Herb_00210 : CDS information

Location

Organism	Streptomyces hygroscopicus
Strain	AM 3672
Entry name	Herbimycin A
Contig	AY947889
Start / Stop / Direction	73,893 / 72,781 / - [in whole cluster] 73,893 / 72,781 / - [in contig]
Location	complement(72781..73893) [in whole cluster] complement(72781..73893) [in contig]
Type	CDS
Length	1,113 bp (370 aa)

Annotation

Category	2.1 modification addition of extender units
Product	putative glyceroyl-ACP biosynthesis protein putative 1,3-bisphospho-D-glycerate phosphatase/glyceroyltransferase
Product (GenBank)	HbmH
Gene
Gene (GenBank)	hbmH
EC number
Keyword	methoxymalonyl-ACP
Note
Note (GenBank)	similar to FkbH (methoxymalonyl-ACP biosynthesis pathway protein)
Reference	ACC Q49BD7 PmId [16085885] Insights into the biosynthesis of the benzoquinone ansamycins geldanamycin and herbimycin, obtained by gene sequencing and disruption. (Appl Environ Microbiol. , 2005) comment herbimycin生合成系gene clusterのクローニングを行い、同じbenzoquinone ansamycin系のgeldanamycin のgene clusterと比較し、一部の遺伝子欠損株を作成してその生合成における関与を調べた文献。 HbmH(1,113bp):methoxymalonyl-ACP biosynthesis pathway hbmH自体の機能実験は無し。
Related Reference	ACC Q1G727 NITE Oxzol_00080 PmId [16895402] The bifunctional glyceryl transferase/phosphatase OzmB belonging to the HAD superfamily that diverts 1,3-bisphosphoglycerate into polyketide biosynthesis. (J Am Chem Soc. , 2006) comment 13th, id65%, 1e-132 Streptomyces albus_ozmB Glyceroyl transferase/phosphatase OzmBは、まずD-3-phosphoglyceryl-S-OzmB中間体を形成するため、glycolytic poolからD-1,3-bisphosphoglycerateを隔離し、それからD-3-glyceryl-S-OzmB種を産出するためリン酸基を除去する（phosphataseとして働く）、そして最後にpolykeide生合成のためのステージをセットするためACPにglycoryl基を移動する（glyceryl transferaseとして働く）ことが実証された。・D-3-phosphoglycerate, ATP, Mg2+, and D-3-phosphoglycerate kinaseとOzmBのインキュベーションは、glyceryl-S-OzmBをもたらすことを質量分析で確認。・OzmBのglycerate付着部位はC(266)-R-V-V(270). ・tautomycin生合成gene cluster由来TtmDのholo-ACP変換型とglyceryl-S-OzmBからglyceryl-S-TtmDをもたらすので、glyceryl-S-OzmBはACPの4'-Ppant部分の-SH基へglycerylを移動できる。・脱リン酸化に重要であるaspartateを変異したOzmB(D14V)はD-3-phosphoglyceryl-S-OzmBをもたらし、phosphatase活性が廃止されている。
	ACC Q8KUG4 NITE Ansam_00180 PmId [11996558] Functional expression of genes involved in the biosynthesis of the novel polyketide chain extension unit, methoxymalonyl-acyl carrier protein, and engineered biosynthesis of 2-desmethyl-2-methoxy-6-deoxyerythronolide B. (J Am Chem Soc. , 2002) [17076505] On the biosynthetic origin of methoxymalonyl-acyl carrier protein, the substrate for incorporation of "glycolate" units into ansamitocin and soraphen A. (J Am Chem Soc. , 2006) comment 15th, id70%, 1e-112 Actinosynnema pretiosum subsp. auranticum_asm16 Putative uncharacterized protein asm16 -- [PMID: 11996558](2002) S. lividansで、AT domainsのひとつがmethoxymalonateに特異的なATで置換されているerythromycin PKSのカセットとasm13-17を同時発現すると、予測された位置にmethoxymalonateが取り込まれた6- deoxyerythronolide Bの派生体が産生された。よって、asm13-17はmethoxymalonyl-ACP生合成に十分である。 -- [PMID: 17076505](2006) ansamitocin producerであるActinosynnema pretiosumと、soraphen producerであるSorangium cellulosumを使った追加のfeeding実験。ラベルした基質を用いた実験に基づき、1,3-bisphospho-D-glycerateからmehoxymalonyl-ACPが合成されると結論付けている。 methoxymalonyl-ACP生合成のproposed pathway: 1,3-bisphospho-D-glycetateは、Asm16によってACP(Asm14)のthiol基(-SH)へ移される。その結果できた3-phosphoglyceryl-ACPのphosphate ester基の切断もまた、Asm16によって触媒されるかもしれない。その理由→Asm16はタンパクレベルで少なくとも25-30%の相同性をaspartate-dependent hydrolasesのHAD superfamilyのIIIC subgroup(interpro IPR010033)のメンバーに示す。これらの酵素の多くの機能は不明だが、HAD III subfamilyの特徴付けられたメンバーは明らかに大きな基質(phosphorylated proteins)を使うphosphatases（脱リン酸化酵素）である。よってAsm16によって1,3-bisphospho-D-glycetate→glyceryl-ACPが形成される。
	ACC Q9KIE6 NITE Asco_00080 PmId [15179529] Engineered biosynthesis of 16-membered macrolides that require methoxymalonyl-ACP precursors in Streptomyces fradiae. (Appl Microbiol Biotechnol. , 2004) comment Blast 7th, id73%, 1e-149 Streptomyces hygroscopicus subsp. ascomyceticus_fkbH FkbH S.hygroscopicus由来fkbG-Kを導入することにより、S. fradiaeはmalonyl-CoA, methylmalonyl-CoA, ethylmalonyl-CoAに加えてmethoxymalonyl-ACPもPKS前駆体として利用できるようになることを、midecamycin PKS genes（最後から2番目の縮合ステップでmethoxymalonateを要求）の異種性発現産物で確認している。

Sequence

>putative glyceroyl-ACP biosynthesis protein [HbmH]
MTEGKPVSEPPTAVKCLVWDLDNTLWRGTLLEDGEVLPFEWVRDVITTLDERGILQSIAS
KNDHDHAWERLEALGLAEYFVLPHIGWGPKSASVRAIADRLNFADRAMAFVDDQPAERAE
VAYRLPEVRCYPAEDLAGLTGLPEFSPAVVTVDSRQRRNMYQSGFRRDAERAEFSGPDED
FLRTLDIRMGISRATERELSRVEELTLRTSQMNATGVHYPDSVLRGLLTDPAHEVLVITM
ADRFGPHGAVGIVLLERHPAVWHLKLLATSCRVVSFGAGSTLLNWLADQAAQAGVHLAAD
FRRTDRNRMMEVAYRFAGFADTTCACTAALAAPDEEGVERLHLTPAFQPAPTTLRLTAPE
LADPALPRSR

>putative glyceroyl-ACP biosynthesis protein [HbmH]
ATGACGGAGGGGAAGCCCGTGAGCGAGCCGCCGACGGCCGTCAAATGTCTCGTCTGGGAC
CTGGACAACACACTGTGGCGCGGCACCCTGCTCGAGGACGGCGAGGTGCTGCCCTTCGAG
TGGGTGCGCGATGTCATCACCACCCTCGACGAACGCGGCATTCTCCAGTCCATCGCCAGC
AAGAACGACCACGACCACGCCTGGGAGCGCCTGGAGGCCCTCGGCCTCGCCGAGTACTTC
GTACTGCCGCATATCGGCTGGGGCCCCAAGTCCGCGTCGGTACGCGCCATCGCGGACCGG
CTGAACTTCGCCGACCGCGCCATGGCGTTCGTCGACGACCAGCCCGCCGAACGGGCCGAG
GTCGCCTACCGGCTCCCCGAGGTGCGCTGCTACCCGGCCGAGGACCTGGCCGGGCTCACC
GGGCTGCCCGAGTTCAGCCCCGCCGTGGTCACCGTGGACTCCCGGCAGCGCCGGAACATG
TACCAGTCCGGATTCCGCCGTGACGCCGAGCGGGCCGAGTTCAGCGGCCCCGACGAGGAC
TTCCTGCGCACCCTGGACATACGGATGGGCATCTCCCGCGCCACGGAGCGGGAGCTGTCC
CGGGTCGAGGAACTGACCCTGCGCACCAGCCAGATGAACGCCACCGGCGTCCACTACCCC
GACTCCGTACTGCGCGGACTGCTCACCGACCCCGCGCACGAGGTGCTGGTCATCACGATG
GCCGACCGGTTCGGCCCGCACGGCGCCGTCGGCATCGTGCTGCTGGAACGGCACCCCGCG
GTGTGGCATCTGAAACTGCTCGCCACCTCCTGCCGGGTGGTGTCCTTCGGCGCCGGGTCC
ACCCTGCTGAACTGGCTGGCCGATCAGGCGGCACAGGCCGGGGTGCACCTGGCCGCCGAC
TTCCGGCGCACCGATCGCAACCGGATGATGGAGGTGGCCTACCGCTTCGCCGGGTTCGCC
GACACCACCTGCGCGTGCACCGCCGCGCTCGCGGCCCCCGACGAGGAGGGGGTCGAGCGC
CTCCACCTCACCCCCGCGTTCCAGCCGGCCCCGACGACGCTGCGGCTGACGGCGCCTGAG
CTGGCCGACCCGGCGCTGCCGCGCTCCCGGTGA

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR010033 HAD-superfamily phosphatase, subfamily IIIC (Domain) TIGR01681 HAD-SF-IIIC IPR010037 FkbH domain (Domain) TIGR01686 FkbH IPR016181 Acyl-CoA N-acyltransferase (Domain) SSF55729 Acyl_CoA_acyltransferase G3DSA:3.40.630.30 Acyl_CoA_acyltransferase IPR023214 HAD-like domain (Domain) SSF56784 HAD-like_dom G3DSA:3.40.50.1000 HAD-like_dom
SignalP	No significant hit
TMHMM	No significant hit

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