Aran_00150 : CDS information

Location

Organism	Streptomyces echinatus
Strain	Tü303
Entry name	Aranciamycin
Contig	DQ915964
Start / Stop / Direction	20,708 / 21,517 / + [in whole cluster] 20,708 / 21,517 / + [in contig]
Location	20708..21517 [in whole cluster] 20708..21517 [in contig]
Type	CDS
Length	810 bp (269 aa)

Annotation

Category	4.1 transcriptional regulator
Product	putative transcriptional regulator
Product (GenBank)	pathway specific transcription activator
Gene
Gene (GenBank)
EC number
Keyword	SARP family
Note
Note (GenBank)	orf15
Reference	ACC A1C183 PmId [17357167] Cloning and heterologous expression of the aranciamycin biosynthetic gene cluster revealed a new flexible glycosyltransferase. (Chembiochem. , 2007) comment aranciamycin生合成gene cluster(ara-cluster)のクローニングとシークエンス報告。 ORF15(269aa): regulator 配列解析。 ORF15はpathway-specific transcription activatorをコードするかもしれない。
Related Reference	ACC P25047 NITE Adria_00210 PmId [1729206] Regulation of secondary metabolism in Streptomyces spp. and overproduction of daunorubicin in Streptomyces peucetius. (J Bacteriol. , 1992) [7868593] Functional characterization and transcriptional analysis of the dnrR1 locus, which controls daunorubicin biosynthesis in Streptomyces peucetius. (J Bacteriol. , 1995) [8971703] Purification and characterization of the DNA-binding protein DnrI, a transcriptional factor of daunorubicin biosynthesis in Streptomyces peucetius. (Mol Microbiol. , 1996) [16545946] Feedback regulation of doxorubicin biosynthesis in Streptomyces peucetius. (Res Microbiol. , 2006) [20529134] Modulation of dnrN expression by intracellular levels of DnrO and daunorubicin in Streptomyces peucetius. (FEMS Microbiol Lett. , 2010) [20158521] Daunorubicin efflux in Streptomyces peucetius modulates biosynthesis by feedback regulation. (FEMS Microbiol Lett. , 2010) comment Blast 7th, id51%, 5e-60 Streptomyces peucetius_dnrI Regulatory protein dnrI -- [PMID: 1729206](1992) ATCC 29050 strainでdnrI を不活化したら、RHO産生とdaunorubicin (DNR)産生ができなくなり、DNRへの抵抗性が著しく減った。 --- 同じ著者らの続報。 [PMID: 7868593](1995) dnrI::aphII mutantでは、DNR生合成におけるearly- and late-acting enzymesの両方をコードする転写物が存在しない。よってdnrI は、直接または間接的にDNR生合成遺伝子のすべてを調節している。 dnrI::aphII and dnrN::aphII strainsでresistance genes=drrAB and drrC転写物は消失。よって、dnrI はDNR抵抗性の重大なregulatorであり、dnrNはdnrI を通して間接的にその影響を発現する、と示唆される。 -- [PMID: 8971703](1996) abstract DNA-binding assays. ・dnrG-dpsABCD と dpsEF の間・dnrC gene と dnrDKPSQ の間の遺伝子間領域を含んだDNA断片へ特異的に結合する。 -- [PMID: 16545946](2006) abstract dnrI promoter活性を増やすためにはDnrO and DnrN の両方が必要であった。 -- [PMID: 20529134]や[PMID: 20158521]で、dnrO, dnrN, dnrI, DNRが関与する細胞内DNR濃度維持システムが提唱されている。 dnrI promoterにはDnrNが結合し活性化される。
	ACC Q83X29 PmId [12791134] The large linear plasmid pSLA2-L of Streptomyces rochei has an unusually condensed gene organization for secondary metabolism. (Mol Microbiol. , 2003) [20378964] Regulation of lankamycin biosynthesis in Streptomyces rochei by two SARP genes, srrY and srrZ. (Biosci Biotechnol Biochem. , 2010) comment Blast 24th, id47%, 1e-50 Streptomyces rochei_srrY SARP family regulator SrrY --- [PMID: 12791134](2003) ORF75: SARP family regulatory protein 遺伝子破壊から、Lankacidin and Lankamycin産生に不可欠と確認。 conserved DNA-binding motifsのalignment fig.あり。 --- [PMID: 20378964](2010) 上記論文と同じ著者ら。 srrY geneはsrrZ mutantで転写されたが、srrZ geneはsrrY mutantで転写されなかった。 SrrY proteinは特異的にsrrZの promoter regionに結合することを確認。 srrZの相補はsrrY mutantにおいてlankamycin産生を回復した。 --->SARP gene srrYはpositive mannerでsecond SARP gene srrZの発現を直接的に制御する。
	ACC Q9XCC4 PmId [11985721] Differential roles of two SARP-encoding regulatory genes during tylosin biosynthesis. (Mol Microbiol. , 2002) [16942604] Regulation of tylosin biosynthesis involving 'SARP-helper' activity. (Mol Microbiol. , 2006) comment Blast 25th, id48%, 1e-50 Streptomyces fradiae_tylS Hypothetical pathway specific regulatory protein TylS --- [PMID: 11985721](2002) tylSはtylosin産生に必須。 TysSはtylRなどの遺伝子発現を調節する。 -- [PMID: 16942604](2006) TylSでtylUは調節される。 tylU破壊でTylRが減少し、tylosin収量が80%になる。 TylS and TylUは、tylRの発現を促進するために協調して働く。

Sequence

>putative transcriptional regulator [pathway specific transcription activator]
MQMKLGVLGPLHAQLGGGSIVPTAGKPRQVLALLALRAGRAVPVSTLMEELWGDAPPRSA
STTLQTYVLHLRRAIAAALPEGCALSPKDVIGMSFGGYRLAAVVEEHDLAGFEDLALRGA
TALEAGDARAADDLLGRALDLWRGLALEDVPQGTVLELEAIGMEESRMQVLEQRITAGLR
LGRHALLIPELRVLTARHPLNENLSAQLMTAFHRAGSTWRALEEFRRLHRSVGEELGIEP
GVRLQRLHQAILSGEPEADELGLSPLLAG

>putative transcriptional regulator [pathway specific transcription activator]
ATGCAGATGAAACTCGGTGTCCTCGGTCCGCTCCACGCCCAGCTGGGCGGCGGCTCGATC
GTCCCCACGGCGGGCAAGCCCCGGCAGGTCCTCGCGCTCCTGGCCCTTCGCGCGGGGCGC
GCCGTGCCCGTGTCCACGCTGATGGAGGAGTTGTGGGGGGACGCCCCGCCCCGCAGCGCC
TCGACCACCCTGCAGACCTACGTCCTCCACTTACGCCGGGCCATAGCCGCCGCACTGCCC
GAGGGGTGCGCCCTCTCCCCGAAGGACGTCATCGGCATGTCCTTCGGCGGCTACCGGCTC
GCCGCGGTCGTCGAGGAACACGACCTGGCCGGCTTCGAGGACCTCGCGCTGCGCGGCGCG
ACCGCGCTGGAGGCCGGTGACGCCCGGGCCGCCGACGACCTGCTGGGGCGCGCCCTTGAC
CTATGGCGGGGGCTCGCGCTGGAGGACGTGCCGCAGGGCACGGTCCTGGAGCTGGAGGCC
ATCGGGATGGAGGAGTCGCGGATGCAGGTGCTGGAGCAGCGCATCACAGCCGGACTGCGG
CTGGGCCGGCACGCGTTGCTCATCCCCGAGCTGCGGGTGCTCACCGCCCGTCATCCGCTC
AACGAGAACCTCAGCGCCCAGCTCATGACGGCGTTCCACCGGGCCGGCAGCACCTGGCGG
GCGCTGGAGGAGTTCCGCCGGCTGCACCGCAGCGTCGGCGAGGAACTCGGTATCGAGCCC
GGTGTCCGGCTCCAGCGGCTGCACCAGGCGATCCTGAGCGGCGAACCGGAGGCCGACGAG
CTCGGCCTCAGCCCCCTGCTGGCGGGCTGA

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR001867 Signal transduction response regulator, C-terminal (Domain) SM00862 Trans_reg_C PF00486 Trans_reg_C IPR005158 Bacterial transcriptional activator domain (Domain) SM01043 BTAD PF03704 BTAD IPR011991 Winged helix-turn-helix transcription repressor DNA-binding (Domain) G3DSA:1.10.10.10 Wing_hlx_DNA_bd IPR016032 Signal transduction response regulator, C-terminal effector (Domain) SSF46894 Bipartite_resp_reg_C-effector
SignalP	Eukaryota
TMHMM	No significant hit

Aran_00140 Aran_00160