Chalc_00270 : CDS information

Location

Organism	Streptomyces bikiniensis
Strain	NRRL 2737
Entry name	Chalcomycin
Contig	AY509120
Start / Stop / Direction	64,804 / 66,081 / + [in whole cluster] 64,804 / 66,081 / + [in contig]
Location	64804..66081 [in whole cluster] 64804..66081 [in contig]
Type	CDS
Length	1,278 bp (425 aa)

Annotation

Category	2.3 modification addition of sugar moiety
Product	putative glycosyltransferase
Product (GenBank)	putative chalcose glycosyltransferase
Gene
Gene (GenBank)	chmCIII
EC number
Keyword	D-chalcose
Note
Note (GenBank)	similar to EryCIII, TylMII and DesVII
Reference	ACC Q5SFB5 PmId [15561847] Chalcomycin biosynthesis gene cluster from Streptomyces bikiniensis: novel features of an unusual ketolide produced through expression of the chm polyketide synthase in Streptomyces fradiae. (Antimicrob Agents Chemother. , 2004) comment Chalcomycin biosynthesis gene clusterに関する文献。 chmCIII(425a.a.): chalcosyltransferase chmCIII自体の機能実験は行われていないが、chalcoseをaglycone moietyに付けるglycosyltransferaseであることが提唱されている。
Related Reference	ACC Q331Q0 PmId [18612242] Characterization of a chalcosyltransferase (gerGTII) in dihydrochalcomycin biosynthesis. (Mol Cells. , 2008) comment BLAST id94% Streptomyces sp. KCTC 0041BP_gerTII Chalcosyltransferase [PMID:18612242](2008)abstract おそらくgerTII = gerGTII 著者が同じなのに年代も前後して定まっていない。 gerGTIIの破壊、その相補による産物測定。 gerGTII破壊でdihydrochalcomycin非産生、20-O-mycinosyl-dihydrochalconolideを蓄積。 gerGTIIの補完でdihydrochalcomycin産生回復。
Related Reference	ACC Q9ZGH7 NITE Pikro_00090 PmId [15161264] Characterization of the glycosyltransferase activity of desVII: analysis of and implications for the biosynthesis of macrolide antibiotics. (J Am Chem Soc. , 2004) [20695498] Characterization of glycosyltransferase DesVII and its auxiliary partner protein DesVIII in the methymycin/picromycin biosynthetic pathway. (Biochemistry. , 2010) [15358425] New olivosyl derivatives of methymycin/pikromycin from an engineered strain of Streptomyces venezuelae. (FEMS Microbiol Lett. , 2004) [23770075] Combinatorial biosynthesis and antibacterial evaluation of glycosylated derivatives of 12-membered macrolide antibiotic YC-17. (J Biotechnol. , 2013) [26552796] In vivo investigation to the macrolide-glycosylating enzyme pair DesVII/DesVIII in Saccharopolyspora erythraea. (Appl Microbiol Biotechnol. , 2016) comment BLAST id57% Streptomyces venezuelae_desVII Glycosyl transferase --- [PMID:15161264](2004) abstract glycosyltransferase DesVII のin vitro活性を実証。十分な活性を得るには、塩基性pHと追加タンパク成分DesVIII を必要とする。 --- [PMID:15358425](2004) 内因性deoxusugar(dTDP-D-desosamine)の生合成に関する全体的なgene clusterを削除し、dTDP-4-keto-6-deoxyglucose(内因性のdesosamine中間体)またはdTDP-D-olivose(外因性)の生合成に必要な遺伝子で置換したS.venezuelae mutant株において、'sugar-flexible' glycosyltransferase(DesVII) は12員環と14員環両方のmacrolactonesがquinovose or olivoseでglycosylateされた10-deoxymethynolide and narbonolideを産生した。またこれらのglycosylationにはDesVII に加えてDesVIII も必須であることが確認されている。 --- [PMID: 20695498](2010) DesVII はglycosyltransferases活性のために追加protein componentであるDesVIII を必要とする。 recombinant DesVIII proteinの追加でDesVII によるglycosylation効率を改善。量はとても少ないが、desVIII はそのhomolog dnrQによって置換されうる。 DesVII/DesVIII 複合体の形成はvivoでの両遺伝子の同時発現を必要とし、vitroでの個々に産生されたタンパクの混合では完全には達成されない。 DesVII と DesVIII の比率は1:1で、複合体はheterodimersの3量体[(αβ)3]として存在する。 DesVII/DesVIII 複合体の触媒効率は、DesVII のみのときより少なくとも2×10(3)倍高い。よって、DesVIII はタンパク産生のときDesVII の折りたたみを補助し、触媒中きつく結合したままにすることが示唆される。 --- [PMID:23770075](2013) abstract 基質が柔軟なglycosyltransferase DesVII とdeoxysugar生合成gene cassettesを用いて、様々な糖でD-desosamineを置換したglycosyl-10-deoxymethynolideを作成している。L-rhamnoseでの置換により抗菌活性が良くなった。

Sequence

>putative glycosyltransferase [putative chalcose glycosyltransferase]
MRVLMTSIAHNTHYYHLVPLAWALKAAGHEVRVAGQPRVTDIITGSGLTAVPVGDDEDMM
ELFAEIGGDITPYQEGLDFAEERPEARSWEHLLGQQTVLTSLCFAPLNGDSTMDDIVALA
RSWQPDLVIWEPFTFAGAVAAHAVGAAHARVLWGPDVIGRARERFVEAKAQQAPEHREDP
MAEWLGWTLERLGLPAAGDGMEELLNGQWVIDPGPESVRLDLREPILPMRFVPYNGPAVV
PGWLSEKPKRPRVCLTQGVSGRETHGKDAVRFQDLLAALGDLDIEIVATLDSTQRENLTE
VPDNVRIVDFVSMDVLLPSCAMIIYHGGAGTSATALLHGVPQVVIGAHWDVPVRARQLDD
LGAGIFIRPEDLDAATLRAAVQRVLTEPSLQRAADRLRAEMRSNPTPAETVTVLERLSRS
HRQPR

>putative glycosyltransferase [putative chalcose glycosyltransferase]
ATGCGCGTCCTGATGACGTCGATCGCCCACAACACGCACTACTACCACCTGGTGCCGCTC
GCCTGGGCCCTGAAGGCCGCGGGCCACGAGGTGCGCGTCGCCGGCCAGCCCCGCGTCACG
GACATCATCACCGGGTCCGGACTGACCGCCGTGCCGGTCGGTGACGACGAGGACATGATG
GAGCTGTTCGCCGAGATCGGCGGAGACATCACCCCCTATCAGGAGGGACTGGACTTCGCC
GAGGAGCGGCCCGAGGCACGGTCCTGGGAACATCTGCTCGGACAGCAGACCGTTCTGACC
TCGCTGTGCTTCGCACCGCTCAACGGCGACTCGACGATGGACGACATCGTCGCGCTGGCC
CGCTCCTGGCAGCCGGACCTGGTGATCTGGGAACCCTTCACCTTCGCCGGAGCGGTCGCC
GCCCACGCCGTGGGCGCGGCGCACGCCCGCGTCCTGTGGGGTCCCGATGTCATCGGCCGG
GCCCGGGAACGGTTCGTGGAGGCCAAGGCACAGCAGGCTCCCGAACACCGGGAGGACCCG
ATGGCCGAGTGGCTCGGCTGGACCCTGGAGAGGCTGGGCCTCCCGGCCGCCGGAGACGGG
ATGGAGGAGTTGCTGAACGGCCAGTGGGTCATCGACCCGGGCCCGGAGAGCGTCCGGCTC
GACCTTCGCGAGCCGATCCTGCCCATGCGTTTCGTTCCCTACAACGGACCTGCCGTCGTC
CCCGGATGGCTGTCCGAGAAGCCGAAGCGACCGCGCGTCTGCCTCACCCAGGGAGTGTCG
GGACGCGAGACCCACGGCAAGGACGCCGTCCGCTTCCAGGACCTGCTCGCGGCGCTCGGC
GACCTCGACATCGAGATCGTCGCCACCCTGGACAGCACCCAGCGGGAGAACCTGACGGAG
GTCCCCGACAACGTCCGGATCGTCGACTTCGTCTCGATGGACGTGCTGCTGCCGAGTTGC
GCCATGATCATCTACCACGGTGGCGCCGGCACCTCGGCGACGGCCCTCCTGCACGGCGTT
CCGCAGGTCGTCATCGGAGCGCACTGGGACGTGCCGGTCAGGGCACGGCAGCTCGACGAC
CTGGGCGCCGGCATCTTCATCCGGCCCGAGGACCTCGACGCCGCCACACTGCGCGCGGCG
GTTCAGCGCGTGCTCACCGAGCCCTCCCTCCAGCGGGCCGCGGACCGGCTGCGGGCCGAG
ATGCGCTCCAACCCCACGCCGGCCGAGACCGTCACGGTGCTGGAGCGGCTCTCCCGGAGC
CACCGACAGCCCCGCTGA

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR004276 Glycosyl transferase, family 28 (Domain) PF03033 Glyco_transf_28 IPR010610 Domain of unknown function DUF1205 (Domain) PF06722 DUF1205
SignalP	No significant hit
TMHMM	No significant hit

Chalc_00260 Chalc_00280