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Chro_00250 : CDS information

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Organism
StrainATCC 13273 (=NBRC 3746)
Entry nameChromomycin
Contig
Start / Stop / Direction26,082 / 28,562 / + [in whole cluster]
26,082 / 28,562 / + [in contig]
Location26082..28562 [in whole cluster]
26082..28562 [in contig]
TypeCDS
Length2,481 bp (826 aa)
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Category4.4 resistance
ProductUvrA-like protein
Product (GenBank)UV-repair protein
Gene
Gene (GenBank)cmrX
EC number
Keyword
Note
Note (GenBank)
Reference
ACC
PmId
[15112992] Biosynthesis of the antitumor chromomycin A3 in Streptomyces griseus: analysis of the gene cluster and rational design of novel chromomycin analogs. (Chem Biol. , 2004)
[17768249] Involvement of a chromomycin ABC transporter system in secretion of a deacetylated precursor during chromomycin biosynthesis. (Microbiology. , 2007)
comment
[PMID:15112992](2004)
aureolic acid type antitumor drug chromomycin A3の生合成gene clusterの同定論文。

CmrX: UV-repair system

配列解析から機能推定。
DNA修復(ヌクレオチド除去修復)を担うUvrABC エンドヌクレアーゼ酵素複合体を成すsubunit UvrAに似ている。
ABC transporter system(CmrAB)とCmrXはchromomycinへの自己抵抗性に関連すると予測される。
ABC hybridizing clones cosGR60をchromomycin感受性S.albusで発現すると、chromomycin抵抗性になることが確認されている。

--
[PMID:17768249](2007)同著者らの続報
cmrXを不活化するとchromomycinに感受性のある低産生株となる。
S. albusで異種性にcmrA and cmrB または cmrX を発現するとchromomycin抵抗性が低くなる。
したがって、高レベルの抵抗性を達成するには、cmrA, cmrB, cmrXを同時発現する必要がある。
CmrAB ABC transporterは4A,4E-O-dideacetyl-chromomycin A3への高レベル抵抗性を与える。

これらの結果から提唱されているモデルは、生物活性の低い中間体dideacetyl-chromomycin A3をABC transporter CmrABによって認識し、それから膜結合CmmAによってacetyl化して、できあがった完全活性型chromomycin A3は細胞外に分泌される、というもの。
CmrXは低生物活性を持つ中間体に対して産生者を保護することで関与するとされている。
Related Reference
ACC
Q194P3
NITE
Mith_00320
PmId
[8757400] An ABC transporter is essential for resistance to the antitumor agent mithramycin in the producer Streptomyces argillaceus. (Mol Gen Genet. , 1996)
[10779713] Insertional inactivation of mtrX and mtrY genes from the mithramycin gene cluster affects production and growth of the producer organism Streptomyces argillaceus. (FEMS Microbiol Lett. , 2000)
comment
Blast 4th, id53%, 0.0
Streptomyces argillaceus_mtrX
MtrX

--
[PMID:8757400](1996)
S.albusに外因性mithramycinへの抵抗性を与えるS. argillaceusの3.9kb DNA領域がシークエンス、配列解析され、不完全なmtrXと完全ORFs 3つ(mtrY, A, B)が予測された。

mtmXの推定産物は、DNA修復を担うABC excision nuclease systemsの3つのsubunitsのひとつ(UvrA)に似ている。

mtrX and mtrYの各frameshift mutantは、外因性mithramycinに対する抵抗性に影響がない。しかし、内因性に合成されたmithramycinに対する防御と分泌に関与するかもしれないという可能性は残っている。

---
[PMID:10779713](2000)
mtrXはmithramycin生合成に必須ではないが、不活化で成長率に影響あり。
mtrX異種性発現でmithramycin抵抗性をやや増加させる。

mtrA and mtrBによってコードされるABC transporterは高いmithramycin抵抗性を与えるので、MtrXはABC transporter排出を免れたmithramycinによるminor DNA damagesの修復をする二次的な自己抵抗性機構として働きうると提唱している。

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selected fasta
>UvrA-like protein [UV-repair protein]
MVSHEAEGAPGGEFIEVVGANTHNLRNVSVTIPKNRIVAFTGVSGSGKTSLAIDTIHAEA
QLRYLNGISPFFRQFISPKDRPQVDRIAGLGVTLAVDQRRLNRSPRSTLGSITGLNDFLG
LLFARMPALGPEAVEFPELRGLTSAYFDRYSMEGRCKKCAGLGYVVTPAEDRIVTRPDLP
LRAGAGEWFERANSGEYLALPALAERYGADLDRPWRELPEAFRHAVLHGTGDEAVSYKIV
SKQKKSGTETVIERSVPLKGAVFEVSRLYEAAASDSSKENYARFMRRQDCEGCAGSGFGD
VPRTLKVAGLTYPEIVRMPIEDLRDWVATVDATLTPMQREVAVNLLPDLGRRVRLMVELG
LGHLRVTRSAPSMSGGELQRARVTAQLNMDLTGIIFVLDEPSAGLHPADKHPLREILHAL
RDAGNTVLLVEHDPELIALADWVVDLGPGAGREGGTLVASVPTAELSDNPHSLTGAYLAG
RGPRVRRERRYDAAAAPRLGLVGIDVHNVRLDRVDIPLNSLTCITGVSGSGKSSLLHEAL
GASLAATLRGECPEAVASVEGAAAVGWVTVVNQDPIGRTPRSNPATYTKAFDLIRKLYAA
TPQAKSLGYGAGSFSFNSPGGRCEACQGYGRRQVDMHFMPDMWVECDVCEGRRFTPELLA
VTYHGKSVDEVLAMTVDEAAEFFPGPAPLAATLRATQQAGLGYLQLGQSGTELSGGEAQR
LKLANAILMGSGSRGRGLVILDEPVTGLHPSDVQRMVDAFDTLLAAGNSVVIAEHDLHVA
ACADWIIDMGPGAGERGGTVVGEGPPATVAAGPGVTARYLRPLVAD
selected fasta
>UvrA-like protein [UV-repair protein]
GTGGTGAGTCACGAGGCCGAGGGCGCACCGGGCGGCGAGTTCATCGAGGTCGTCGGAGCG
AACACGCACAATCTGCGGAACGTCAGCGTCACCATCCCGAAGAACAGGATCGTCGCCTTC
ACCGGTGTCAGCGGCAGCGGGAAGACGTCCCTCGCCATCGACACGATCCACGCCGAGGCC
CAACTGCGGTACCTCAACGGCATCTCGCCGTTCTTCCGGCAGTTCATCTCGCCCAAGGAC
CGCCCCCAGGTGGACCGGATCGCCGGGCTCGGAGTGACCCTCGCCGTGGATCAGCGGCGG
CTGAACCGCAGTCCCCGCTCGACCCTGGGCAGCATCACCGGACTGAACGACTTCCTCGGG
CTGCTGTTCGCGCGCATGCCCGCACTGGGCCCGGAAGCCGTGGAGTTCCCCGAGCTACGC
GGGCTCACCAGCGCCTACTTCGACCGCTACAGCATGGAGGGCCGCTGCAAGAAGTGCGCC
GGCCTCGGCTACGTCGTCACCCCGGCCGAGGACCGGATCGTCACCCGGCCCGACCTCCCG
CTGAGGGCCGGGGCGGGGGAGTGGTTCGAGCGGGCCAACTCCGGCGAGTACCTTGCGCTG
CCCGCACTCGCCGAGCGGTACGGTGCCGACCTCGACCGGCCCTGGCGCGAGCTGCCTGAG
GCGTTCCGCCACGCCGTGCTCCACGGCACGGGGGACGAGGCGGTCTCCTACAAGATCGTC
AGCAAGCAGAAGAAGTCCGGCACCGAGACCGTCATCGAACGCAGCGTCCCGCTCAAGGGT
GCTGTCTTCGAGGTCTCACGGCTGTACGAGGCCGCGGCCTCCGACAGCAGCAAGGAGAAC
TACGCGCGGTTCATGCGCCGTCAGGACTGCGAGGGCTGTGCGGGCAGCGGCTTCGGCGAC
GTCCCGCGCACCCTCAAGGTCGCCGGGCTGACCTACCCCGAGATCGTGCGGATGCCCATC
GAGGATCTGCGGGACTGGGTGGCGACCGTCGACGCCACCCTCACCCCCATGCAGCGCGAG
GTCGCGGTCAACCTGCTGCCCGACCTCGGCCGACGGGTCCGCCTGATGGTCGAGCTGGGA
CTGGGCCACCTGCGGGTCACCCGCAGTGCCCCGTCCATGTCCGGCGGTGAACTGCAGCGA
GCCCGCGTCACCGCCCAGCTGAACATGGACCTGACCGGCATCATCTTCGTCCTGGACGAG
CCGAGTGCCGGACTGCACCCCGCCGACAAGCATCCGTTGCGTGAGATCCTGCACGCGCTG
CGAGACGCGGGCAACACGGTCCTGCTCGTCGAGCACGACCCCGAACTCATCGCACTCGCC
GACTGGGTGGTGGACCTGGGGCCCGGCGCAGGACGCGAGGGCGGCACCCTCGTCGCATCC
GTGCCCACCGCCGAGCTCAGCGACAACCCGCACTCGCTCACCGGCGCCTACCTTGCGGGG
CGCGGCCCCCGGGTCCGGCGGGAGCGGCGCTACGACGCCGCGGCCGCGCCGCGGCTCGGC
CTGGTCGGGATCGACGTGCACAACGTCCGGCTGGACCGGGTGGACATCCCTCTCAACTCG
CTGACCTGTATCACCGGGGTGAGCGGCAGCGGCAAGAGCAGCCTCCTGCACGAGGCCCTC
GGTGCGAGCCTGGCGGCCACGCTGCGCGGTGAATGCCCCGAAGCCGTCGCCTCGGTCGAG
GGCGCGGCGGCGGTGGGCTGGGTGACCGTGGTGAACCAGGACCCGATCGGCCGTACCCCG
CGGTCCAACCCCGCCACCTACACCAAGGCCTTCGACCTGATCCGCAAGCTCTACGCGGCC
ACCCCCCAGGCCAAGAGCCTGGGCTACGGCGCCGGATCGTTCTCCTTCAACTCGCCCGGC
GGCCGCTGTGAGGCCTGCCAGGGGTACGGAAGGCGCCAGGTCGACATGCACTTCATGCCC
GACATGTGGGTCGAGTGCGATGTCTGCGAGGGCCGCCGGTTCACCCCCGAACTGCTCGCC
GTCACCTATCACGGCAAGTCGGTCGACGAGGTGCTGGCCATGACGGTGGACGAGGCCGCC
GAGTTCTTCCCCGGCCCCGCACCCCTCGCCGCCACCCTCCGCGCCACCCAGCAGGCGGGG
CTGGGCTACCTGCAACTCGGGCAGAGCGGAACCGAGTTGTCAGGCGGTGAGGCGCAGCGC
CTCAAGCTCGCCAACGCCATACTCATGGGCAGCGGCAGTCGGGGACGGGGCCTGGTGATC
CTCGATGAACCGGTCACCGGGCTCCATCCCTCCGACGTACAGCGCATGGTCGACGCCTTC
GACACCCTGCTCGCGGCCGGCAACTCCGTCGTCATCGCCGAGCACGATCTGCACGTCGCC
GCCTGCGCCGACTGGATCATCGACATGGGGCCGGGCGCCGGCGAACGGGGAGGCACGGTC
GTCGGCGAGGGCCCTCCGGCGACCGTCGCGGCCGGCCCGGGCGTCACGGCCCGGTACCTG
CGGCCTCTCGTGGCCGACTGA

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BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR003439 ABC transporter-like (Domain)
[576-745] 1.2e-06 PF00005
PF00005   ABC_tran
IPR003593 AAA+ ATPase domain (Domain)
[34-448] 0.00210000037262656 SM00382 [518-793] 0.000139999968906909 SM00382
SM00382   AAA
IPR017871 ABC transporter, conserved site (Conserved_site)
[713-727] PS00211
PS00211   ABC_TRANSPORTER_1
SignalP No significant hit
TMHMM No significant hit
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