Adria_00300 : CDS information

Location

Organism	Streptomyces peucetius
Strain	ATCC 29050 (=NBRC 100596)
Entry name	Doxorubicin
Contig	L35560
Start / Stop / Direction	30,859 / 31,872 / + [in whole cluster] 6,869 / 7,882 / + [in contig]
Location	30859..31872 [in whole cluster] 6869..7882 [in contig]
Type	CDS
Length	1,014 bp (337 aa)

Annotation

Category	1.4 Other
Product	putative acyl-ACP thioesterase
Product (GenBank)	daunorubicin-doxorubicin polyketide synthase
Gene
Gene (GenBank)	dpsD
EC number
Keyword	type II thioesterase non-acetate starter unit
Note
Note (GenBank)	protein D; putative
Reference	ACC Q54817 PmId [7828855] Characterization of the Streptomyces peucetius ATCC 29050 genes encoding doxorubicin polyketide synthase. (Gene. , 1994) [10419974] The Streptomyces peucetius dpsC gene determines the choice of starter unit in biosynthesis of the daunorubicin polyketide. (J Bacteriol. , 1999) comment [PMID: 7828855](1994) daunorubicin (DNR)-doxorubicin (DXR) PKSを含む領域9ORFsの同定論文。配列解析からの機能推定 dpsD: propionyl-CoA acyltransferase dps genesの異種性発現、産物確認もあり。 dpsF-C + dpsGがaklanonic acid生合成に必要な遺伝子。 dpsDは必要ない、またはホストであるS.lividansの遺伝子が代償している。 --- [PMID: 10419974](1999) dpsCDを含まないとstarter unitがacetateの化合物しかできない。 DnrG and DpsABEFG + purified DpsCで、starterがpropionyl-CoAのUMW5を産生できる。 DpsDに関しては、内在性の酵素が代替している可能性あり。 DpsCは、aklanonic acidの最初の5C unitを合成するために、DpsG and DpsDと、またはDpsG, DpsD, and DpsABと一緒にKS IIIとして機能するかもしれない。
Related Reference	ACC Q55226 NITE Dauno_00190 PmId [11162232] The product of dpsC confers starter unit fidelity upon the daunorubicin polyketide synthase of Streptomyces sp. strain C5. (Metab Eng. , 2001) comment Blast 2nd, id89%, 1e-165 Streptomyces sp.(strain C5)_dauA Acyltransferase このentryはdpsDに相当。 abstract: dpsABCDEFG + dauGI をS.lividansで異種性発現すると、DNR生合成中間体であるaklanonic acid形成。これからdpsCを削除すると、acetyl-CoA starter unit由来desmethylaklanonic acidと、propionyl-CoA由来aklanonic acidの両方を産生（比率は6:4)。このようにDpsCがないとstarterとしてpropionyl-CoAの選択性が弱くなることから、DpsCをpropionyl starter unit "fidelity factor"と呼ぶことを提唱している。 Streptomyces sp. strain C5のdpsCD deletion mutantはDNR産生可能。でもacetyl-CoAをstarterとする産物形成が増える。このmutantにdpsCのみの発現でwild表現型回復。
	ACC Q9F6D9 NITE R1128_00030 PmId [15260498] The acyltransferase homologue from the initiation module of the R1128 polyketide synthase is an acyl-ACP thioesterase that edits acetyl primer units. (Biochemistry. , 2004) comment Blast 14th, id47%, 8e-57 Streptomyces sp. R1128_zhuC Acyl transferase tcm minimal PKS genesとの発現でZhuCの役割を確認。 tcm minimal PKSは非acetateなacyl基で直接primeされることができる。 ZhuCがあるとacetate-primed decaketides合成がなくなり、hexanoyl-primed octaketides合成のみになる。 ZhuCは、hexanoyl- and octanoyl-ACPより100倍よい特異性をacetyl- and propionyl-ACPに持つ。 ZhuCはacyl-ZhuG から holo-ZhuNへのtransacylationを触媒するが、そのacyl移動率はin vivoで生理学的に関連するためには遅すぎる。よってZhuCはacetyl-ACP thioesteraseとして働き、PKS伸長moduleをprimeするalkylacyl-ZhuGと競合するacetate primer unitsを一掃する。
	ACC Q9KHK3 NITE Enter_00120 PmId [21531566] Policing starter unit selection of the enterocin type II polyketide synthase by the type II thioesterase EncL. (Bioorg Med Chem. , 2011) comment Blast 16th, id42%, 9e-55 Streptomyces maritimus_encL Putative acyl transferase EncL encL mutantはwildと類似したレベルのenterocinを産生。 encABCNDを含んだplasmidを異種性発現すると、benzoate-primed polyketides wailupemycinsを産生。 8His-tagged EncLをE.coliで産生してin vitro実験に使用。 EncABC + malonyl-CoA でuncharacterized acetate primed polyketidesが産生されるが、この反応にEncLを加えるとこれらの産物が減る。 EncABCN + benzoyl-CoA, malonyl-CoA でbenzoate-primed wailupemycinsが産生されるが、この反応にEncLを加えるとこれらの産物が増える。 acetyl- and benzoyl-EncC に EncLを加えたときのholo-EncC, acetyl-EncC, and benzoyl-EncCの量をタイムコースで定量。 acetyl-EncCはEncLを加えて30秒後に枯渇。これに対応するholo-EncC増加あり。 benzoyl-EncCは相対的にゆっくり加水分解された。これらの結果からEncLは、misprimed acetyl-ACP(EncC)を加水分解してEncCに戻すことにより正しいstarter unit benzoyl-ACP(EncC)が取り込まれ、enterocin合成が進むようにすると提唱。

Sequence

>putative acyl-ACP thioesterase [daunorubicin-doxorubicin polyketide synthase]
MDAPAILLMFPGQGSQHARMAVGLYGSEPAFTAAMDEVFDAYDDAGDSEGGRLRADWLSD
HPAVPLDHVTRSQPLLFAVDYALGRMVMATTGRPWALLGHSVGEMAAAALAGVFTLRDAA
GLLLDRVRRLAQAPPGGMLAVAAAEDVLGPYLGNGEVVVAAVNSPRQTILAGPVASLAGV
ARALREAGLTCREVPSLTAFHSPMLAPIAAGAAERFASTRVAPSIPLRSGYRPGAVTGQL
AADPSYWAGHPLETVRFWPALDAMLGSRTGVVCLETGPGQGLSTIARRHPTVRFGKNSVV
PLLPPQAGTAEVDRTSVAAALAAVREQGTVLSGRPGR

>putative acyl-ACP thioesterase [daunorubicin-doxorubicin polyketide synthase]
ATGGATGCGCCCGCGATTCTCCTGATGTTCCCCGGGCAGGGGTCCCAGCATGCGCGGATG
GCCGTCGGCCTGTACGGATCCGAACCGGCCTTCACGGCCGCCATGGACGAGGTCTTCGAC
GCGTACGACGACGCCGGCGACAGTGAGGGCGGGCGGCTGCGTGCCGACTGGCTGAGCGAC
CATCCGGCCGTGCCATTGGACCACGTCACCCGGTCCCAGCCGTTGTTGTTCGCGGTGGAC
TACGCCCTCGGCCGGATGGTGATGGCCACGACGGGCCGGCCGTGGGCCCTGCTCGGGCAC
AGCGTCGGCGAAATGGCGGCGGCCGCGCTCGCCGGGGTGTTCACGCTGCGCGACGCGGCC
GGCCTCCTGCTGGACCGGGTGCGACGGCTGGCCCAGGCACCGCCCGGGGGAATGCTGGCG
GTCGCCGCGGCCGAGGACGTGCTGGGCCCGTATCTCGGGAATGGGGAGGTGGTGGTCGCG
GCCGTCAACTCGCCCCGCCAGACCATCCTCGCCGGACCCGTCGCATCGCTCGCCGGGGTC
GCCCGGGCGCTGCGGGAGGCAGGGCTTACGTGCCGTGAGGTGCCCTCGCTGACCGCCTTC
CACAGTCCGATGCTGGCCCCGATCGCGGCGGGGGCGGCCGAGCGGTTCGCATCCACGCGC
GTGGCGCCGTCCATCCCCCTCCGCTCCGGGTACCGGCCGGGTGCGGTGACCGGGCAACTG
GCCGCCGACCCGTCGTACTGGGCCGGGCATCCCCTGGAGACGGTCCGCTTCTGGCCGGCA
CTGGACGCGATGCTCGGCTCCCGCACGGGCGTCGTCTGCCTGGAGACGGGGCCGGGGCAG
GGGCTGAGCACCATCGCCCGCCGCCATCCGACGGTGCGGTTCGGGAAGAACTCGGTGGTG
CCGCTGCTGCCGCCGCAGGCCGGCACCGCCGAGGTGGACCGGACGTCCGTGGCGGCGGCG
CTGGCCGCGGTGCGCGAGCAGGGCACCGTGCTCAGTGGGCGACCCGGGCGGTGA

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR001227 Acyl transferase domain (Domain) G3DSA:3.40.366.10 Ac_transferase_reg IPR014043 Acyl transferase (Domain) PF00698 Acyl_transf_1 IPR016035 Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase (Domain) SSF52151 Acyl_Trfase/lysoPlipase IPR016036 Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding (Domain) SSF55048 Malonyl_transacylase_ACP-bd
SignalP	No significant hit
TMHMM	No significant hit

Adria_00290 Adria_00310