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Herb_00200 : CDS information

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Organism
StrainAM 3672
Entry nameHerbimycin A
Contig
Start / Stop / Direction72,719 / 70,662 / - [in whole cluster]
72,719 / 70,662 / - [in contig]
Locationcomplement(70662..72719) [in whole cluster]
complement(70662..72719) [in contig]
TypeCDS
Length2,058 bp (685 aa)
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Category3.4 other modification
Productputative carbamoyltransferase
Product (GenBank)HbmN
Gene
Gene (GenBank)hbmN
EC number2.1.3.-
Keyword
Note
Note (GenBank)
  • putative carbamoyltransferase; similar to GdmN
Reference
ACC
PmId
[16085885] Insights into the biosynthesis of the benzoquinone ansamycins geldanamycin and herbimycin, obtained by gene sequencing and disruption. (Appl Environ Microbiol. , 2005)
comment
herbimycin生合成系gene clusterのクローニングを行い、同じbenzoquinone ansamycin系のgeldanamycin のgene clusterと比較し、一部の遺伝子欠損株を作成してその生合成における関与を調べた文献。

HbmN(2,058bp):carbamoyltransferase
hbmN自体の機能実験は無し。
Related Reference
ACC
Q8KUG9
NITE
Ansam_00230
PmId
[14624546] The post-polyketide synthase modification steps in the biosynthesis of the antitumor agent ansamitocin by Actinosynnema pretiosum. (J Am Chem Soc. , 2003)
[22195559] Dual carbamoylations on the polyketide and glycosyl moiety by asm21 result in extended ansamitocin biosynthesis. (Chem Biol. , 2011)
comment
Blast 9th, id60%, 0.0
Actinosynnema pretiosum subsp. auranticum_asm21
O-carbamoyltransferase

---
[PMID:14624546](2003)
Actinosynnema pretiosumのansamitocin生合成gene clusterにある6genesの機能を、遺伝子不活化とmutantの化学分析によって調査。

それらはそれぞれ
halogenase (asm12),
carbamoyltransferase (asm21),
20-O-methyltransferase (asm7),
3-O-acyltransferase (asm19),
epoxidase (asm11),
N-methyltransferase (asm10)
をコードし、ansamitocin形成において6つのPKS後修飾ステップを担う。

asm21 deletion mutantは、19-chloroproansamitocinと20-O-methyl-19-chloroproansamitocinを蓄積。これらにはcarbamoyl基がないことから、asm21はcarbamoyltransferaseをコードする。

---
[PMID:22195559](2011)
asm21不活化mutantにおいて4つの産物が蓄積。
20-O-methyl-19-chloroproansamitocin　←固形培地での主要産物
19-chloroproansamitocin　←液体培地での主要産物
14-beta-hydroxy-20-O-methyl-19-chloroisoproansamitocin
14-alpha-hydroxy-20-O-methyl-19-chloroisoproansamitocin

Asm21のN末伸長とC末の保存が必要なことを、asm21 mutantの相補により確認。

E.coli発現したHis-tagged Asm21を用いて活性確認。
Asm21はasm21 mutantで蓄積したすべての産物をcarbamoyl化できた。
また、kinetics測定結果から、20-O-methyl-19-chloroproansamitocinがAsm21の望まれた基質であると示された。

固形培地で培養されたA. pretiosum ATCC 31565から新たに分離された4''-O-carbamoyl ansamitocinosideは、ansamitocin P-3のN-methyl基の代わりにamide nitrogenに付着したbeta-D-glucosyl部分を持っており、polyketide骨格と糖部分の両方でcarbamoyl化されている。

このN-glucosyl部分にあるC-4 OH基のcarbamoylationも、Asm21が触媒することが確認された。
触媒定数から、Asm21がpolyketide骨格よりもglucosyl部分のcarbamoylationを好むことが示された。

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selected fasta
>putative carbamoyltransferase [HbmN]
MLVLGLNGNFSAADTDVVPQLGEVFFHDSAASLIRDGELVAAVEEERLNRIKKTTKFPLN
AVRECLALAGARPEDVDAVGYYFPENHIDTVLNHLYTEYPRAPLRYSRELIRQRLKEGLG
WDLPDEKLVYVPHHEAHAYSSYLHSGMDSALVLVLDGRGELHSGTVYRAEGTHLEKLADY
PVPKSLGGLYLNATYLLGYGFGDEYKVMGLAPWGNPETYRDTFAKLYTLQDNGEYELHGN
IMVPNLVSPLFYAEGFRPRRKGEPFTQAHRDFAAALQETVEKIVLHILEYWAKTSGQSRL
CFGGGVAHNSSLNGLILKSGLFDEVFVHPASHDAGAGEGAAYAAAASLGTLERPSKRLLS
ASLGPAMGGREQIRARLADWAPLIDVEFPDDAVETAAGLLAEGQVLGWAYGRSEFGPRAL
GHRSIVADARPEENRTRINAMVKKREGFRPFAPVVTAEAARDYFDLSGADGNHEFMSFVV
PVLPERRTELGAVTHVDGTARVQVVSAESGERFHRLVRRFGELTGTPVLLNTSFNNNAEP
IVQSLDDVVTSFLTTDLDVLVVEDCLVRGKPAPDLGVLVPRFRPVTRLVERRTAGPDASA
GARTHEIHLDYDGGPSAKVSPELYELLGAVDGTTTLGDLAKTVGGLSEALATEVFALWEQ
RFLTLAPAGDLPTGHGPADDGARGR
selected fasta
>putative carbamoyltransferase [HbmN]
GTGCTTGTGCTCGGGCTCAACGGCAACTTCTCCGCCGCGGACACCGATGTGGTGCCGCAA
CTCGGCGAGGTGTTCTTTCACGACTCGGCGGCTTCCTTGATCCGCGACGGCGAACTCGTG
GCCGCCGTGGAGGAGGAGCGGCTCAACCGGATCAAGAAGACAACCAAATTTCCCCTCAAC
GCGGTCCGTGAGTGCCTGGCCCTGGCCGGTGCGCGGCCCGAGGACGTCGACGCGGTGGGC
TACTACTTCCCCGAGAACCACATCGACACCGTCCTCAACCACCTCTACACCGAATATCCG
CGGGCCCCCCTGCGCTACTCCCGGGAGCTGATCCGGCAGCGGCTGAAGGAGGGCCTGGGC
TGGGACCTGCCGGACGAGAAGCTGGTGTACGTGCCGCACCACGAGGCGCACGCGTACTCC
TCGTATCTGCACTCCGGCATGGACTCCGCACTGGTCCTGGTGCTGGACGGCCGCGGCGAA
CTGCACTCCGGCACCGTCTACCGCGCCGAGGGCACGCACCTGGAGAAGCTGGCCGACTAC
CCGGTGCCCAAGTCGCTCGGCGGGCTCTATCTGAACGCCACCTATCTGCTCGGCTACGGC
TTCGGCGACGAGTACAAGGTGATGGGCCTGGCCCCCTGGGGCAACCCCGAGACCTACCGC
GACACCTTCGCCAAGCTCTACACCCTCCAGGACAACGGCGAGTACGAGTTGCACGGCAAC
ATCATGGTGCCGAACCTGGTCAGCCCGCTGTTCTACGCCGAGGGCTTCCGGCCGCGCCGC
AAGGGCGAGCCGTTCACCCAGGCCCACCGCGACTTCGCCGCCGCGCTCCAGGAGACGGTC
GAGAAGATCGTGCTGCACATCCTCGAATACTGGGCGAAGACCAGCGGCCAGTCCCGCCTG
TGCTTCGGCGGCGGCGTCGCCCACAACTCCAGCCTCAACGGGCTGATCCTCAAGTCCGGG
CTCTTCGACGAGGTGTTCGTGCACCCCGCCTCGCACGACGCGGGCGCGGGCGAGGGCGCC
GCCTACGCCGCCGCGGCGAGCCTCGGCACGTTGGAGCGGCCGAGCAAACGGCTGCTCAGC
GCGAGTCTCGGCCCGGCAATGGGCGGCCGGGAGCAGATCAGGGCCCGGCTGGCCGACTGG
GCGCCGCTGATCGATGTGGAGTTCCCGGACGACGCCGTGGAGACGGCGGCCGGACTCCTC
GCCGAGGGACAGGTGCTCGGCTGGGCGTACGGCCGCTCCGAGTTCGGCCCCCGCGCCCTG
GGCCACCGCAGCATCGTCGCGGACGCCCGCCCCGAGGAGAACCGGACCCGCATCAACGCG
ATGGTGAAGAAGCGCGAGGGCTTCCGGCCGTTCGCCCCGGTGGTCACGGCCGAAGCCGCC
CGCGACTACTTCGACCTCTCCGGCGCGGACGGCAACCACGAGTTCATGTCCTTCGTGGTG
CCGGTGCTGCCGGAGCGGCGTACGGAACTCGGCGCGGTCACCCACGTGGACGGCACCGCC
CGGGTGCAGGTCGTCTCCGCCGAATCGGGCGAGCGGTTCCACCGCCTGGTGCGGCGGTTC
GGCGAACTGACCGGCACCCCCGTGCTCCTCAACACCTCCTTCAACAACAACGCCGAACCC
ATCGTGCAGAGCCTCGACGACGTGGTCACCAGCTTCCTGACCACCGACCTGGACGTCCTG
GTGGTGGAGGACTGCCTGGTACGCGGCAAACCCGCGCCTGACCTGGGCGTTCTGGTGCCG
CGGTTCCGCCCGGTGACCCGGCTGGTCGAGCGCAGGACGGCCGGTCCGGACGCCTCGGCG
GGAGCCAGGACCCACGAGATCCACCTCGACTACGACGGCGGCCCGTCCGCGAAGGTCTCG
CCCGAGCTGTACGAACTGCTCGGCGCGGTGGACGGCACCACCACCCTCGGGGATCTGGCC
AAGACCGTCGGCGGACTCTCGGAGGCACTGGCCACCGAGGTGTTCGCCCTGTGGGAGCAG
CGGTTCCTCACCCTGGCCCCGGCCGGGGACCTCCCGACGGGCCACGGGCCCGCGGACGAC
GGTGCGCGGGGGCGTTGA

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BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR003696 Carbamoyltransferase (Family)
[139-503] 8.80000000000003e-88 PF02543
PF02543   CmcH_NodU
SignalP No significant hit
TMHMM No significant hit
Herb_00190 Herb_00190   Herb_00210 Herb_00210
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