Avil_00220 : CDS information

Location

Organism	Streptomyces viridochromogenes
Strain	Tü57
Entry name	Avilamycin
Contig	AF333038
Start / Stop / Direction	21,692 / 22,759 / + [in whole cluster] 21,692 / 22,759 / + [in contig]
Location	21692..22759 [in whole cluster] 21692..22759 [in contig]
Type	CDS
Length	1,068 bp (355 aa)

Annotation

Category	2.3 modification addition of sugar moiety
Product	putative glucose-1-phosphate thymidylyltransferase putative dTDP-glucose synthase
Product (GenBank)	putative dTDP glucose synthetase
Gene
Gene (GenBank)	aviD
EC number	2.7.7.24
Keyword	D-olivose 2-deoxy-D-evalose
Note
Note (GenBank)	AviD
Reference	ACC O05171 PmId [9335272] Cloning of an avilamycin biosynthetic gene cluster from Streptomyces viridochromogenes Tu57. (J Bacteriol. , 1997) [11410376] Biosynthesis of the orthosomycin antibiotic avilamycin A: deductions from the molecular analysis of the avi biosynthetic gene cluster of Streptomyces viridochromogenes Tu57 and production of new antibiotics. (Chem Biol. , 2001) [16242656] Genes encoding enzymes responsible for biosynthesis of L-lyxose and attachment of eurekanate during avilamycin biosynthesis. (Chem Biol. , 2005) comment [PMID:9335272] Avilamycin生合成遺伝子クラスターの報告。 ORF1-4(orf1, aviM, aviD, aviE)のcloningをしている。このORFは、ORF3(aviD)。 aviD, aviEの各欠損株は、avilamycinを産生することができないことからavilamycin生合成に必須であることを示した。 aviDとaviEはavilamycinsのcomponentである6-deoxyhexoses(D-olivoseや2-deoxy-D-evalose)生合成の初期段階に関与すると推測している。 --- [PMID:11410376] Avilamycin生合成遺伝子クラスターの報告。完全長のcloning解析。 AviD: dTDP-glucose synthetase from S. griseus [Proposed function:Sugar biosynthesis (D-olivose, 2-deoxy-D-evalose)] このORFの機能解析はされていない。 L-lyxoseの合成は、pentose phosphate pathwayで合成されるD-ribose-5-phosphateから開始すると推測している。 --- [PMID:16242656] L-lyxose生合成に関与するORFの報告。ラべリングしたグルコースを添加した培地を用いその培養生産物を解析したところ、C-1 positionで13Cの出現が増加したことからすべての複合体の前駆体はD-glucoseを利用することを示した。 L-lyxoseの前駆体はribose-5-phosphateであるという仮定と対照的であった。 aviD欠損株はavilamycin誘導体を産生しなかった。このORFの機能解析はされていない。
Related Reference	ACC P08075 PmId [3118332] Gene cluster for streptomycin biosynthesis in Streptomyces griseus: nucleotide sequence of three genes and analysis of transcriptional activity. (Nucleic Acids Res. , 1987) comment Streptomyces griseus Glucose-1-phosphate thymidylyltransferas_strD E. coliのADP-glucose pyrophosphorylaseと相同性を示す。 strD欠損株作製は、streptomycin生合成のlate stepをブロックすることからstreptomycinのlate stepに関与するnucleotidylating enzymeだとしている。
Related Reference	ACC Q194R4 NITE Mith_00060 PmId [9150235] Cloning and insertional inactivation of Streptomyces argillaceus genes involved in the earliest steps of biosynthesis of the sugar moieties of the antitumor polyketide mithramycin. (J Bacteriol. , 1997) comment Streptomyces argillaceus dTDP-glucose synthase_mtmD E. coli発現タンパクで以下の2酵素の活性みている。 mtmD: glucose-1-phosphate:dTTP thymidylyl transferase mtmE: dTDP-D-glucose 4,6-dehydratase mtmD mutantはpremithramycinoneを蓄積する。

Sequence

>putative glucose-1-phosphate thymidylyltransferase [putative dTDP glucose synthetase]
MKALILVGGVGSRLRPITHTSAKQLVPVANRTVLSYVLDSIKEAGISEVGIVVGATAAEI
QASVGDGAEFGLDVTYIQQDAPRGLADAVLVSRDFLGDDDFVMYLGDNYVVDGIVDFVAD
FRRDKPAAQVMLARVADPRRFGVAELDENGRVTAVVEKPQDPRSDLAIVGVYAFSSAVHE
AVAGIRPSWRNELEITDALQWLADHGHEVGSTVIDRYWKDVASVTDVLEMNRHLLESLET
RIDGEVDEASELVGRVVVEAGAKISGSRIVGPAVIGPDTVVQDSYLGPFTSIEGNCRVAH
SEIQYSIVLRGASIEGVARVEDSVIGRETEVNAAPRTSTAHRLVLGDHSRVQVGG

>putative glucose-1-phosphate thymidylyltransferase [putative dTDP glucose synthetase]
ATGAAGGCGCTCATATTGGTGGGCGGGGTTGGCTCGAGGCTGCGGCCGATTACGCATACC
TCGGCCAAACAACTGGTCCCGGTGGCCAATAGAACTGTTCTCTCCTATGTACTGGATTCC
ATCAAGGAGGCCGGAATATCGGAGGTCGGGATTGTCGTCGGGGCGACCGCGGCGGAGATC
CAGGCTTCCGTGGGAGACGGCGCGGAGTTCGGCCTGGACGTCACCTACATCCAGCAGGAC
GCCCCGCGCGGGCTGGCCGACGCCGTGCTCGTGTCCCGTGACTTCCTCGGCGACGACGAC
TTCGTCATGTACCTGGGCGACAACTACGTCGTGGACGGCATCGTCGACTTCGTGGCGGAC
TTCCGCCGCGACAAGCCCGCCGCGCAGGTCATGCTCGCCCGGGTCGCCGACCCGCGCAGG
TTCGGCGTGGCCGAACTTGACGAGAACGGCCGGGTGACCGCGGTCGTGGAGAAGCCCCAG
GACCCCAGGAGCGACCTGGCGATCGTCGGCGTGTACGCCTTCAGCTCGGCCGTGCACGAG
GCCGTGGCCGGCATCCGGCCGTCCTGGCGGAACGAGCTGGAGATCACCGACGCCCTGCAG
TGGCTGGCCGACCACGGGCACGAGGTCGGCTCCACGGTGATCGACCGGTACTGGAAGGAC
GTCGCGAGCGTCACCGACGTCCTGGAGATGAACCGGCACCTGCTGGAGTCCCTGGAGACC
CGCATCGACGGCGAGGTGGACGAGGCCAGCGAACTGGTGGGCCGAGTCGTGGTGGAGGCG
GGGGCGAAGATCTCCGGCTCCCGCATCGTCGGTCCCGCCGTCATCGGCCCGGACACGGTG
GTGCAGGACTCCTACCTCGGTCCCTTCACCTCCATCGAGGGCAACTGCCGGGTCGCGCAC
AGCGAGATCCAGTACTCGATCGTGCTGCGTGGCGCTTCGATCGAGGGAGTCGCCCGTGTC
GAGGACTCGGTGATCGGCCGGGAGACCGAGGTGAACGCCGCCCCCCGGACGTCGACCGCG
CACCGGCTGGTGCTGGGAGACCACAGCCGGGTCCAGGTCGGCGGTTGA

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR005835 Nucleotidyl transferase (Domain) PF00483 NTP_transferase IPR005908 Glucose-1-phosphate thymidylyltransferase, long form (Family) TIGR01208 RmlA_long
SignalP	Eukaryota
TMHMM	No significant hit

Avil_00210 Avil_00230