Avil_00240 : CDS information

Location

Organism	Streptomyces viridochromogenes
Strain	Tü57
Entry name	Avilamycin
Contig	AF333038
Start / Stop / Direction	23,925 / 24,953 / + [in whole cluster] 23,925 / 24,953 / + [in contig]
Location	23925..24953 [in whole cluster] 23925..24953 [in contig]
Type	CDS
Length	1,029 bp (342 aa)

Annotation

Category	2.3 modification addition of sugar moiety
Product	putative NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein
Product (GenBank)	putative NDP-glucose 4-epimerase
Gene
Gene (GenBank)	aviQ2
EC number
Keyword
Note
Note (GenBank)	AviQ2
Reference	ACC Q93KW6 PmId [11410376] Biosynthesis of the orthosomycin antibiotic avilamycin A: deductions from the molecular analysis of the avi biosynthetic gene cluster of Streptomyces viridochromogenes Tu57 and production of new antibiotics. (Chem Biol. , 2001) comment avilamycin A生合成遺伝子クラスターの報告。 AviQ2: UDP-glucose 4-epimerase from T. maritima [Proposed function:Sugar biosynthesis] このORFについて機能解析はされていない。 AviQ1, AviQ2 or AviQ3がepimerization stepsに関与すると推定している。これらの遺伝子が機能する可能性のあるstepとして、4-O-methyl-D-fucose moiety生合成、2-O-isobutyryl-L-lyxose moiety生合成、methyleurekanate moiety生合成が挙げられている。しかし、AviQ1, AviQ2, AviQ3については正確な機能を予測することは難しいと記述している。
Related Reference	ACC Q9L5C0 PmId [18266738] ( , ) comment Bradyrhizobium japonicum UDP-galactose 4-epimerase_galE [3e-27 117 32.7] galEのcloningと特徴付け。 Escherichia coli galE mutantを相補することを確認している。B. japonicum galE geneはepimerase activityを示し、lipopolysaccharide synthesisやgalactose metabolism、あるいは両方に関与しているかもしれないと予測している。また、galE mutant producesはO-antigenが欠落した異常なlipopolysaccharideを生産し、soybeanのnodulationに影響を与えることが示された。
Related Reference	ACC P13226 PmId [3335481] ( , ) comment Streptomyces lividans UDP-glucose 4-epimerase_galE (synonym:UDP-galactose 4-epimerase) [1e-21 98.2 33.55] S. lividans gal genes(galT, galE, galK)は大腸菌のgalE,galT,galK欠失株をそれぞれ相補し、galTEK operonはgalactose utilizationに関与することを示した。
Family/Domain	FD IPR001509 comment [IPR001509] NAD-dependent epimerase/dehydratase (Domain) Family: Epimerase (PF01370) NAD dependent epimerase/dehydratase family

Sequence

>putative NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein [putative NDP-glucose 4-epimerase]
MAHCLVTGGAGFIGSHVAEALLSRGHRVSVLDDLSGGTAERVPEGAHLFTGSVTDVELVD
RLFAEQRFDHVFHFAAFAAEAISHSVKSLNYGTNVMGSVNLINAALRTGVSFFCFASSVA
VYGHGETPMRESSIPVPADSYGNAKLTVERELETTMRTQGLPFTAFRMHNVYGEWQNMRD
PYRNAVAIFFNQILRGEPISVYGDGGQVRAFSYVKDIVDVIVRAPETEKAWGRAFNVGSS
RTNTVLELAQAVRAAAGVPSHPIAHLPARDEVMVAYTATEEAREVFGDWADTPLADGLAR
TAAWAASVGPAELRSSFEIEIGGERVPEWAQCVADRLSGADR

>putative NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein [putative NDP-glucose 4-epimerase]
ATGGCGCACTGTCTGGTGACCGGCGGAGCCGGCTTCATCGGCTCGCATGTGGCGGAGGCT
CTGCTCAGCCGCGGGCACCGGGTATCGGTCCTCGACGACCTCAGCGGCGGCACCGCCGAG
CGTGTCCCCGAGGGCGCGCACCTGTTCACCGGGTCGGTGACCGATGTGGAGCTGGTCGAC
AGGCTCTTCGCCGAGCAGCGATTCGACCACGTCTTCCACTTCGCGGCGTTCGCGGCGGAG
GCGATCAGTCACTCGGTGAAGAGCCTCAACTACGGCACCAACGTGATGGGCAGCGTGAAC
CTCATCAACGCGGCGCTGCGAACCGGCGTCTCGTTCTTCTGTTTCGCGTCCTCCGTCGCG
GTGTACGGGCACGGCGAGACCCCGATGCGGGAGTCGTCGATCCCGGTACCGGCCGACAGT
TACGGCAACGCGAAACTCACGGTCGAGCGCGAGCTGGAAACGACGATGCGGACCCAGGGC
CTGCCCTTCACCGCATTCCGTATGCACAACGTGTACGGCGAATGGCAGAACATGCGCGAC
CCCTATCGCAATGCGGTCGCCATTTTCTTCAACCAGATCCTGCGCGGTGAGCCGATCTCG
GTCTACGGCGACGGCGGTCAGGTGCGGGCGTTCAGCTACGTCAAGGACATCGTGGACGTC
ATCGTGCGCGCCCCCGAGACGGAGAAGGCCTGGGGCCGGGCCTTCAACGTCGGCTCGTCC
CGCACCAACACCGTGCTGGAGCTGGCCCAGGCCGTGCGTGCGGCGGCCGGTGTCCCCAGC
CACCCCATCGCGCACCTGCCCGCCCGGGACGAGGTGATGGTCGCCTACACCGCCACCGAG
GAGGCCCGCGAGGTCTTCGGCGACTGGGCGGACACCCCGCTGGCGGACGGGCTCGCCCGG
ACCGCCGCGTGGGCCGCCTCCGTCGGCCCCGCCGAACTGCGCTCCTCCTTCGAGATCGAG
ATCGGCGGAGAGCGCGTCCCGGAGTGGGCGCAGTGTGTGGCCGACCGGCTGAGCGGCGCC
GACCGGTGA

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR001509 NAD-dependent epimerase/dehydratase (Domain) PF01370 Epimerase IPR016040 NAD(P)-binding domain (Domain) G3DSA:3.40.50.720 NAD(P)-bd
SignalP	Eukaryota Bacteria, Gram-negative
TMHMM	No significant hit

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