Chalc_00100 : CDS information

Location

Organism	Streptomyces bikiniensis
Strain	NRRL 2737
Entry name	Chalcomycin
Contig	AY509120
Start / Stop / Direction	13,610 / 12,762 / - [in whole cluster] 13,610 / 12,762 / - [in contig]
Location	complement(12762..13610) [in whole cluster] complement(12762..13610) [in contig]
Type	CDS
Length	849 bp (282 aa)

Annotation

Category	1.4 Other
Product	putative type II thioesterase
Product (GenBank)	putative thioesterase TEII family
Gene
Gene (GenBank)	chmI
EC number
Keyword	type II thioesterase
Note
Note (GenBank)	similar to TylO, Streptomyces avermitilis SAV407 PteH
Reference	ACC Q5SFD4 PmId [15561847] Chalcomycin biosynthesis gene cluster from Streptomyces bikiniensis: novel features of an unusual ketolide produced through expression of the chm polyketide synthase in Streptomyces fradiae. (Antimicrob Agents Chemother. , 2004) comment Chalcomycin biosynthesis gene clusterに関する文献。 chmI(282a.a.): thioesterase (TEII family) chmI自体の機能実験は行われておらず、論文中ではTable 2.以外での記載は無し。
Related Reference	ACC Q9ZGI1 NITE Pikro_00070 PmId [9770448] A gene cluster for macrolide antibiotic biosynthesis in Streptomyces venezuelae: architecture of metabolic diversity. (Proc Natl Acad Sci U S A. , 1998) [10421766] Elucidating the mechanism of chain termination switching in the picromycin/methymycin polyketide synthase. (Chem Biol. , 1999) [10676969] Alternative modular polyketide synthase expression controls macrolactone structure. (Nature. , 2000) [10713461] Genetic architecture of the polyketide synthases for methymycin and pikromycin series macrolides. (Gene. , 2000) [11223265] The Streptomyces venezuelae pikAV gene contains a transcription unit essential for expression of enzymes involved in glycosylation of narbonolide and 10-deoxymethynolide. (Gene. , 2001) [12368286] Biochemical evidence for an editing role of thioesterase II in the biosynthesis of the polyketide pikromycin. (J Biol Chem. , 2002) comment BLAST id47% Streptomyces venezuelae_pikAV [Pikro_00070]type II thioesterase --- [PMID: 9770448](1998) 12員環骨格を持つMethymycin and Neomethymycinと、14員環骨格を持つNarbomycin and Pikromycinの生合成で共有されるclusterの同定。 PikAV: TEII pikAV deletion/replacement mutantはmethymycin, neomethymycin or pikromycinを、wild-type S.venezuelaeと比べて5%以下しか産生しなかった。それらの中間体である10-deoxymethynolide or narbonolideの蓄積も検出されなかった。 --- [PMID: 10421766](1999) pikAI-AIVをS. lividansで異種性発現し、12員環前駆体10-deoxymethynolideと14員環前駆体narbonolideの産生を確認。Pik TEII thioesterase(pikAV)も同時に発現させると産生レベルは増加するが、2つの化合物の比率は変わらない。 --- [PMID: 10676969](2000) PikAIVのTE domain, TEII gene(pikAV)に関するmutantを作成。 TEII 単独ではpolyketide終結に十分でない。 --- [PMID: 10713461](2000) ・12員環＋14員環マクロライドを産生するS. venezuelae ATCC 15439 ・主に12員環マクロライドを産生するS. venezuelae ATCC 15068 ・14員環マクロライドのみを産生するS. narbonensis ATCC 19790 の3株のPKSの配列解析から、その産生調節の違いを検討している。 S. venezuelae ATCC 15439のpik clusterの5つの遺伝子座のうちPKSのpikAをシークエンスし、遺伝子構成を示している。 pik TEII 単独ではpolyketide鎖長を決定する因子になりえない。 --- [PMID: 11223265](2001) pikAV in-frame deletionするとaglycone formだがpolyketide産物量は正常のまま。このdeletion株にdesVIII-VI and desRをplasmidで発現させると、機能的なPikAVはなくてもglycosylated products産生を完全に回復。したがって、PikAV TE II はpolyketide生合成において重要な役割をしておらず、削除されたpikAV DNAの領域はdes genesの発現のために必須の転写unitを含む。 --- [PMID: 12368286](2002) 精製されたrecombinant TEIIでvitro enzyme assays. TEII(PikAV)はacyl-ACP thioestersを加水分解できる。長い半減期をもつ異常なacyl-ACP種を優先的に取り除く。
Related Reference	ACC Q9LAS9 PmId [12055297] Type II thioesterase from Streptomyces coelicolor A3(2). (Microbiology. , 2002) comment BLAST id47% Streptomyces coelicolor A3(2)_scoT Thioesterase II Streptomyces coelicolor A3(2)におけるtype I PKS genes cluster中に存在するtype II thioesterases (TE IIs), scoTに関する文献。tylO(thioesterase II) mutantをscoTが相補すること(macrolideを産生)が示されており、tylOと同等の機能を持つことが示されている。

Sequence

>putative type II thioesterase [putative thioesterase TEII family]
MNEGPATTAPGSTNAGDLWLRRYRPVADPALRLVCLPHAGGSASAFLPFTCLLPDRVEVL
AVQYPGRQDRRLEPFVDSVDALVTHVAGALGPWLDRPVALFGHSLGSLVAFETARRLAEQ
APESRLAHLFVSGRVAPTVAHRTTAHLLSDDRLVAKLAELQGTDPRVLADEEVLRMALPA
IRNDYRAAATYTWRPGAPLACPITVLTGSADPHVPTDGALAWHGLTTGETAFRSFPGGHF
YLTEQAEAVCRTIRTATGLAVGRPHPSSSAAAPYDRESVHDV

>putative type II thioesterase [putative thioesterase TEII family]
ATGAACGAGGGGCCCGCCACGACGGCGCCCGGCTCCACCAACGCCGGCGACCTCTGGCTG
CGCCGCTACCGGCCCGTCGCCGACCCCGCGCTCCGGCTCGTGTGCCTTCCGCACGCCGGC
GGCAGCGCCAGCGCCTTCCTCCCCTTCACCTGTCTGCTGCCGGACCGGGTCGAGGTGCTC
GCCGTCCAGTATCCCGGGCGGCAGGACCGGCGGCTGGAGCCGTTCGTGGACTCCGTCGAC
GCTCTGGTGACGCACGTCGCCGGAGCGCTCGGCCCCTGGCTGGACCGGCCGGTGGCGCTC
TTCGGTCACAGCCTGGGGTCGCTGGTGGCCTTCGAGACCGCCCGCCGGCTCGCGGAACAG
GCGCCGGAGAGCAGGCTGGCGCATCTGTTCGTCTCCGGCCGCGTCGCCCCGACCGTCGCC
CACCGGACCACCGCGCACCTGCTGAGCGACGACCGGCTGGTCGCCAAGCTGGCCGAACTG
CAAGGCACCGACCCCCGGGTGCTGGCCGACGAGGAGGTCCTGCGGATGGCCCTGCCGGCG
ATCCGCAACGACTACCGGGCCGCCGCCACCTACACGTGGCGTCCGGGAGCTCCGCTCGCC
TGCCCGATCACCGTGCTGACGGGAAGCGCGGATCCGCACGTCCCCACCGACGGAGCCCTG
GCCTGGCACGGGCTGACCACCGGGGAGACGGCGTTCCGTTCCTTCCCCGGAGGCCACTTC
TACCTCACCGAGCAGGCCGAAGCGGTGTGCCGGACGATCCGGACGGCGACCGGGCTCGCC
GTCGGCCGCCCGCACCCTTCGAGCTCTGCCGCCGCCCCGTACGACCGAGAGAGTGTCCAT
GACGTCTAG

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR001031 Thioesterase (Domain) PF00975 Thioesterase
SignalP	Bacteria, Gram-negative
TMHMM	No significant hit

Chalc_00090 Chalc_00110