Acla_00110 : CDS information

Location

Organism	Streptomyces galilaeus
Strain	ATCC 31615
Entry name	Aclacinomycin A
Contig	AF257324
Start / Stop / Direction	9,414 / 10,457 / + [in whole cluster] 9,414 / 10,457 / + [in contig]
Location	9414..10457 [in whole cluster] 9414..10457 [in contig]
Type	CDS
Length	1,044 bp (347 aa)

Annotation

Category	1.4 Other
Product	putative acyl-ACP thioesterase
Product (GenBank)	AknF
Gene
Gene (GenBank)	aknF
EC number
Keyword	type II thioesterase non-acetate starter unit
Note
Note (GenBank)	similar to DpsD
Reference	ACC Q9L547 PmId [12137949] Cloning and characterization of Streptomyces galilaeus aclacinomycins polyketide synthase (PKS) cluster. (Gene. , 2002) comment aclacinomycin PKSを含んだ13.5kb領域のクローニング、シークエンス報告論文。 AknF: acyltransferase polyketide形成の開始で役割を果たすかもしれないDpsDに相同性あり。 plasmid pSgsPCR6(aknBCDE2F)は、S.galilaeusのminimal PKS不全mutant H071を相補し、anthracyclinone産生を回復。 S.lividans TK24 and A.coelicolor CH999において、pMC10aM導入でauramycinone(C9はmethyl基=acetate由来)産生。 pMC10aMのminimal PKS genes(snoa123)をaclacinomycin clusterのminimal PKS genes(aknBCDE2F)で置換して導入するとaklavinone(C9はethyl基=propionate由来)産生。
Related Reference	ACC Q9KHK3 NITE Enter_00120 PmId [21531566] Policing starter unit selection of the enterocin type II polyketide synthase by the type II thioesterase EncL. (Bioorg Med Chem. , 2011) comment Blast 15th, id51%, 1e-72 Streptomyces maritimus_encL Putative acyl transferase EncL encL mutantはwildと類似したレベルのenterocinを産生。 encABCNDを含んだplasmidを異種性発現すると、benzoate-primed polyketides wailupemycinsを産生。 8His-tagged EncLをE.coliで産生してin vitro実験に使用。 EncABC + malonyl-CoA でuncharacterized acetate primed polyketidesが産生されるが、この反応にEncLを加えるとこれらの産物が減る。 EncABCN + benzoyl-CoA, malonyl-CoA でbenzoate-primed wailupemycinsが産生されるが、この反応にEncLを加えるとこれらの産物が増える。 acetyl- and benzoyl-EncC に EncLを加えたときのholo-EncC, acetyl-EncC, and benzoyl-EncCの量をタイムコースで定量。 acetyl-EncCはEncLを加えて30秒後に枯渇。これに対応するholo-EncC増加あり。 benzoyl-EncCは相対的にゆっくり加水分解された。これらの結果からEncLは、misprimed acetyl-ACP(EncC)を加水分解してEncCに戻すことにより正しいstarter unit benzoyl-ACP(EncC)が取り込まれ、enterocin合成が進むようにすると提唱。
Related Reference	ACC Q9F6D9 NITE R1128_00030 PmId [15260498] The acyltransferase homologue from the initiation module of the R1128 polyketide synthase is an acyl-ACP thioesterase that edits acetyl primer units. (Biochemistry. , 2004) comment Blast 16th, id52%, 1e-67 Streptomyces sp. R1128_zhuC Acyl transferase tcm minimal PKS genesとの発現でZhuCの役割を確認。 tcm minimal PKSは非acetateなacyl基で直接primeされることができる。 ZhuCがあるとacetate-primed decaketides合成がなくなり、hexanoyl-primed octaketides合成のみになる。 ZhuCは、hexanoyl- and octanoyl-ACPより100倍よい特異性をacetyl- and propionyl-ACPに持つ。 ZhuCはacyl-ZhuG から holo-ZhuNへのtransacylationを触媒するが、そのacyl移動率はin vivoで生理学的に関連するためには遅すぎる。よってZhuCはacetyl-ACP thioesteraseとして働き、PKS伸長moduleをprimeするalkylacyl-ZhuGと競合するacetate primer unitsを一掃する。

Sequence

>putative acyl-ACP thioesterase [AknF]
MTGTAGALPVALLLPGQGSQHRRMAAGLYGHEPVFTEAMDEFFDAAGPEGDPLRDDWLAE
RPVTDIDHVTRSQPLLFAVDHALGRLVLGRGVRPAALLGHSIGELAAATLAGVFAPRDAA
GLVLDRIRRLSAAPPGGMLAVAASTAEVAPYLRGDVVVGAVNAPRQTVLAGPDGPLDEVD
RALREAGFVCRRVPSLSAFHSPVLEPACRGAAPLFAAACKHPPAVPVHSAYTAAPLTESD
IDDPAFWARQPVAPVLFWPALEGLLATGDHLLVEVGPGQGLSQLVRRHPAVRRGGSAVVS
LLPARPGPPEADRAAVAAATEQITAAGRQAAPASADHGRPSRQAAAG

>putative acyl-ACP thioesterase [AknF]
GTGACCGGCACCGCGGGGGCCCTGCCGGTCGCCCTGCTGCTGCCGGGCCAGGGCTCCCAG
CACCGGCGGATGGCCGCGGGGCTCTACGGGCACGAGCCGGTGTTCACCGAGGCCATGGAC
GAGTTCTTCGACGCGGCCGGCCCCGAGGGCGATCCGCTGCGCGACGACTGGCTGGCCGAA
CGGCCCGTCACGGACATCGACCACGTCACCCGCTCACAGCCGCTGCTCTTCGCCGTGGAC
CACGCGCTGGGGCGGCTGGTGCTCGGCCGGGGTGTGCGCCCGGCGGCCCTCCTGGGGCAC
AGTATCGGGGAGCTGGCGGCGGCCACGCTGGCCGGGGTGTTCGCTCCGCGGGACGCCGCC
GGCCTGGTGCTCGACCGGATACGGCGGCTGTCGGCGGCTCCGCCGGGCGGCATGCTCGCG
GTGGCCGCGTCCACGGCGGAGGTGGCCCCGTACCTGAGGGGAGACGTCGTGGTCGGCGCG
GTCAACGCCCCGCGGCAGACCGTGCTCGCCGGACCCGACGGCCCGCTGGACGAGGTGGAC
CGTGCCCTGCGGGAGGCCGGGTTCGTCTGCCGCCGGGTGCCGTCGCTGAGCGCCTTCCAC
AGCCCGGTGCTCGAACCCGCCTGCCGGGGGGCGGCCCCTCTCTTCGCCGCGGCCTGCAAG
CATCCGCCGGCCGTGCCGGTCCACTCCGCCTACACCGCCGCCCCGCTGACGGAGTCAGAC
ATCGACGACCCCGCCTTCTGGGCGCGGCAGCCGGTGGCGCCGGTGCTGTTCTGGCCCGCT
CTGGAAGGGCTGCTGGCCACCGGCGACCATCTGCTGGTGGAGGTGGGGCCGGGACAAGGG
CTGTCCCAGCTGGTCCGCCGTCACCCGGCTGTGCGCCGGGGCGGCAGTGCCGTGGTGTCG
CTGCTTCCGGCGCGGCCGGGGCCGCCGGAGGCGGACCGGGCCGCGGTGGCCGCCGCCACG
GAGCAGATCACGGCGGCGGGGCGCCAGGCCGCCCCCGCGAGCGCGGACCACGGCCGGCCG
TCACGGCAGGCCGCGGCCGGCTGA

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR001227 Acyl transferase domain (Domain) G3DSA:3.40.366.10 Ac_transferase_reg IPR014043 Acyl transferase (Domain) PF00698 Acyl_transf_1 IPR016035 Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase (Domain) SSF52151 Acyl_Trfase/lysoPlipase IPR016036 Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding (Domain) SSF55048 Malonyl_transacylase_ACP-bd
SignalP	Bacteria, Gram-positive Eukaryota
TMHMM	No significant hit

Acla_00100 Acla_00120