7e-36, N末イマイチ
Streptomyces sphaeroides_novE
NovE

novEの過剰発現はnovobiocin形成の増加、不活化は強い減少をもたらした。この減少はnovEまたはnovobiocin生合成のpositive regulator gene novGで回復する。
NovEをE.coliで発現、精製。NovGで見られるDNA-binding特性がNovEには見られなかった。
NovE不在下でnovG発現、NovG不在下でnovE発現することがRT-PCRで示され、NovEとNovGの間に相互関係はなさそう。

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selected fasta
>putative transcriptional regulator [hypothetical protein]
MARSAPRRAGLPLIDAGGGGQNAAGVAVAGPVPARARAGHKGQILTTRVGLRLPAALPFE
TWQAAGRKLFQTADSFAWCLGDWLVYGQDKYGDRYRQAVEAAGLDYQTLRNYAWVARKFD
VSRRHPQLSFQHHAEVAALRPGDQDVWLARAHDNGWSKTELRRRVRAHRGSAERRGLARL
PLVQVESEALTRWQAAAELAGKPFADWVTSALDVAACGTAKHCDAG
selected fasta
>putative transcriptional regulator [hypothetical protein]
ATGGCGCGTTCTGCTCCTCGCCGGGCGGGGCTTCCGCTTATCGACGCTGGAGGCGGCGGT
CAGAACGCGGCCGGCGTGGCTGTGGCCGGGCCGGTGCCGGCCCGGGCGCGGGCTGGTCAC
AAGGGCCAGATCCTCACCACCCGGGTGGGATTGCGCCTGCCGGCGGCGCTGCCGTTCGAG
ACATGGCAGGCGGCCGGCCGGAAGCTTTTCCAGACGGCCGACTCCTTCGCCTGGTGTCTT
GGGGACTGGCTGGTGTATGGGCAGGACAAGTACGGTGACCGGTACCGCCAGGCGGTGGAG
GCGGCCGGCCTGGATTATCAGACGCTGCGTAACTATGCGTGGGTGGCGCGGAAGTTCGAT
GTCTCGCGCCGTCACCCTCAGCTGAGTTTCCAGCACCACGCCGAGGTGGCCGCGCTGCGA
CCGGGTGATCAGGACGTCTGGCTGGCGCGGGCGCATGACAACGGCTGGTCGAAGACAGAG
TTGCGGCGCAGGGTGCGTGCCCACCGGGGCTCGGCGGAGCGCCGGGGTCTTGCCCGGTTG
CCGCTGGTTCAGGTGGAGAGTGAAGCGCTGACGCGCTGGCAGGCTGCCGCCGAGCTCGCC
GGTAAGCCGTTCGCCGACTGGGTCACGAGCGCTTTGGACGTGGCGGCCTGTGGCACGGCG
AAGCACTGCGACGCGGGCTGA

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BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro No significant hit
SignalP
[1-9] 0.538 Signal
Bacteria, Gram-negative   
TMHMM No significant hit
Rubra_00550 Rubra_00550   Rubra_00570 Rubra_00570
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