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Adria_00320 : CDS information

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Organism
StrainATCC 29050 (=NBRC 100596)
Entry nameDoxorubicin
Contig
Start / Stop / Direction32,894 / 33,331 / + [in whole cluster]
167 / 604 / + [in contig]
Location32894..33331 [in whole cluster]
167..604 [in contig]
TypeCDS
Length438 bp (145 aa)
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Category3.4 other modification
Productaklanonic acid methyl ester cyclase
Product (GenBank)methylaklanonic acid cyclase
Gene
Gene (GenBank)dnrD
EC number
Keyword
  • 4th ring
Note
Note (GenBank)
  • putative
Reference
ACC
PmId
[7601857] Functional characterization and transcriptional analysis of a gene cluster governing early and late steps in daunorubicin biosynthesis in Streptomyces peucetius. (J Bacteriol. , 1995)
[10200167] DnrD cyclase involved in the biosynthesis of doxorubicin: purification and characterization of the recombinant enzyme. (Biochemistry. , 1999)
comment
[PMID: 7601857](1995)
pWHM917(carrying dnrD)を含むdnrI::aphII strain(WMH1445)は、
aklanonic acid methylester(AAME) → aklaviketoneの変換ができる。
この変換でできた産物をdpsB(-)mutantに加えると、RHOへ変換可能。よって正しい中間体。

これらの演繹は、相同なStreptomyces sp. strain C5 dauD geneの機能と完全に一致する。
DnrDはDauDより16aa短い。

--
同じ著者らの続報
[PMID: 10200167](1999) abstract
Streptomyces peucetius dnrDの変異は、AAME → aklaviketone への環化をブロックする。
さらに調査するためdnrDをE.coliで過剰発現、タンパク精製、特徴づけ。
DnrDはたぶん分子内aldol縮合メカニズムを介して、AAME → aklaviketone への変換を触媒することを示した。
Related Reference
ACC
Q55215
NITE
Dauno_00090
PmId
[7836284] Analysis of clustered genes encoding both early and late steps in daunomycin biosynthesis by Streptomyces sp. strain C5. (J Bacteriol. , 1995)
comment
Blast 2nd, id97%, 4e-75
Streptomyces sp.(strain C5)_dauD
DauD protein
[DoBISCUIT]aklanonic acid methyl ester cyclase

aklanonic acid methyl ester(AAME)を蓄積するdauD dauE double mutantで、dauDが（dauE mutant株によって蓄積される）maggiemycin産生を回復する。
S.lividans TK24に導入されたとき、dauDは異種性ホストで実質的なAAME cyclase活性を与えた。
AAME clyclase活性はpH 7.5 and pH 6.0 のどちらでも観察されたので、活性のための最適pHは幅広いことが示唆される。

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selected fasta
>aklanonic acid methyl ester cyclase [methylaklanonic acid cyclase]
MSTQIDLVRRMVEAYNTGKTDDVAEFIHLEYLNPGALEHNPELRGPEAFAAAVTWLKYAF
SEEAHLEEIEYEENGPWVRAKLALYGRHVGNLVGMPATGRRFSGEQIHLIRIVDGKIRDH
RDWPDYLGTYRQLGEPWPTPEGWRP
selected fasta
>aklanonic acid methyl ester cyclase [methylaklanonic acid cyclase]
ATGAGCACGCAGATCGATCTGGTCCGCCGCATGGTGGAGGCATACAACACGGGAAAAACC
GACGATGTCGCGGAGTTCATTCACCTCGAGTACCTGAACCCCGGCGCGCTGGAGCACAAC
CCGGAGCTGCGCGGCCCGGAGGCGTTCGCGGCCGCCGTCACCTGGCTCAAGTACGCCTTC
TCCGAGGAGGCGCACCTGGAGGAGATCGAGTACGAGGAGAACGGCCCGTGGGTCCGGGCG
AAGCTCGCCCTCTACGGGCGGCACGTCGGCAACCTCGTCGGCATGCCGGCAACCGGGCGC
CGGTTCTCCGGTGAGCAGATCCACCTCATCCGCATCGTCGACGGCAAGATCCGCGATCAC
CGCGACTGGCCCGACTACCTCGGCACCTACCGCCAGCTCGGCGAGCCCTGGCCCACCCCC
GAGGGCTGGCGCCCCTGA

close this sectionFeature

BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR009959 Polyketide cyclase SnoaL-like domain (Domain)
[6-133] 5.40000000000002e-34 PF07366
PF07366   SnoaL
SignalP No significant hit
TMHMM No significant hit
Adria_00310 Adria_00310   Adria_00330 Adria_00330
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