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Avil_00490 : CDS information

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Organism
StrainTü57
Entry nameAvilamycin
Contig
Start / Stop / Direction48,961 / 49,971 / + [in whole cluster]
48,961 / 49,971 / + [in contig]
Location48961..49971 [in whole cluster]
48961..49971 [in contig]
TypeCDS
Length1,011 bp (336 aa)
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Category2.3 modification addition of sugar moiety
Productputative NDP-hexose C-3 ketoreductase
Product (GenBank)
GeneaviT
Gene (GenBank)
EC number
Keyword
  • D-olivose
  • 2-deoxy-D-evalose
Note
Note (GenBank)
Reference
PmId
[11410376] Biosynthesis of the orthosomycin antibiotic avilamycin A: deductions from the molecular analysis of the avi biosynthetic gene cluster of Streptomyces viridochromogenes Tu57 and production of new antibiotics. (Chem Biol. , 2001)
comment
avilamycin A生合成遺伝子クラスターの報告。

AviT:Putative 3-ketoreductase from S. argillaceus [function:Sugar biosynthesis (D-olivose, 2-deoxy-D-evalose)]

AviS,AviT,AviZ3はNDP-4-keto-6-deoxy-D-glucose→NDP-D-olivoseの反応に関与すると推測している。また、この反応の中間体NDP-4-keto-2,6-dideoxy-D-glucoseがD-olivoseのC3位がメチル化されている2-Deoxy-D-evalose生合成経路への分岐点であると予測している。

このORFの機能解析はされていない。
Related Reference
ACC
Q194Q3
NITE
Mith_00220
PmId
[11254130] The mtmVUC genes of the mithramycin gene cluster in Streptomyces argillaceus are involved in the biosynthesis of the sugar moieties. (Mol Gen Genet. , 2001)
comment
Streptomyces argillaceus
D-oliose 4-ketoreductase_mtmU

Streptornyces argillaceus ATCC 12956 cosmid clone cosAR3から3852bpのDNA領域をシークエンスしたところ、mtmV, mtmU, mtmCの3ORFsが見つかった。

mtmU (987nt, 328aa, Mr34891)は、配列解析から3-reductaseをコードすると考えられた。これを検証するために作成されたmtmU(-) mutantは、糖鎖付加のない中間体premithramycinoneと、C-12a-Oでtrisaccharideの1st sugar D-olivoseのみを含むpremithramycin A1を蓄積。よってMtmUの機能はD-olivoseには影響しないが、trisaccharide 2nd sugar D-olioseの生合成をブロックする。D-olivoseとD-olioseの違いは4-keto基の立体配置だけなので、mtmUはD-oliose生合成に特異的に関与する4-ketoreductaseをコードすると想定された。

mtmU(-) mutantはermEpの調節下にあるmtmU(pLP2)で相補されるため、polar effectはない。また、pLP2はL-daunosamine生合成でC4 keto基還元を担うreductaseをコードするdnmVのmutantも相補した。
ACC
B3TMR8
PmId
[17985890] Elucidation of the kijanimicin gene cluster: insights into the biosynthesis of spirotetronate antibiotics and nitrosugars. (J Am Chem Soc. , 2007)
comment
Actinomadura kijaniata
Sugar 3-ketoreductase_KijD10

kijanimicin生合成遺伝子。
KijD10を大腸菌にて発現・精製し、酵素活性を見ている。
KijD10との相同性からdTDP-4-keto-2,6-dideoxy-D-glucoseを合成する3-ketoreductaseであると示された。
NADPH-dependent。

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selected fasta
>putative NDP-hexose C-3 ketoreductase
MKNERPVRLGILGCSDIARRRTLPAALKVPELTVTAVASRSEDNARAVAARFGGEAVVGY
EALLESPDVDAVYVSLPTGLHHDWIVRALRAGKHVLAEKPLTARYPDTVTAVRLADSRGL
TLMENLTFTQHSLHDAVREMLDEGGIGELRSLTSEFGFPPLPPGNVRYQPELAGGSLLDA
GVYPLAAASMFLGPDLDVVGATLRMGTEAKVDVAGDALLCAPDGRTAHVSFGFEHAYRCA
YTLWGSEGRIIVDRAFTPPPDFRPTVRLERADEVRERVLPADDQFAGTLACFVRAVTGGG
SAAHSADVIARARLVSQVQGRARLLGNGWSGGADGR
selected fasta
>putative NDP-hexose C-3 ketoreductase
ATGAAGAACGAGCGTCCCGTGCGGCTGGGCATTCTCGGCTGCTCCGACATCGCCCGACGC
CGTACCCTGCCGGCCGCGCTGAAGGTGCCGGAGCTGACGGTGACCGCCGTCGCCTCCCGG
AGCGAGGACAACGCCCGTGCGGTCGCCGCGCGGTTCGGCGGCGAGGCCGTCGTCGGCTAC
GAGGCGCTGCTGGAGAGCCCGGATGTCGACGCGGTCTACGTCTCCCTGCCCACCGGACTG
CACCACGACTGGATCGTGCGCGCCCTGCGCGCGGGAAAGCACGTGCTCGCGGAGAAGCCG
CTGACCGCCCGCTACCCGGACACCGTGACGGCGGTCCGCCTCGCGGACTCCCGCGGCCTG
ACGCTGATGGAGAACCTGACCTTCACCCAGCACTCGCTGCACGACGCCGTGCGCGAGATG
CTGGACGAGGGCGGCATCGGTGAACTGCGCTCCCTCACCAGCGAGTTCGGGTTCCCGCCA
CTGCCTCCCGGCAACGTCCGGTACCAGCCGGAGCTGGCCGGCGGCAGCCTGCTGGACGCG
GGCGTGTATCCGCTCGCCGCGGCGAGCATGTTCCTCGGGCCCGACCTCGATGTGGTCGGG
GCGACGCTGCGGATGGGAACCGAGGCGAAAGTCGACGTGGCGGGCGACGCGCTGCTGTGT
GCGCCCGACGGCCGCACGGCACACGTGTCCTTCGGCTTCGAGCACGCCTACCGCTGCGCG
TACACGCTGTGGGGGAGCGAGGGCCGGATCATCGTCGACCGTGCCTTCACCCCGCCGCCC
GACTTCCGCCCCACGGTTCGGCTGGAACGCGCCGACGAGGTGCGCGAGCGCGTCCTGCCG
GCCGACGACCAGTTCGCCGGCACCCTCGCGTGCTTCGTCCGGGCCGTCACCGGCGGCGGG
TCGGCGGCGCACAGCGCCGATGTCATCGCACGGGCCCGATTGGTAAGTCAGGTGCAGGGC
CGGGCACGGCTGCTCGGCAACGGCTGGTCAGGAGGAGCAGATGGCCGATGA

close this sectionFeature

BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR000683 Oxidoreductase, N-terminal (Domain)
[7-124] 3.4e-25 PF01408
PF01408   GFO_IDH_MocA
IPR004104 Oxidoreductase, C-terminal (Domain)
[138-242] 8.2e-08 PF02894
PF02894   GFO_IDH_MocA_C
IPR016040 NAD(P)-binding domain (Domain)
[2-148] 1.9e-40 G3DSA:3.40.50.720
G3DSA:3.40.50.720   no description
SignalP No significant hit
TMHMM No significant hit
Avil_00480 Avil_00480   Avil_00500 Avil_00500
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