Adria_00290 : CDS information

Location

Organism	Streptomyces peucetius
Strain	ATCC 29050 (=NBRC 100596)
Entry name	Doxorubicin
Contig	L35560
Start / Stop / Direction	29,787 / 30,848 / + [in whole cluster] 5,797 / 6,858 / + [in contig]
Location	29787..30848 [in whole cluster] 5797..6858 [in contig]
Type	CDS
Length	1,062 bp (353 aa)

Annotation

Category	1.1 PKS
Product	polyketide synthase beta-ketoacyl synthase subunit
Product (GenBank)	daunorubicin-doxorubicin polyketide synthase
Gene
Gene (GenBank)	dpsC
EC number
Keyword	propionyl-CoA dependent type II PKS
Note
Note (GenBank)	protein C
Reference	ACC Q54816 PmId [7828855] Characterization of the Streptomyces peucetius ATCC 29050 genes encoding doxorubicin polyketide synthase. (Gene. , 1994) [10419974] The Streptomyces peucetius dpsC gene determines the choice of starter unit in biosynthesis of the daunorubicin polyketide. (J Bacteriol. , 1999) [10423255] Purification and properties of the Streptomyces peucetius DpsC beta-ketoacyl:acyl carrier protein synthase III that specifies the propionate-starter unit for type II polyketide biosynthesis. (Biochemistry. , 1999) comment [PMID: 7828855](1994) daunorubicin (DNR)-doxorubicin (DXR) PKSを含む領域9ORFsの同定論文。 dpsC: 3-oxoacyl:ACP synthase 配列解析のみ。 --- [PMID: 10419974](1999) dpsCDを含まないとstarter unitがacetateの化合物しかできない。 DnrG and DpsABEFG + purified DpsCで、starterがpropionyl-CoAのUMW5を産生できる。 DpsDに関しては、内在性の酵素が代替している可能性あり。 DpsCは、aklanonic acidの最初の5C unitを合成するために、DpsG and DpsDと、またはDpsG, DpsD, and DpsABと一緒にKS IIIとして機能するかもしれないとref2で実証されている。 ↓そのref2 --- [PMID: 10423255](1999) abstract 精製されたDpsCは基質としてpropionyl-CoAを使用すること、Ser-118でpropionateによってacylateされることがわかった。基質特異性は高く、propionyl-CoAのみを利用し、malonyl-CoA, 2-methylmalonyl-CoA or acetyl-CoAを使用しない。 DpsCは、propionyl-CoAとmalonyl-ACPの縮合を触媒することでKAS III活性を示す。 ACPへのpropionateの移動においてacyltransferseとしても機能する。
Related Reference	ACC Q55225 NITE Dauno_00180 PmId [11162232] The product of dpsC confers starter unit fidelity upon the daunorubicin polyketide synthase of Streptomyces sp. strain C5. (Metab Eng. , 2001) comment Blast 2nd, id86%, 1e-159 Streptomyces sp.(Strain C5)_dauA DauA protein このentryはdpsCに相当。 abstract: dpsABCDEFG + dauGI をS.lividansで異種性発現すると、DNR生合成中間体であるaklanonic acid形成。これからdpsCを削除すると、acetyl-CoA starter unit由来desmethylaklanonic acidと、propionyl-CoA由来aklanonic acidの両方を産生（比率は6:4)。このようにDpsCがないとstarterとしてpropionyl-CoAの選択性が弱くなることから、DpsCをpropionyl starter unit "fidelity factor"と呼ぶことを提唱している。 Streptomyces sp. strain C5のdpsCD deletion mutantはDNR産生可能。でもacetyl-CoAをstarterとする産物形成が増える。このmutantにdpsCのみの発現でwild表現型回復。

PKS/NRPS Module

KS	113..339

Sequence

>polyketide synthase beta-ketoacyl synthase subunit [daunorubicin-doxorubicin polyketide synthase]
MSVPQGAPGDLYVAGCGVWLPPPVTTEQALAAGHCDRRLASSTRMLSVAVADKETPAEMA
ALAAQTALDRSGVAPAHVDLVLHASLYFQGHHLWAPSSYVQRVAVGNRCPAMEVRQVSNG
GMAALELARAYLLAAPDRVAALITTGDRMHPPGFDRWSSDPGTVYADGGTALVLSRQGGF
ARLRSLVTVSEPVLEGMHRGGHPFGPPSPEEQRAVDLDAHKRAYVAEAGSSFSVARVSAG
QEEALTGALEAAGAGLDDISRVVLPHMGWRRLSAAYFNKWHIQPERTTWEFGRRTGHLGG
GDPIAGFDHLVGSGRLAPGELCLLVSVGAGFSWSCAVVELLERPSWAAAPAAR

>polyketide synthase beta-ketoacyl synthase subunit [daunorubicin-doxorubicin polyketide synthase]
GTGAGCGTGCCGCAGGGGGCGCCCGGGGACCTTTACGTGGCCGGTTGCGGCGTCTGGCTG
CCCCCGCCGGTGACCACGGAACAGGCCCTGGCCGCCGGCCACTGCGACCGCAGGCTCGCC
TCCTCGACGCGGATGCTGTCGGTGGCGGTCGCCGACAAGGAGACACCGGCCGAAATGGCG
GCCTTGGCGGCCCAGACCGCTCTGGACCGCTCCGGCGTCGCACCGGCCCACGTCGACCTC
GTCCTGCACGCCAGTCTGTACTTCCAGGGGCACCATCTGTGGGCTCCCTCCTCCTACGTC
CAGCGGGTGGCCGTCGGGAACCGCTGCCCCGCCATGGAGGTGCGGCAGGTGTCCAACGGC
GGCATGGCCGCCCTGGAACTGGCCCGCGCGTACCTGCTTGCCGCCCCGGACCGGGTGGCC
GCTCTCATCACGACAGGCGACCGGATGCATCCGCCGGGCTTCGACCGCTGGAGCAGCGAC
CCCGGCACGGTGTACGCCGACGGTGGTACCGCCCTCGTGCTGTCCCGGCAGGGCGGTTTC
GCCCGGCTGCGCAGCCTGGTGACGGTCTCCGAACCGGTGCTGGAGGGCATGCACCGGGGC
GGGCACCCGTTCGGCCCGCCGTCTCCGGAGGAGCAGCGGGCCGTGGACCTGGACGCGCAC
AAGCGGGCGTACGTGGCCGAGGCGGGAAGCTCGTTCAGCGTCGCCCGGGTCTCGGCGGGC
CAGGAGGAGGCTCTGACCGGCGCGCTGGAGGCGGCCGGGGCCGGACTCGACGACATCAGC
CGGGTCGTGCTGCCGCACATGGGGTGGCGCCGGCTGAGCGCCGCCTACTTCAACAAGTGG
CACATCCAACCCGAGCGGACCACTTGGGAGTTCGGGCGGCGGACCGGCCACCTGGGGGGC
GGTGACCCGATCGCCGGGTTCGACCACCTTGTGGGCTCCGGCCGCCTCGCCCCGGGGGAG
CTGTGTCTGCTGGTCAGCGTCGGCGCCGGCTTCAGCTGGTCGTGCGCCGTCGTGGAGTTG
CTGGAACGCCCGTCGTGGGCGGCCGCCCCGGCCGCCCGGTGA

KS	113..339

KS	337..1017

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR013747 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III C-terminal (Domain) PF08541 ACP_syn_III_C IPR013751 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III (Domain) PF08545 ACP_syn_III IPR016038 Thiolase-like, subgroup (Domain) G3DSA:3.40.47.10 Thiolase-like_subgr IPR016039 Thiolase-like (Domain) SSF53901 Thiolase-like
SignalP	No significant hit
TMHMM	No significant hit

Adria_00280 Adria_00300