Chalc_00260 : CDS information

Location

Organism	Streptomyces bikiniensis
Strain	NRRL 2737
Entry name	Chalcomycin
Contig	AY509120
Start / Stop / Direction	63,522 / 64,760 / + [in whole cluster] 63,522 / 64,760 / + [in contig]
Location	63522..64760 [in whole cluster] 63522..64760 [in contig]
Type	CDS
Length	1,239 bp (412 aa)

Annotation

Category	2.3 modification addition of sugar moiety
Product	putative glycosyltransferase helper protein
Product (GenBank)	putative NDP-hexose 3,4-isomerase
Gene
Gene (GenBank)	chmCII
EC number
Keyword	D-chalcose
Note
Note (GenBank)	similar to EryCII, TylMIII; putative D-chalcose pathway component
Reference	ACC Q5SFA9 PmId [15561847] Chalcomycin biosynthesis gene cluster from Streptomyces bikiniensis: novel features of an unusual ketolide produced through expression of the chm polyketide synthase in Streptomyces fradiae. (Antimicrob Agents Chemother. , 2004) comment Chalcomycin biosynthesis gene clusterに関する文献。 chmCII(412a.a.): NDP-hexose 3,4-isomerase; D-chalcose pathway ChmCII自体の機能実験は行われていないが、EryCIIのホモログであることより、chalcose biosynthesisにおけるisomerizationに類似した機能を持つと予測している。
Related Reference	ACC Q54823 NITE Adria_00350 PmId [7592454] Cloning and characterization of the Streptomyces peucetius dnrQS genes encoding a daunosamine biosynthesis enzyme and a glycosyl transferase involved in daunorubicin biosynthesis. (J Bacteriol. , 1995) [17049185] Functional analysis of desVIII homologues involved in glycosylation of macrolide antibiotics by interspecies complementation. (Gene. , 2007) comment BLAST id34% Streptomyces peucetius_dnrQ [DoBISCUIT]putative glycosyltransferase helper protein -- [PMID: 7592454](1995) dnrQSの機能を調べた文献。 dnrQ挿入変異株を作成し、変異株がe-rhodomycinoneを産生するが、daunorubicin (DNR)を産生できないことを示し、DNR生合成に必須の遺伝子であるとしている。 -- [PMID: 17049185](2007) glycosyltransferase補助タンパクをコードするStreptomyces venezuelae ATCC 15439のdesVIII. desVIIIは、Streptomyces venezuelae ATCC 15439のmacrolide系物質生合成において、glycosyltransferaseをエンコードするdesVIIによってTDP-d-desosamine が転移されるのを補助する補助タンパク質として機能する。このdesVIIIを不活化したmutantをdnrQで相補すると、desVIIIによる自己相補の26%まで回復する。よってdnrQには類似機能が示唆されることを示している。
Related Reference	ACC Q9ZGH8 NITE Pikro_00080 PmId [20695498] Characterization of glycosyltransferase DesVII and its auxiliary partner protein DesVIII in the methymycin/picromycin biosynthetic pathway. (Biochemistry. , 2010) [26552796] In vivo investigation to the macrolide-glycosylating enzyme pair DesVII/DesVIII in Saccharopolyspora erythraea. (Appl Microbiol Biotechnol. , 2016) comment BLAST id35% Streptomyces venezuelae_desVIII [DoBISCUIT]glycosyltransferase helper protein --- [PMID: 20695498] DesVII はglycosyltransferases活性のために追加protein componentであるDesVIII を必要とする。 recombinant DesVIII proteinの追加でDesVII によるglycosylation効率を改善。量はとても少ないが、desVIII はそのhomolog dnrQによって置換されうる。 DesVII/DesVIII 複合体の形成はvivoでの両遺伝子の同時発現を必要とし、vitroでの個々に産生されたタンパクの混合では完全には達成されない。 DesVII と DesVIII の比率は1:1で、複合体はheterodimersの3量体[(αβ)3]として存在する。 DesVII/DesVIII 複合体の触媒効率は、DesVII のみのときより少なくとも2×10(3)倍高い。よって、DesVIII はタンパク産生のときDesVII の折りたたみを補助し、触媒中きつく結合したままにすることが示唆される。

Sequence

>putative glycosyltransferase helper protein [putative NDP-hexose 3,4-isomerase]
MTTQWTTPSVLGRRLQRTYVGHWFAGTQGDPYALILRAQRDDTTPYEEDVRARGPVFHSE
VLDTWVITDGALARSVLTDARFGGLTRAGGRYRAELLPPAGPEVGPARAGVRGGVRADAD
PAVSAQDEVVVEALAEQLSRTLLGGLGDDFDLVAAFARRLPAQVLAEFLGLPAAARSRFE
ELLAGCAHSLDSRLCPQTLDITRTGLGAAAELRELLARHLGGSGPRSAQAAVSLAVEVAA
PAGALICNAVEALSSSPGQWNALRQNPEKADAVVAETWWRRPPVRVESRIAQEDVDVAGV
PVPADGHVAILVAAAQRDPAITPAPTKDDTGTPGQGDCGVPLGLVGDAHATSAARTVRAL
CRGALRALAQEAPGLRPNGTPVRLRRAPVTLGHARFPVARTGRGTPTDAGAA

>putative glycosyltransferase helper protein [putative NDP-hexose 3,4-isomerase]
GTGACAACGCAGTGGACCACCCCGTCCGTGCTCGGCCGCAGACTGCAACGCACCTACGTG
GGGCACTGGTTCGCAGGAACGCAGGGAGACCCCTACGCGCTGATCCTGCGCGCCCAGCGG
GACGACACCACCCCCTACGAGGAGGACGTCCGCGCACGCGGACCGGTGTTCCACAGCGAG
GTGCTCGACACCTGGGTGATCACGGACGGCGCTCTCGCCCGGTCCGTCCTGACCGACGCC
CGCTTCGGCGGGCTGACGCGCGCGGGAGGACGGTATCGCGCGGAGCTTCTCCCTCCGGCG
GGCCCCGAGGTCGGTCCGGCCCGCGCAGGGGTACGCGGCGGCGTGCGGGCCGACGCCGAT
CCGGCGGTGTCGGCGCAGGACGAGGTGGTGGTGGAGGCCCTCGCCGAGCAGCTCTCACGC
ACCCTCCTGGGCGGACTCGGCGACGACTTCGACCTCGTCGCCGCCTTTGCGCGACGCCTG
CCGGCACAGGTCCTGGCGGAATTCCTCGGGCTGCCCGCAGCCGCGCGCAGCCGGTTCGAG
GAACTGCTGGCCGGCTGCGCCCACAGCCTCGACAGCCGGCTCTGTCCGCAGACGCTCGAC
ATCACACGGACCGGCCTCGGAGCGGCGGCCGAGCTCCGGGAACTGCTCGCGCGCCACCTC
GGCGGGAGCGGACCACGCTCCGCTCAAGCGGCAGTCTCCCTGGCAGTCGAGGTGGCCGCA
CCCGCCGGCGCGCTCATCTGCAACGCGGTCGAGGCGCTGAGCAGCTCTCCCGGGCAGTGG
AACGCCCTCCGCCAGAACCCGGAGAAGGCCGACGCCGTCGTGGCGGAGACCTGGTGGCGA
CGACCGCCGGTGCGGGTGGAGAGCCGGATCGCCCAGGAGGACGTCGACGTGGCCGGAGTG
CCCGTCCCCGCGGACGGGCACGTGGCGATCCTCGTCGCCGCCGCCCAGCGCGACCCGGCG
ATCACCCCGGCCCCGACGAAGGACGACACCGGCACCCCCGGACAGGGCGACTGCGGCGTG
CCCCTGGGGCTCGTCGGCGACGCGCACGCCACCTCCGCCGCCCGGACGGTCCGCGCCCTC
TGCCGCGGTGCGCTGCGAGCGCTCGCGCAGGAGGCACCGGGCCTGCGGCCGAACGGGACC
CCGGTGCGCCTCAGGCGGGCACCCGTCACGCTCGGCCACGCCCGCTTCCCCGTCGCCCGG
ACGGGCCGGGGGACACCGACCGACGCGGGCGCGGCATGA

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR001128 Cytochrome P450 (Family) G3DSA:1.10.630.10 Cyt_P450 SSF48264 Cytochrome_P450
SignalP	Bacteria, Gram-negative
TMHMM	No significant hit

Chalc_00250 Chalc_00270