Chro_00010 : CDS information

Location

Organism	Streptomyces griseus
Strain	ATCC 13273 (=NBRC 3746)
Entry name	Chromomycin
Contig	AJ578458
Start / Stop / Direction	784 / 8 / - [in whole cluster] 784 / 8 / - [in contig]
Location	complement(8..784) [in whole cluster] complement(8..784) [in contig]
Type	CDS
Length	777 bp (258 aa)

Annotation

Category	3.4 other modification
Product	putative cyclase
Product (GenBank)	cyclase
Gene
Gene (GenBank)	cmmY
EC number
Keyword	2nd and 3rd ring
Note
Note (GenBank)
Reference	ACC Q70J97 PmId [15112992] Biosynthesis of the antitumor chromomycin A3 in Streptomyces griseus: analysis of the gene cluster and rational design of novel chromomycin analogs. (Chem Biol. , 2004) comment aureolic acid type antitumor drug chromomycin A3の生合成gene clusterの同定論文。 CmmY: Cyclase 配列解析から機能推定。 DpsY, MtmYのようなputative cyclasesにとても似ている。
Related Reference	ACC Q9L4U2 NITE Acla_00250 PmId [12715874] Studies on a second and third ring cyclization in anthracycline biosynthesis. (J Antibiot (Tokyo). , 2003) comment Blast 3rd, id68%, 2e-97 Streptomyces galilaeus_aknW Putative cyclase 異種性遺伝子発現によるanthracycline生合成での2nd and 3rd ring cyclizationの研究に焦点を合わせた論文。 cyclase gene_dpsYにpoint mutationがあるanthracycline非産生Streptomyces peucetius mutant D2は、putative cyclase gene S. galilaeus_aknWまたはS. nogalater_snoaMを含んだplasmidで相補され、daunomycinsを産生した。
	ACC Q9RN54 NITE Nogl_00250 PmId [11683270] The entire nogalamycin biosynthetic gene cluster of Streptomyces nogalater: characterization of a 20-kb DNA region and generation of hybrid structures. (Mol Genet Genomics. , 2001) [12715874] Studies on a second and third ring cyclization in anthracycline biosynthesis. (J Antibiot (Tokyo). , 2003) comment Blast 5th, id67%, 2e-96 Streptomyces nogalater_snoaM Putative polyketide cyclase -- [PMID: 11683270](2001) S. nogalater genomic DNA fragmentの配列解析と、異種性発現による産物解析。 nogalamycin生合成に関する20ORFsが明らかになった。 snoaM: polyketide cyclase snoaMは、aknW, orf1, dpsY, mtmYなどpolyketide cyclaseと有意な類似性あり。 promoter下にsnoaMを含むplasmid pSYE66は、S.peucetius mutant D2を相補し、D2の特徴的な産物である間違って環化されたanthracycline代謝産物(UWM5)の代わりに、anthracycline glycosidesを産生させることができる。 --- [PMID: 12715874](2003) cyclase gene_dpsYにpoint mutationがあるanthracycline非産生Streptomyces peucetius mutant D2は、putative cyclase gene S. galilaeus_aknWまたはS. nogalater_snoaMを含んだplasmidで相補され、daunomycinsを産生した。内在性cyclaseを持つS. lividans TK24株でsnoaMを含んだplasmidを発現すると、10倍のauramycinoneを産生をもたらした。内在性活性による影響のないS. coelicolor CH999では、snoaMを含んだplasmidでのみ、auramycinoneが形成される。
	ACC O68500 NITE Adria_00160 PmId [9573189] The Streptomyces peucetius dpsY and dnrX genes govern early and late steps of daunorubicin and doxorubicin biosynthesis. (J Bacteriol. , 1998) [10419974] The Streptomyces peucetius dpsC gene determines the choice of starter unit in biosynthesis of the daunorubicin polyketide. (J Bacteriol. , 1999) comment Blast 8th, id67%, 4e-94 Streptomyces peucetius_dpsY Polyketide cyclase -- [PMID: 9573189](1998) daunorubicin(DNR),doxorubicin(DXR)生合成に関与。mutantが別の変換体であるUWM5を蓄積することから、合成系初期の12-deoxyaklanonic acid(aklanonic acid)形成反応を触媒すると考えられる。 -- 同じ著者らの続報 [PMID: 10419974](1999) pWHM1011: tcmJ+dpsABCDGEF = UWM5 pWHM1012: tcmJ+dpsABCDGEFY = AA dpsYがないとshunt産物UWM5産生。 dpsYがあるとaklanonic acid(AA)産生。

Sequence

>putative cyclase [cyclase]
MRIIDLSTPIDASAWEPEPVEHHVMSAADGAKHMSEEMRTHFGVEFDPSVLPGGELLSID
TLSLTTHTGTHIDAPSHYGSTATYGDGRPRHIDELPLEWFHGPGVVLDLTGAGTGAVDAA
FVRRQLERIGHVVSAGEIVLLRTGASRLSGTPAYFTDFTGLDGSATHYLLDHGVRVIGTD
AFSLDAPFRHMIEHYQRTGEAGALWPAHFAGRDREYCQIERLANLESLPAPTGFDVSCFP
VKIAGAGAGWARAVALVP

>putative cyclase [cyclase]
ATGCGGATCATCGACCTCTCCACCCCGATCGACGCCTCGGCCTGGGAGCCCGAGCCCGTC
GAGCACCATGTGATGAGCGCCGCCGACGGCGCCAAGCACATGAGCGAGGAGATGCGCACG
CACTTCGGTGTGGAGTTCGACCCCTCGGTACTGCCCGGCGGGGAGTTGCTGTCGATCGAC
ACGCTGAGCCTCACCACCCACACCGGCACGCACATCGACGCGCCCTCGCACTACGGCTCA
ACGGCGACCTACGGCGACGGACGGCCCCGCCACATCGACGAGCTGCCACTGGAGTGGTTC
CACGGCCCCGGGGTGGTCCTGGACCTGACCGGGGCAGGTACCGGTGCGGTGGATGCGGCG
TTCGTCCGCCGTCAGCTGGAACGGATCGGCCACGTCGTGAGCGCGGGCGAGATCGTGCTG
CTCCGCACCGGCGCGTCCAGGCTCTCCGGCACCCCTGCCTACTTCACGGACTTCACCGGC
CTGGACGGGTCGGCCACCCACTACCTCCTGGACCACGGAGTGCGGGTGATCGGCACGGAC
GCGTTCAGCCTGGACGCACCCTTCCGCCACATGATCGAGCACTACCAGCGGACCGGCGAA
GCCGGTGCCCTCTGGCCCGCCCACTTCGCGGGCCGTGACCGGGAGTACTGCCAGATAGAA
CGCCTCGCCAACCTGGAGTCACTCCCGGCTCCCACCGGCTTCGACGTGAGCTGCTTCCCC
GTGAAGATCGCGGGGGCGGGCGCGGGCTGGGCCCGGGCCGTGGCACTGGTGCCCTGA

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR007325 Putative cyclase (Family) PF04199 Cyclase
SignalP	Bacteria, Gram-negative
TMHMM	No significant hit

first Chro_00020