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Acla_00130 : CDS information

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Organism
StrainATCC 31615
Entry nameAclacinomycin A
Contig
Start / Stop / Direction11,570 / 12,004 / + [in whole cluster]
11,570 / 12,004 / + [in contig]
Location11570..12004 [in whole cluster]
11570..12004 [in contig]
TypeCDS
Length435 bp (144 aa)
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Category3.4 other modification
Productputative aklanonic acid methyl ester cyclase
Product (GenBank)AknH
Gene
Gene (GenBank)aknH
EC number
Keyword
  • 4th ring
Note
Note (GenBank)
  • aklanonic acid methyl ester cyclase
Reference
ACC
PmId
[12137949] Cloning and characterization of Streptomyces galilaeus aclacinomycins polyketide synthase (PKS) cluster. (Gene. , 2002)
[10658662] Elucidation of anthracyclinone biosynthesis by stepwise cloning of genes for anthracyclines from three different Streptomyces spp. (Microbiology. , 2000)
[16414075] Crystal structure of the polyketide cyclase AknH with bound substrate and product analogue: implications for catalytic mechanism and product stereoselectivity. (J Mol Biol. , 2006)
comment
[PMID: 12137949](2002)
aclacinomycin PKSを含んだ13.5kb領域のクローニング、シークエンス報告論文。

AknH: aklanonic acid methyl ester cyclase(AAME-cyclase)

aknH(旧acmA)はaglycone部分の最後の環を閉じるAAME-CYCをコードすると既に示されている。

↓そのRef
--
[PMID: 10658662](2000)
S.lividans TK24にsno123ABCDEを発現するとnogalonic acid methyl ester(NAME)を蓄積。
sno123ABCDE+acmAを発現すると、4環目が閉じたauraviketoneを産生。

--
[PMID: 16414075](2006) abstract
AknHとSnoaLは構造的、機構的に似ているが、反応産物が立体化学的に異なる。
同じ基質(NAME)を与えたとき、AknH産物は一般的なC9-R、SnoaL産物はC9-S。
これはAknHのTyr15 and Asn51に由来し、SnoaLのPhe and Leuで置換すると産物立体選択性は失われる。
Related Reference
ACC
Q54808
NITE
Adria_00320
PmId
[7601857] Functional characterization and transcriptional analysis of a gene cluster governing early and late steps in daunorubicin biosynthesis in Streptomyces peucetius. (J Bacteriol. , 1995)
[10200167] DnrD cyclase involved in the biosynthesis of doxorubicin: purification and characterization of the recombinant enzyme. (Biochemistry. , 1999)
comment
Blast 4th, id70%, 4e-51
Streptomyces peucetius_dnrD
Methylaklanonic acid cyclase
[DoBISCUIT]aklanonic acid methyl ester cyclase

--
[PMID: 7601857](1995)
pWHM917(carrying dnrD)を含むdnrI::aphII strain(WMH1445)は、
aklanonic acid methylester(AAME) → aklaviketoneの変換ができる。
この変換でできた産物をdpsB(-)mutantに加えると、RHOへ変換可能。よって正しい中間体。

これらの演繹は、相同なStreptomyces sp. strain C5 dauD geneの機能と完全に一致する。
DnrDはDauDより16aa短い。

--
同じ著者らの続報
[PMID: 10200167](1999) abstract
Streptomyces peucetius dnrDの変異は、AAME → aklaviketone への環化をブロックする。
さらに調査するためdnrDをE.coliで過剰発現、タンパク精製、特徴づけ。
DnrDはたぶん分子内aldol縮合メカニズムを介して、AAME → aklaviketone への変換を触媒することを示した。
ACC
Q55215
NITE
Dauno_00090
PmId
[7836284] Analysis of clustered genes encoding both early and late steps in daunomycin biosynthesis by Streptomyces sp. strain C5. (J Bacteriol. , 1995)
comment
Blast 8th, id71%, 3e-50
Streptomyces sp.(strain C5)_dauD
DauD protein
[DoBISCUIT]aklanonic acid methyl ester cyclase

aklanonic acid methyl ester(AAME)を蓄積するdauD dauE double mutantで、dauDが（dauE mutant株によって蓄積される）maggiemycin産生を回復する。
S.lividans TK24に導入されたとき、dauDは異種性ホストで実質的なAAME cyclase活性を与えた。
AAME clyclase活性はpH 7.5 and pH 6.0 のどちらでも観察されたので、活性のための最適pHは幅広いことが示唆される。

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selected fasta
>putative aklanonic acid methyl ester cyclase [AknH]
MSEQIAAVRRMVEAYNTGKTDDVADYIHPEYMNPGTLEFTSLRGPELFAINVAWVKKTFS
EEARLEEVGIEERADWVRARLVLYGRHVGEMVGMAPTGRLFSGEQIHLLHFVDGKIHHHR
DWPDYQGTYRQLGEPWPETEHRRP
selected fasta
>putative aklanonic acid methyl ester cyclase [AknH]
GTGAGTGAGCAGATAGCGGCCGTTCGGCGCATGGTCGAGGCGTACAACACCGGAAAAACG
GATGATGTGGCCGACTACATCCATCCGGAATACATGAATCCGGGAACCCTGGAATTCACC
TCGCTGCGTGGCCCGGAACTCTTCGCGATCAATGTCGCGTGGGTCAAGAAGACGTTCTCC
GAGGAGGCGCGGCTGGAAGAGGTCGGCATCGAGGAGCGGGCCGACTGGGTGCGCGCCCGG
CTGGTGCTCTACGGCCGGCACGTCGGTGAGATGGTCGGCATGGCGCCGACCGGACGGCTG
TTCTCCGGCGAGCAGATCCATCTCCTGCACTTCGTCGACGGGAAGATCCACCACCACCGC
GACTGGCCCGACTACCAGGGCACCTACCGCCAGCTCGGCGAGCCGTGGCCGGAGACCGAG
CACCGCCGTCCCTGA

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BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR009959 Polyketide cyclase SnoaL-like domain (Domain)
[7-132] 1.9e-34 PF07366
PF07366   SnoaL
SignalP No significant hit
TMHMM No significant hit
Acla_00120 Acla_00120   Acla_00140 Acla_00140
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