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Adria_00050 : CDS information

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Organism
StrainATCC 29050 (=NBRC 100596)
Entry nameDoxorubicin
Contig
Start / Stop / Direction20,498 / 21,082 / + [in whole cluster]
3,493 / 4,077 / + [in contig]
Location20498..21082 [in whole cluster]
3493..4077 [in contig]
TypeCDS
Length585 bp (194 aa)
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Category5.4 hypothetical protein
Producthypothetical protein
Product (GenBank)daunorubicin biosynthesis enzyme
GenednmW
Gene (GenBank)dpsH
EC number
Keyword
Note
Note (GenBank)
Reference
ACC
PmId
[8955419] Enhanced antibiotic production by manipulation of the Streptomyces peucetius dnrH and dnmT genes involved in doxorubicin (adriamycin) biosynthesis. (J Bacteriol. , 1996)
[9864344] Doxorubicin overproduction in Streptomyces peucetius: cloning and characterization of the dnrU ketoreductase and dnrV genes and the doxA cytochrome P-450 hydroxylase gene. (J Bacteriol. , 1999)
[10631513] A two-plasmid system for the glycosylation of polyketide antibiotics: bioconversion of epsilon-rhodomycinone to rhodomycin D. (Chem Biol. , 1999)
comment
[PMID: 8955419](1996)
dpsHは、RHOの前駆体である12-deoxyaklanonic acidの生合成に関連したpolyketide cyclasesのひとつをコードするのかもしれない。
実験的根拠なし。RefはUnpublished observations.

---
[PMID: 9864344](1999)
dpsH::aphII mutantは、有意な量のRHOを蓄積したが、daunorubicin (DNR) or doxorubicin (DXR)はしなかった。(TLC and HPLC analysis)
このmutantでの相補実験もしたがdpsH geneの役割についての明白な結論に到達できなかった。
dpsHはdaunosamine生合成またはRHOへのdaunosamine付着に関連する可能性あり？

---
[PMID: 10631513](1999)
dpsH(dnmW) geneの役割の再評価をしている。
dpsH in-frame mutantは、RHOの蓄積が増える(160-273%)が、DNR(23-34%) and DXR(10-24%)の産生もまだいくらかある。
よってdpsHは、anthracycline glycosides RHOD, DNR and DXRの形成において、重要ではあるが絶対的に必要ではない。これを受けてdpsH→dnmWへ改名している。

DiscussionにdnmQ or dnmWどちらかの欠損は厳しくdTDP-daunosamineの形成を減らす、との記述があるがdTDP-daunosamine量を測定している実験の記載はなく由来不明。
Related Reference
ACC
Q53925
NITE
Actino_00020
PmId
[17227452] Possible involvement of ActVI-ORFA in transcriptional regulation of actVI tailoring-step genes for actinorhodin biosynthesis. (FEMS Microbiol Lett. , 2007)
comment
Blast 38th, id35%, 1e-07, N末足りない
Streptomyces coelicolor_ORFA
Hydroxylacyl-CoA dehydrogenase
[Actino_00020]hypothetical protein

actVI-ORFA mutantはactinorhodin産生減少、中間体(S)-DNPAとshunt産物(S)-NHABを蓄積。相補で回復。
また、同じmutantでactVI-ORF1発現量が減少。相補で回復。
よってActVI-ORFAは、post-PKS tailoring enzymeであるactVI-ORF1の発現を通してactinorhodin産生に影響を与えるregulatory roleを持つ可能性あり。

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selected fasta
>hypothetical protein [daunorubicin biosynthesis enzyme]
MDRRLSALPQDARNRLGTAPAGRRTRPGQDRAARGHHTTQGVTMDALPADDAPTTESADC
TDPGIYLQVQRFYARQMQLLDDGRAEDWARTFAQDGVFEVGGEAVRGAADIARAARRTTD
RFAAEGITRRHWIGMLTVDGKPDEVTARSYAVVLETPRDGDPVLRRSTVCTDILVREAGE
WRVKHRTVTRDGLD
selected fasta
>hypothetical protein [daunorubicin biosynthesis enzyme]
GTGGACCGACGGTTGTCCGCTCTGCCTCAAGACGCGCGGAACAGGTTGGGCACGGCGCCG
GCCGGCAGGCGCACGCGGCCGGGCCAGGACCGGGCCGCCCGAGGCCATCACACGACCCAA
GGGGTAACCATGGACGCGCTCCCGGCGGACGACGCGCCGACGACCGAGTCGGCGGATTGT
ACGGACCCCGGCATCTACCTCCAGGTACAGCGGTTCTACGCCCGGCAGATGCAACTCCTG
GATGACGGCAGGGCCGAGGACTGGGCGCGCACGTTCGCGCAGGACGGCGTCTTCGAGGTG
GGCGGCGAGGCCGTCCGCGGGGCCGCGGACATCGCGCGTGCGGCACGGCGGACCACGGAC
CGGTTCGCCGCCGAAGGGATCACCCGGCGGCACTGGATCGGCATGCTGACCGTCGACGGC
AAGCCCGACGAGGTCACGGCCCGCAGCTACGCGGTGGTGCTGGAGACGCCGCGCGACGGC
GACCCGGTGTTGCGCCGCAGCACGGTGTGCACGGACATCCTGGTGCGGGAGGCGGGCGAG
TGGCGCGTCAAACACCGCACCGTCACCCGGGACGGGCTGGACTGA

close this sectionFeature

BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0 		No significant hit
SignalP No significant hit
TMHMM No significant hit
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