Herb_00220 : CDS information

Location

Organism	Streptomyces hygroscopicus
Strain	AM 3672
Entry name	Herbimycin A
Contig	AY947889
Start / Stop / Direction	75,002 / 73,890 / - [in whole cluster] 75,002 / 73,890 / - [in contig]
Location	complement(73890..75002) [in whole cluster] complement(73890..75002) [in contig]
Type	CDS
Length	1,113 bp (370 aa)

Annotation

Category	2.1 modification addition of extender units
Product	putative oxidoreductase
Product (GenBank)	HbmI
Gene
Gene (GenBank)	hbmI
EC number
Keyword	methoxymalonyl-ACP
Note
Note (GenBank)	similar to FkbI (methoxymalonyl-ACP biosynthesis pathway protein)
Reference	ACC Q49BD6 PmId [16085885] Insights into the biosynthesis of the benzoquinone ansamycins geldanamycin and herbimycin, obtained by gene sequencing and disruption. (Appl Environ Microbiol. , 2005) comment herbimycin生合成系gene clusterのクローニングを行い、同じbenzoquinone ansamycin系のgeldanamycin のgene clusterと比較し、一部の遺伝子欠損株を作成してその生合成における関与を調べた文献。 HbmI(1,113bp):methoxymalonyl-ACP biosynthesis pathway hbmI自体の機能実験は無し。
Related Reference	ACC Q9KIE5 NITE Asco_00090 PmId [14623185] Crystal structure of an Acyl-ACP dehydrogenase from the FK520 polyketide biosynthetic pathway: insights into extender unit biosynthesis. (J Mol Biol. , 2003) [15179529] Engineered biosynthesis of 16-membered macrolides that require methoxymalonyl-ACP precursors in Streptomyces fradiae. (Appl Microbiol Biotechnol. , 2004) comment 12th(Q9KIE5) 65%, 1e-118 Streptomyces hygroscopicus subsp. ascomyceticus_fkbI FkbI --- [PMID: 14623185](2003) FkbIの構造解析。foldはacyl-CoA dehydrogenasesと似ている。しかし他のacyl-CoA dehydrogenasesとのsurface and substrate-binding siteの違いから、acyl-CoAよりもacyl-ACPを基質に取るのかもしれないと言っている。 --- [PMID: 15179529](2004) S.hygroscopicus由来fkbG-Kを導入することにより、S. fradiaeはmalonyl-CoA, methylmalonyl-CoA, ethylmalonyl-CoAに加えてmethoxymalonyl-ACPもPKS前駆体として利用できるようになることを、midecamycin PKS genes（最後から2番目の縮合ステップでmethoxymalonateを要求）の異種性発現産物で確認している。
Related Reference	ACC Q8KUG3 NITE Ansam_00170 PmId [11960423] Identification of a set of genes involved in the formation of the substrate for the incorporation of the unusual "glycolate" chain extension unit in ansamitocin biosynthesis. (J Am Chem Soc. , 2002) [11996558] Functional expression of genes involved in the biosynthesis of the novel polyketide chain extension unit, methoxymalonyl-acyl carrier protein, and engineered biosynthesis of 2-desmethyl-2-methoxy-6-deoxyerythronolide B. (J Am Chem Soc. , 2002) comment 15th(Q8KUG3) 62%, 1e-107 Actinosynnema pretiosum subsp. auranticum_asm15 Acyl-CoA dehydrogenase --- [PMID:11960423](2002) asm15不活化mutantはansamitocin非産生で、少量の10-desmethoxy-ansamitocin P-3を蓄積。この化合物はPKSの3つめの鎖伸長stepで、珍しい伸長unitの代わりにmalonate unitを取り込んでいる。よってasm15はester側鎖生成ではなく、ansamitocin骨格形成に必要とされる。そしてasm15(たぶんasm13-17)が珍しい伸長unitの合成とPKSへの運搬に関連すると実証する。また、CoAの代わりにSNACを使った2-hydroxymalonyl-SNAC or 2-methoxymalonyl-SNACでは、このmutantのansamitocin産生は回復しない。subclusterに含まれるasm14(ACPをコード)を不活化するとansamitocin産生や新規化合物蓄積なし。よって鎖伸長反応の基質は、おそらく2-hydroxy- or 2-methoxymalonyl-ACPである。 --- [PMID:11996558](2002) abstract S. lividansで、AT domainsのひとつがmethoxymalonateに特異的なATで置換されているerythromycin PKSのカセットとasm13-17を同時発現すると、予測された位置にmethoxymalonateが取り込まれた6-deoxyerythronolide Bの派生体が産生された。よって、asm13-17はmethoxymalonyl-ACP生合成に十分である。また、methyltransferaseをコードするasm17を削除すると、そのhydroxy類似体ではなく6-deoxyerythronolide Bが得られたので、伸長unitのmethylationはその取り込みのために必要である。

Sequence

>putative oxidoreductase [HbmI]
MTDAATSHTELVSGLIGDRADAWDLAGELPRDLLVKLGASGVLCAQVGAEHGGAGLDSRA
NGELTAAVGARCSSLRSVMTSQGMAAWTVRRLGGAEQWSTFLPRLTSGDLAAVGFSSPGA
GSDLAAMETEIADDGTHVVVTGRKVWITAAHYADLLVVFGKYRGGAAAVVVPARAPGVSI
TRVPDPLGCRAAGHADITLDAVRVPTGQVLGGTGLPLPLVTTAALTYGRMSVAWGCVGIL
RACLDAAATHTATREQSGRRLAEHQLVARHLAELYVAERHATRACEHASASWDTGSPDMA
VDAVHAKYVASREAADGAARAVQLLASAAASDGHVVARAYRDAKLMEVIEGTSEICQLVL
AQHTRKKVQA

>putative oxidoreductase [HbmI]
GTGACCGACGCCGCCACCAGCCATACGGAGCTGGTCAGCGGGTTGATCGGGGACCGGGCG
GACGCCTGGGACCTGGCCGGGGAGCTGCCCCGCGACCTCCTGGTCAAACTCGGCGCCTCC
GGTGTGCTGTGCGCGCAGGTCGGCGCCGAGCACGGCGGCGCCGGACTGGACAGCCGTGCC
AACGGGGAGCTCACCGCGGCGGTCGGCGCCCGGTGCAGCTCGCTGCGCAGCGTGATGACG
TCCCAGGGCATGGCGGCGTGGACCGTACGGCGGCTGGGTGGCGCGGAACAGTGGTCCACC
TTTCTGCCCCGGCTGACCTCCGGTGATCTGGCGGCGGTCGGATTCAGCAGCCCGGGGGCG
GGCAGCGACCTGGCCGCGATGGAGACCGAGATCGCCGATGACGGCACACACGTGGTCGTC
ACCGGCCGCAAGGTGTGGATCACCGCCGCCCACTACGCCGATCTGCTGGTGGTGTTCGGG
AAATATCGTGGCGGCGCCGCGGCCGTGGTCGTGCCCGCCCGGGCCCCCGGAGTCAGCATC
ACGCGGGTGCCCGACCCGCTGGGCTGCCGCGCCGCCGGCCACGCGGACATCACCCTGGAC
GCCGTCCGGGTGCCCACCGGCCAGGTACTCGGCGGCACCGGACTGCCACTGCCCCTGGTG
ACCACCGCGGCGCTCACCTACGGGCGCATGTCCGTGGCGTGGGGGTGCGTCGGCATCCTG
CGCGCCTGCCTGGACGCCGCCGCCACGCACACCGCCACCCGGGAACAGTCCGGCCGCAGA
CTCGCCGAGCACCAGTTGGTGGCCCGGCACCTGGCCGAGCTGTACGTCGCGGAGCGGCAC
GCCACCCGGGCCTGCGAACACGCCAGCGCCTCCTGGGACACCGGCTCGCCCGATATGGCG
GTCGACGCGGTGCACGCGAAGTACGTCGCGTCCCGCGAGGCGGCCGACGGCGCGGCACGC
GCCGTACAGCTCCTGGCGTCGGCCGCCGCATCCGACGGCCATGTGGTGGCCCGGGCGTAC
CGCGACGCGAAGCTGATGGAAGTCATCGAGGGCACCAGCGAGATCTGCCAGCTCGTCCTC
GCCCAGCACACGCGGAAGAAGGTGCAAGCATGA

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR006090 Acyl-CoA oxidase/dehydrogenase, type 1 (Domain) PF00441 Acyl-CoA_dh_1 IPR006091 Acyl-CoA oxidase/dehydrogenase, central domain (Domain) PF02770 Acyl-CoA_dh_M G3DSA:2.40.110.10 Acyl_CoA_DH/ox_M IPR006092 Acyl-CoA dehydrogenase, N-terminal (Domain) PF02771 Acyl-CoA_dh_N IPR009075 Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase C-terminal (Domain) SSF47203 AcylCoADH_C_like G3DSA:1.20.140.10 AcylCoA_DH_1/2_C IPR009100 Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase (Domain) SSF56645 AcylCoA_dehyd_NM IPR013786 Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal (Domain) G3DSA:1.10.540.10 AcylCoA_DH/ox_N
SignalP	Bacteria, Gram-positive Bacteria, Gram-negative
TMHMM	No significant hit

Herb_00210 Herb_00230