Acla_00140 : CDS information

Location

Organism	Streptomyces galilaeus
Strain	ATCC 31615
Entry name	Aclacinomycin A
Contig	AF257324
Start / Stop / Direction	12,048 / 12,890 / + [in whole cluster] 12,048 / 12,890 / + [in contig]
Location	12048..12890 [in whole cluster] 12048..12890 [in contig]
Type	CDS
Length	843 bp (280 aa)

Annotation

Category	4.1 transcriptional regulator
Product	putative transcriptional regulator
Product (GenBank)	AknI
Gene
Gene (GenBank)	aknI
EC number
Keyword	SARP family
Note
Note (GenBank)	regulator
Reference	ACC Q9L545 PmId [12137949] Cloning and characterization of Streptomyces galilaeus aclacinomycins polyketide synthase (PKS) cluster. (Gene. , 2002) comment aclacinomycin PKSを含んだ13.5kb領域のクローニング、シークエンス報告論文。 AknI: activator 配列解析のみ。 SARP familyに属する酵素に相同性あり。同じakn clusterのAknOにid47%.
Related Reference	ACC Q83X29 PmId [12791134] The large linear plasmid pSLA2-L of Streptomyces rochei has an unusually condensed gene organization for secondary metabolism. (Mol Microbiol. , 2003) [20378964] Regulation of lankamycin biosynthesis in Streptomyces rochei by two SARP genes, srrY and srrZ. (Biosci Biotechnol Biochem. , 2010) comment Blast 22nd, id46%, 3e-53 Streptomyces rochei_srrY SARP family regulator SrrY --- [PMID: 12791134](2003) ORF75: SARP family regulatory protein Gene disruptionからLankacidin, Lankamycin産生に不可欠と確認。 conserved DNA-binding motifsのalignment fig.あり。 --- [PMID: 20378964](2010) 上記論文と同じ著者ら。 srrY geneはsrrZ mutantで転写されたが、srrZ geneはsrrY mutantで転写されなかった。 SrrY proteinは特異的にsrrZの promoter regionに結合することを確認。 srrZの相補はsrrY mutantにおいてlankamycin産生を回復した。 --->SARP gene srrYはpositive mannerでsecond SARP gene srrZの発現を直接的に制御する。
	ACC P25047 NITE Adria_00210 PmId [1729206] Regulation of secondary metabolism in Streptomyces spp. and overproduction of daunorubicin in Streptomyces peucetius. (J Bacteriol. , 1992) [7868593] Functional characterization and transcriptional analysis of the dnrR1 locus, which controls daunorubicin biosynthesis in Streptomyces peucetius. (J Bacteriol. , 1995) [8971703] Purification and characterization of the DNA-binding protein DnrI, a transcriptional factor of daunorubicin biosynthesis in Streptomyces peucetius. (Mol Microbiol. , 1996) [16545946] Feedback regulation of doxorubicin biosynthesis in Streptomyces peucetius. (Res Microbiol. , 2006) [20529134] Modulation of dnrN expression by intracellular levels of DnrO and daunorubicin in Streptomyces peucetius. (FEMS Microbiol Lett. , 2010) [20158521] Daunorubicin efflux in Streptomyces peucetius modulates biosynthesis by feedback regulation. (FEMS Microbiol Lett. , 2010) comment Blast 32nd, id45%, 3e-50 Streptomyces peucetius_dnrI Regulatory protein dnrI -- [PMID: 1729206](1992) ATCC 29050 strainでdnrI を不活化したら、RHO産生とdaunorubicin (DNR)産生ができなくなり、DNRへの抵抗性が著しく減った。 --- 同じ著者らの続報。 [PMID: 7868593](1995) dnrI::aphII mutantでは、DNR生合成におけるearly- and late-acting enzymesの両方をコードする転写物が存在しない。よってdnrI は、直接または間接的にDNR生合成遺伝子のすべてを調節している。 dnrI::aphII and dnrN::aphII strainsでresistance genes=drrAB and drrC転写物は消失。よって、dnrI はDNR抵抗性の重大なregulatorであり、dnrNはdnrI を通して間接的にその影響を発現する、と示唆される。 -- [PMID: 8971703](1996) abstract DNA-binding assays. ・dnrG-dpsABCD と dpsEF の間・dnrC gene と dnrDKPSQ の間の遺伝子間領域を含んだDNA断片へ特異的に結合する。 -- [PMID: 16545946](2006) abstract dnrI promoter活性を増やすためにはDnrO and DnrN の両方が必要であった。 -- [PMID: 20529134]や[PMID: 20158521]で、dnrO, dnrN, dnrI, DNRが関与する細胞内DNR濃度維持システムが提唱されている。 dnrI promoterにはDnrNが結合し活性化される。
	ACC Q194R8 NITE Mith_00020 PmId [9882681] The mithramycin gene cluster of Streptomyces argillaceus contains a positive regulatory gene and two repeated DNA sequences that are located at both ends of the cluster. (J Bacteriol. , 1999) comment Blast 13th, id45%, 1e-55 Streptomyces argillaceus_mtmR Mithramycin regulator MtmR mithramycin産生株Streptomyces argillaceusの染色体のシークエンスから、orfAとmtmRを同定。 mtmRの推定AA配列はSARP familyに属するpositive regulatorsに似ている。 mtmRの不活化で、mithramycin生合成は完全に廃止される。よってmtmRはmithramycin生合成に必須である。 mtmRのextra copiesがあるとmithramycin産生は16倍に増えた。 actinorhodin-specific activator ActII-orf4が不活化されたStreptomyces coelicolor JF1 mutantにおいてmtmRを発現すると、actinorhodin産生を回復する。 actinorhodin entire clusterを持つが普通の条件下では発現されていないStreptomyces lividans TK21においてmtmRを発現すると、actinorhodin産生を活性化する。よって、mtmRはmithramycin生合成のpositive regulatorであると示唆される。

Sequence

>putative transcriptional regulator [AknI]
MEFGVLGPLYVRVNGATTAPSAPKLRNVLAMLLVHAGQVVPVPSLVRDLWDEDPPVSGLT
TLQTYILNLRKMFSAVTGLTTAEVARDVLVTRAGGYALAAEAGVLDIHRYQRLVTSGREA
LARGDDAAGVRDLNEALLLWRGPALADVPAGRVLESRRRQLEESRLAAFEYLVDVELRLG
MYREVLAELAALTVENPLHEGLHGQYMWALHLSGRRAQALQVFHRLRGALVAGLGLEPGP
QVQRLHQAVLNADTAFEPRFTVRRTAVAASATAFGGGRSY

>putative transcriptional regulator [AknI]
ATGGAGTTCGGTGTTCTGGGACCGCTGTACGTGCGGGTGAACGGTGCGACCACCGCGCCG
AGCGCCCCGAAACTGCGGAACGTGCTGGCGATGCTGCTCGTCCACGCGGGGCAGGTGGTG
CCTGTGCCGTCGCTGGTGCGGGACCTGTGGGACGAGGATCCGCCGGTCAGCGGCCTGACC
ACGCTGCAGACGTACATCCTGAACCTGCGCAAGATGTTCTCCGCGGTCACCGGACTGACC
ACCGCGGAGGTGGCCCGCGACGTCCTGGTGACCCGTGCGGGCGGATACGCGCTGGCCGCG
GAGGCCGGCGTGCTCGACATCCACCGCTACCAGCGCCTCGTGACCTCCGGCCGAGAGGCC
CTGGCGCGCGGTGACGACGCGGCCGGGGTTCGGGACCTGAACGAGGCGCTGCTGCTGTGG
CGGGGCCCCGCGCTGGCGGACGTACCGGCGGGGCGGGTGCTGGAGAGCAGGCGCCGGCAG
CTGGAGGAGTCCCGGCTCGCCGCCTTCGAATACCTGGTCGACGTGGAGCTGCGGCTCGGC
ATGTACCGCGAGGTGCTCGCCGAGCTGGCCGCCCTCACGGTGGAGAACCCGCTGCACGAG
GGGCTGCACGGCCAGTACATGTGGGCCCTGCACCTCAGCGGGCGGCGGGCCCAGGCGTTG
CAGGTCTTCCACCGGCTGCGGGGTGCGCTGGTGGCGGGTCTCGGCCTGGAGCCGGGTCCG
CAGGTGCAGCGGCTGCACCAGGCGGTGCTGAACGCGGACACCGCCTTCGAACCCCGCTTC
ACCGTGCGCCGGACCGCGGTCGCCGCGTCGGCCACGGCCTTCGGGGGCGGACGGTCGTAC
TGA

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR001867 Signal transduction response regulator, C-terminal (Domain) SM00862 Trans_reg_C PF00486 Trans_reg_C IPR005158 Bacterial transcriptional activator domain (Domain) SM01043 BTAD PF03704 BTAD IPR011991 Winged helix-turn-helix transcription repressor DNA-binding (Domain) G3DSA:1.10.10.10 Wing_hlx_DNA_bd IPR016032 Signal transduction response regulator, C-terminal effector (Domain) SSF46894 Bipartite_resp_reg_C-effector
SignalP	Bacteria, Gram-positive
TMHMM	No significant hit

Acla_00130 Acla_00150