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Acla_00100 : CDS information

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Organism
StrainATCC 31615
Entry nameAclacinomycin A
Contig
Start / Stop / Direction8,311 / 9,417 / + [in whole cluster]
8,311 / 9,417 / + [in contig]
Location8311..9417 [in whole cluster]
8311..9417 [in contig]
TypeCDS
Length1,107 bp (368 aa)
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Category1.1 PKS
Productpolyketide synthase beta-ketoacyl synthase subunit
Product (GenBank)AknE2
Gene
Gene (GenBank)aknE2
EC number
Keyword
  • propionyl-CoA dependent
  • type II PKS
Note
Note (GenBank)
  • similar to DpsC
Reference
ACC
PmId
[12137949] Cloning and characterization of Streptomyces galilaeus aclacinomycins polyketide synthase (PKS) cluster. (Gene. , 2002)
comment
aclacinomycin PKSを含んだ13.5kb領域のクローニング、シークエンス報告論文。

AknE2: determines the starter unit
overlapがあるので、たぶんaknDと翻訳共役する。

Daunorubicin生合成においてstarter unitとして役立つpropionateに関与するとされるDpsCに相同性あり。

plasmid pSgsPCR6(aknBCDE2F)は、S.galilaeusのminimal PKS不全mutant H071を相補し、anthracyclinone産生を回復。

S.lividans TK24 and A.coelicolor CH999において、pMC10aM導入でauramycinone(C9はmethyl基=acetate由来)産生。
pMC10aMのminimal PKS genes(snoa123)をaclacinomycin clusterのminimal PKS genes(aknBCDE2F)で置換して導入するとaklavinone(C9はethyl基=propionate由来)産生。
Related Reference
ACC
Q54816
NITE
Adria_00290
PmId
[10419974] The Streptomyces peucetius dpsC gene determines the choice of starter unit in biosynthesis of the daunorubicin polyketide. (J Bacteriol. , 1999)
[10423255] Purification and properties of the Streptomyces peucetius DpsC beta-ketoacyl:acyl carrier protein synthase III that specifies the propionate-starter unit for type II polyketide biosynthesis. (Biochemistry. , 1999)
comment
Blast 5th, id60%, 1e-103
Streptomyces peucetius_dpsC
daunorubicin-doxorubicin polyketide synthase

---
[PMID: 10419974](1999)
dpsCDを含まないとstarter unitがacetateの化合物しかできない。
DnrG and DpsABEFG + purified DpsCで、starterがpropionyl-CoAのUMW5を産生できる。
DpsDに関しては、内在性の酵素が代替している可能性あり。

DpsCは、aklanonic acidの最初の5C unitを合成するために、DpsG and DpsDと、またはDpsG, DpsD, and DpsABと一緒にKS IIIとして機能するかもしれないとref2で実証されている。

↓そのref2
---
[PMID: 10423255](1999) abstract
精製されたDpsCは基質としてpropionyl-CoAを使用すること、Ser-118でpropionateによってacylateされることがわかった。
基質特異性は高く、propionyl-CoAのみを利用し、malonyl-CoA, 2-methylmalonyl-CoA or acetyl-CoAを使用しない。

DpsCは、propionyl-CoAとmalonyl-ACPの縮合を触媒することでKAS III活性を示す。
ACPへのpropionateの移動においてacyltransferseとしても機能する。
ACC
Q55225
NITE
Dauno_00180
PmId
[11162232] The product of dpsC confers starter unit fidelity upon the daunorubicin polyketide synthase of Streptomyces sp. strain C5. (Metab Eng. , 2001)
comment
Blast 9th, id57%, 1e-88
Streptomyces sp.(Strain C5)_dauA
DauA protein

このentryはdpsCに相当。

abstract:
dpsABCDEFG + dauGI をS.lividansで異種性発現すると、daunorubicin(DNR)生合成中間体であるaklanonic acid形成。
これからdpsCを削除すると、acetyl-CoA starter unit由来desmethylaklanonic acidと、propionyl-CoA由来aklanonic acidの両方を産生（比率は6:4)。
このようにDpsCがないとstarterとしてpropionyl-CoAの選択性が弱くなることから、DpsCをpropionyl starter unit "fidelity factor"と呼ぶことを提唱している。

Streptomyces sp. strain C5のdpsCD deletion mutantはDNR産生可能。
でもacetyl-CoAをstarterとする産物形成が増える。
このmutantにdpsCのみの発現でwild表現型回復。

close this sectionPKS/NRPS Module

KS122..352

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selected fasta
>polyketide synthase beta-ketoacyl synthase subunit [AknE2]
MTEEHLDPAGGAPTARAPEQDIRIAGCAAWLPPRVPVAKTVAAGLCDEALATATAMVSVA
VAQDEPAPEMAARAARTALARDGSDDVSLILHASFFYQGHDLWAPASYVQRVAVGNRCPA
IEVGQVSNGGMAALGLAVDHLSAGRPAEAGRRVLVTTGDAFRPPGFDRWRSDPGTFYGDG
GTALVLSSGEGFARIRGLATVSAPELEGMHRGDDPFGDTPFSHRPVVDLEACKKDFLASR
RVTQVIAASAAAQDAALGQALAAAGAGLADIDRFVLPHMGRKRLRAGFLNRLGIGEDRTT
WEWSRGVGHLGAGDQIAGFDHLVGSGSLGPGDLVLWMSVGAGFTYSCAVVEMLERPGWAG
TARTAGAA
selected fasta
>polyketide synthase beta-ketoacyl synthase subunit [AknE2]
ATGACCGAGGAGCACCTCGACCCCGCGGGCGGCGCTCCCACCGCGCGGGCCCCGGAGCAG
GACATCCGGATCGCGGGGTGCGCAGCCTGGCTGCCGCCCCGCGTGCCGGTCGCGAAGACG
GTGGCTGCGGGACTGTGCGACGAGGCCCTGGCCACGGCCACCGCCATGGTCTCGGTGGCC
GTGGCGCAGGACGAGCCGGCCCCCGAGATGGCGGCGAGGGCGGCCCGGACCGCCCTCGCG
CGCGACGGCTCCGACGACGTGTCGCTGATCCTGCACGCCAGCTTCTTCTACCAGGGGCAC
GACCTGTGGGCGCCCGCCTCCTACGTCCAGCGCGTCGCCGTCGGCAACCGGTGCCCCGCG
ATCGAGGTCGGCCAGGTGTCCAACGGCGGCATGGCCGCCCTCGGCCTCGCCGTCGACCAC
CTGAGCGCCGGGCGGCCGGCCGAGGCGGGCCGGCGCGTCCTGGTGACGACCGGTGACGCC
TTCCGCCCGCCCGGCTTCGACCGCTGGCGCAGCGATCCGGGCACCTTCTACGGGGACGGG
GGCACCGCGCTGGTGCTGTCCTCGGGGGAGGGGTTCGCCCGGATCCGCGGACTGGCCACC
GTCTCCGCTCCGGAGCTGGAGGGGATGCACCGCGGTGACGACCCCTTCGGGGACACACCG
TTCAGCCACCGTCCGGTCGTCGACCTGGAAGCCTGCAAGAAGGACTTCCTCGCCTCTCGC
CGGGTGACCCAGGTGATCGCCGCGAGCGCGGCCGCGCAGGACGCAGCCCTCGGCCAGGCC
CTCGCGGCGGCCGGGGCCGGACTCGCGGACATCGACCGCTTCGTCCTTCCCCACATGGGC
CGCAAGCGGTTGCGGGCCGGCTTCCTCAACCGCCTCGGGATCGGGGAGGACCGCACCACC
TGGGAGTGGAGCCGCGGTGTCGGGCACCTGGGGGCCGGTGACCAGATCGCCGGCTTCGAC
CACCTGGTCGGCTCCGGGAGCCTCGGCCCCGGCGACCTGGTCCTGTGGATGAGCGTGGGC
GCCGGGTTCACCTACTCCTGCGCGGTCGTCGAGATGCTGGAACGGCCCGGCTGGGCCGGT
ACGGCGCGTACGGCAGGTGCCGCGTGA
KS122..352
KS364..1056

close this sectionFeature

BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR013747 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III C-terminal (Domain)
[261-352] 5.20000000000001e-20 PF08541
PF08541   ACP_syn_III_C
IPR013751 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III (Domain)
[122-195] 1.1e-05 PF08545
PF08545   ACP_syn_III
IPR016038 Thiolase-like, subgroup (Domain)
[19-182] 5.69999999999999e-16 G3DSA:3.40.47.10 [183-191] 3.2e-20 G3DSA:3.40.47.10 [224-351] 3.2e-20 G3DSA:3.40.47.10
G3DSA:3.40.47.10   Thiolase-like_subgr
IPR016039 Thiolase-like (Domain)
[12-355] 2.90000354677981e-25 SSF53901
SSF53901   Thiolase-like
SignalP
[1-38] 0.13 Signal
Bacteria, Gram-negative   
TMHMM No significant hit
Acla_00090 Acla_00090   Acla_00110 Acla_00110
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