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Chro_00220 : CDS information

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Organism
StrainATCC 13273 (=NBRC 3746)
Entry nameChromomycin
Contig
Start / Stop / Direction24,395 / 23,643 / - [in whole cluster]
24,395 / 23,643 / - [in contig]
Locationcomplement(23643..24395) [in whole cluster]
complement(23643..24395) [in contig]
TypeCDS
Length753 bp (250 aa)
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Category4.3 transport
Productchromomycin resistance ABC transporter permease protein
Product (GenBank)membrane protein
Gene
Gene (GenBank)cmrB
EC number
Keyword
Note
Note (GenBank)
Reference
ACC
PmId
[15112992] Biosynthesis of the antitumor chromomycin A3 in Streptomyces griseus: analysis of the gene cluster and rational design of novel chromomycin analogs. (Chem Biol. , 2004)
[17768249] Involvement of a chromomycin ABC transporter system in secretion of a deacetylated precursor during chromomycin biosynthesis. (Microbiology. , 2007)
comment
[PMID:15112992](2004)
aureolic acid type antitumor drug chromomycin A3の生合成gene clusterの同定論文。

CmrB: Membrane protein

配列解析から機能推定。
CmrA and CmrBは、type I ABC transporter systemを形成するATP binding proteins and membrane proteinsに似ている。CmrXはDNA修復を担うABC excision nuclease systemの3つのsubunitsのうちのひとつUvrAに似ている。よってABC transporter system (CmrAB) and CmrXはchromomycin自己抵抗性に関与すると予想される。

ABC hybridizing clones cosGR60をchromomycin感受性S.albusで発現すると、chromomycin抵抗性になることが確認されている。

--
[PMID:17768249](2007)同著者らの続報
cmrXを不活化するとchromomycinに感受性のある低産生株となる。
S. albusで異種性にcmrA and cmrB または cmrX を発現するとchromomycin抵抗性が低くなる。
したがって、高レベルの抵抗性を達成するには、cmrA, cmrB, cmrXを同時発現する必要がある。
CmrAB ABC transporterは4A,4E-O-dideacetyl-chromomycin A3への高レベル抵抗性を与える。

これらの結果から提唱されているモデルは、生物活性の低い中間体dideacetyl-chromomycin A3をABC transporter CmrABによって認識し、それから膜結合CmmAによってacetyl化して、できあがった完全活性型chromomycin A3は細胞外に分泌される、というもの。
Related Reference
ACC
Q194P0
NITE
Mith_00350
PmId
[8757400] An ABC transporter is essential for resistance to the antitumor agent mithramycin in the producer Streptomyces argillaceus. (Mol Gen Genet. , 1996)
comment
Blast 14th, id48%, 2e-45
Streptomyces argillaceus_mtrB
MtrB protein

mithramycin産生株S.argillaceusはvivoでmithramycinに高い抵抗性を示すが、関連薬剤chromomycin and olivomycinには感受性である。

S.albusに外因性mithramycinへの抵抗性を与えるS. argillaceusの最小DNA領域(3.9kb)がシークエンス、配列解析され、不完全なORF(mtrX)と完全ORFs 3つ(mtrY, A, B)が予測された。

MtrAは抗生物質産生株で自己抵抗性に関連したABC transportersと類似性を示す。
mtrBは6つのputative transmembrane helicesを持つ膜内在性タンパク質をコードする。

mithramycin非産生mutantでmtrAを遺伝子置換により不活化すると、外因性mithramycinに対して感受性になった。また、mithramycin産生株でのmtrA不活化mutantは得られなかったので、mithramycin産生株でのmtrA不活化は致命的であると示唆される。

よってmtrABによってコードされるputative ABC transporterは、mithramycin産生株S.argillaceusにおけるmithramycin抵抗性に必須である。

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selected fasta
>chromomycin resistance ABC transporter permease protein [membrane protein]
MKTLRETLLVFDNQLRFTFRYKITIVLGMVQPVLYLLLFGPLLTKLGGMGSGNTWQTFVP
GVLVYLALFGAGFCGFGIISDVRSGVIERMRVTPVSRFALLMGRVSREVAILLTQSVIIV
SVGFLLGLRAGFLGILGAVVLVVLLGIALASLSLSLGVALKSEDQFAPLLTSAALPVMLL
AGILLPMDLAPKWLDYLSHLNPLRYIVDAIRDLFADQFATRAVLEGTCVAIVLAVVCVAL
GIRTFSKENA
selected fasta
>chromomycin resistance ABC transporter permease protein [membrane protein]
GTGAAGACCCTCCGTGAGACCTTACTCGTCTTCGACAACCAGCTCCGGTTCACCTTCCGG
TACAAGATCACCATCGTGCTGGGCATGGTCCAGCCCGTCCTCTACCTCCTGCTCTTCGGC
CCGCTGCTGACCAAGCTCGGCGGCATGGGCAGCGGCAACACCTGGCAGACGTTCGTCCCC
GGGGTCCTCGTGTACCTCGCACTGTTCGGCGCCGGCTTCTGCGGTTTCGGCATCATCTCC
GACGTACGCTCGGGCGTCATCGAGCGGATGCGTGTCACCCCGGTCAGTCGCTTCGCGCTG
CTCATGGGACGGGTGTCGCGCGAGGTCGCGATCCTCCTCACCCAGTCCGTCATCATCGTC
TCCGTGGGCTTCCTCCTCGGACTGCGCGCCGGCTTCCTGGGGATCCTGGGCGCCGTCGTC
CTCGTCGTGCTGCTCGGCATCGCGCTCGCGTCGCTCTCGCTGTCGCTGGGTGTCGCGCTG
AAGTCGGAGGACCAGTTCGCCCCGCTGCTGACCTCTGCCGCGCTGCCCGTCATGCTGCTG
GCCGGCATCCTGCTGCCGATGGACCTGGCGCCGAAGTGGCTGGACTACCTGTCCCACCTC
AACCCCCTGCGCTACATCGTGGACGCCATCCGGGACCTGTTCGCCGACCAGTTCGCCACC
AGGGCGGTCCTGGAGGGAACGTGCGTCGCGATCGTGCTCGCGGTGGTCTGCGTCGCCCTC
GGCATCCGGACCTTCTCCAAGGAGAACGCCTGA

close this sectionFeature

BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR000412 ABC-2 (Family)
[23-248] PS51012
PS51012   ABC_TM2
IPR013525 ABC-2 type transporter (Domain)
[9-213] 8.70000000000003e-31 PF01061
PF01061   ABC2_membrane
IPR013526 ABC-2 transporter (Family)
[25-46] 9.30000048475975e-07 PR00164 [101-126] 9.30000048475975e-07 PR00164 [135-159] 9.30000048475975e-07 PR00164 [172-191] 9.30000048475975e-07 PR00164 [192-211] 9.30000048475975e-07 PR00164
PR00164   ABC2TRNSPORT
SignalP
[1-1] Signal-anchor
Eukaryota   
TMHMM
[21-43] Transmembrane (i-o) [58-80] Transmembrane (o-i) [109-128] Transmembrane (i-o) [132-154] Transmembrane (o-i) [166-185] Transmembrane (i-o) [223-245] Transmembrane (o-i)
Transmembrane 6   
Chro_00210 Chro_00210   Chro_00230 Chro_00230
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