Chro_00230 : CDS information

Location

Organism	Streptomyces griseus
Strain	ATCC 13273 (=NBRC 3746)
Entry name	Chromomycin
Contig	AJ578458
Start / Stop / Direction	25,387 / 24,410 / - [in whole cluster] 25,387 / 24,410 / - [in contig]
Location	complement(24410..25387) [in whole cluster] complement(24410..25387) [in contig]
Type	CDS
Length	978 bp (325 aa)

Annotation

Category	4.3 transport
Product	chromomycin resistance ABC transporter ATP-binding protein
Product (GenBank)	ATP-binding protein
Gene
Gene (GenBank)	cmrA
EC number
Keyword
Note
Note (GenBank)
Reference	ACC Q70J75 PmId [15112992] Biosynthesis of the antitumor chromomycin A3 in Streptomyces griseus: analysis of the gene cluster and rational design of novel chromomycin analogs. (Chem Biol. , 2004) [17768249] Involvement of a chromomycin ABC transporter system in secretion of a deacetylated precursor during chromomycin biosynthesis. (Microbiology. , 2007) comment [PMID:15112992](2004) aureolic acid type antitumor drug chromomycin A3の生合成gene clusterの同定論文。 CmrA: ATP binding protein cluster報告論文。配列解析から機能推定。 CmrA and CmrBは、type I ABC transporter systemを形成するATP binding proteins and membrane proteinsに似ている。CmrXはDNA修復を担うABC excision nuclease systemの3つのsubunitsのうちのひとつUvrAに似ている。よってABC transporter system (CmrAB) and CmrXはchromomycin自己抵抗性に関与すると予想される。 ABC hybridizing clones cosGR60をchromomycin感受性S.albusで発現すると、chromomycin抵抗性になることが確認されている。 -- [PMID:17768249](2007)同著者らの続報 cmrXを不活化するとchromomycinに感受性のある低産生株となる。 S. albusで異種性にcmrA and cmrB または cmrX を発現するとchromomycin抵抗性が低くなる。したがって、高レベルの抵抗性を達成するには、cmrA, cmrB, cmrXを同時発現する必要がある。 CmrAB ABC transporterは4A,4E-O-dideacetyl-chromomycin A3への高レベル抵抗性を与える。これらの結果から提唱されているモデルは、生物活性の低い中間体dideacetyl-chromomycin A3をABC transporter CmrABによって認識し、それから膜結合CmmAによってacetyl化して、できあがった完全活性型chromomycin A3は細胞外に分泌される、というもの。
Related Reference	ACC Q194P1 NITE Mith_00340 PmId [8757400] An ABC transporter is essential for resistance to the antitumor agent mithramycin in the producer Streptomyces argillaceus. (Mol Gen Genet. , 1996) comment Blast 3rd, id55%, 3e-86 Streptomyces argillaceus_mtrA MtrA protein mithramycin産生株S.argillaceusはvivoでmithramycinに高い抵抗性を示すが、関連薬剤chromomycin and olivomycinには感受性である。 S.albusに外因性mithramycinへの抵抗性を与えるS. argillaceusの最小DNA領域(3.9kb)がシークエンス、配列解析され、不完全なORF(mtrX)と完全ORFs 3つ(mtrY, A, B)が予測された。 MtrAは抗生物質産生株で自己抵抗性に関連したABC transportersと類似性を示す。 mtrBは6つのputative transmembrane helicesを持つ膜内在性タンパク質をコードする。 mithramycin非産生mutantでmtrAを遺伝子置換により不活化すると、外因性mithramycinに対して感受性になった。また、mithramycin産生株でのmtrA不活化mutantは得られなかったので、mithramycin産生株でのmtrA不活化は致命的であると示唆される。よってmtrABによってコードされるputative ABC transporterは、mithramycin産生株S.argillaceusにおけるmithramycin抵抗性に必須である。

Sequence

>chromomycin resistance ABC transporter ATP-binding protein [ATP-binding protein]
MIEVHGLSRTFQAPQGEVNAVRGVDFTVAAGEIVGFLGPNGAGKTTTMRMLTTLLRPTSG
TAVIAGHDLLGDPVGVRRRIGYVAQGGGANPAESVVNELILQARLYGLSKSEARSRITAL
AGRLGLDGLEGRLVSSLSGGQRRRLDIALGLVHQPPLIFLDEPSTGLDPTSRNNLWDHIR
KLRDELGATVFLSTHYLDEADALCDRILIMDRGTILVEDSPEELKGRSRADTVTVEVAPE
GVAPATAVIERLPSARSVIPGGTTIRFRTEHSSRTMVDVMHALESSAVDIVSIQVDRPSL
DDVFLALTGQPTEELHAAATAPAGA

>chromomycin resistance ABC transporter ATP-binding protein [ATP-binding protein]
ATGATCGAAGTACACGGCCTGTCCCGGACGTTTCAGGCGCCGCAGGGCGAGGTGAACGCC
GTCCGCGGTGTCGACTTCACCGTCGCCGCGGGGGAGATCGTTGGTTTCCTCGGTCCCAAC
GGCGCGGGCAAGACCACCACGATGCGGATGCTCACGACACTGCTACGCCCCACCTCGGGA
ACAGCCGTGATCGCGGGCCACGACCTGCTCGGCGACCCGGTCGGCGTCCGCAGGCGGATC
GGTTACGTCGCCCAGGGCGGCGGGGCGAATCCCGCGGAGTCCGTGGTCAACGAACTCATT
CTCCAGGCCCGGCTGTACGGACTCTCCAAGAGCGAGGCACGGTCACGCATCACCGCCCTG
GCGGGCCGGCTGGGTCTCGACGGGCTGGAGGGCCGGCTCGTCAGCAGTCTGTCCGGCGGT
CAGCGGCGGCGGCTCGACATCGCGCTCGGCCTGGTGCACCAGCCTCCGCTGATCTTCCTG
GACGAACCCAGCACCGGACTCGACCCGACCAGCCGCAACAACCTCTGGGACCACATCCGC
AAACTGCGCGACGAGCTCGGCGCCACCGTCTTCCTCAGCACTCACTACCTCGACGAGGCG
GACGCCCTGTGTGACCGCATCCTCATCATGGACCGCGGCACCATCCTCGTGGAGGACAGT
CCGGAGGAGCTCAAGGGGCGATCTCGGGCAGACACGGTGACCGTCGAGGTCGCCCCGGAG
GGCGTCGCGCCCGCCACCGCCGTCATCGAGCGGCTGCCGTCGGCCCGTTCGGTGATCCCC
GGCGGAACCACCATCCGCTTCCGCACCGAACACAGCAGCCGGACCATGGTCGACGTCATG
CACGCGCTGGAATCGAGCGCGGTCGACATCGTCTCCATCCAGGTCGACCGTCCGAGCCTC
GACGACGTCTTCCTCGCCCTCACCGGACAGCCGACCGAAGAACTGCACGCCGCCGCAACC
GCCCCCGCCGGCGCCTGA

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR003439 ABC transporter-like (Domain) PS50893 ABC_TRANSPORTER_2 PF00005 ABC_tran IPR003593 AAA+ ATPase domain (Domain) SM00382 AAA IPR017871 ABC transporter, conserved site (Conserved_site) PS00211 ABC_TRANSPORTER_1
SignalP	No significant hit
TMHMM	No significant hit

Chro_00220 Chro_00240