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Indano_00050 : CDS information

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Organism
StrainNRRL 8167
Entry nameIndanomycin
Contig
Start / Stop / Direction4,402 / 5,160 / + [in whole cluster]
4,402 / 5,160 / + [in contig]
Location4402..5160 [in whole cluster]
4402..5160 [in contig]
TypeCDS
Length759 bp (252 aa)
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Category1.4 Other
Productputative type II thioesterase
Product (GenBank)type II thioesterase
Gene
Gene (GenBank)idmA
EC number
Keyword
  • type II thioesterase
Note
Note (GenBank)
Reference
ACC
PmId
[19301315] Analysis of the indanomycin biosynthetic gene cluster from Streptomyces antibioticus NRRL 8167. (Chembiochem. , 2009)
comment
indanomycin biosynthetic gene clusterに関する文献。

idmA(252a.a): type II thioesterase

idmA自体の機能実験は無いが、相同性よりtype II/editing thioesteraseであるとしている。indanomycin biosynthesisにおける役割は不明であるとされている。
Related Reference
ACC
Q6W5Q5
NITE
FR008_00110
PmId
[18836004] Selective removal of aberrant extender units by a type II thioesterase for efficient FR-008/candicidin biosynthesis in Streptomyces sp. strain FR-008. (Appl Environ Microbiol. , 2008)
comment
<FscTE, Streptomyces sp. FR-008, BLAST 28; id=57%>

fscTE deletion株ではFR-008/candicidin産生が約90%減り、fscTEを相補することによって生産が回復すること、type I thioesteraseを不活化させた場合、FscTEは成熟伸長したpolyketideの放出を代償することができず、FR-008/candicidin産生が消失することが示されている。

また、FscTE と ホモログであるTylOのHydrolytic activitiesは、
propionyl-S-N-acetylcysteamine > methylmalonyl-S-N-acetylcysteamine
acetyl-S-N-acetylcysteamine > malonyl-S-N-acetylcysteamine
となり、TEIIはacyl carrier proteins(ACP)に結合するnonelongatable residuesを選択的に除去することにより、効果的なpolyketide生合成を維持することと結論付けられている。

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selected fasta
>putative type II thioesterase [type II thioesterase]
MAAPSTPTSAWVRRFHPEPEAATQVICFPHAGGSATFYFPVAQALSPAVDVLAIQYPGRQ
DRRVEPCIDDMDTLADLVSEELRPWLDRPFTLFGHSMGATLAFEVALRLERSGHTALGLF
ASGRRAPSRHRDEQVHLATDERLISEIKRLEGTESRVFEDEEIVRMILPAVRSDYRAAES
YRYRPGPALSCPVTALTGDRDPHVTLDEAEAWREHTTGPFRLRVFPGGHFFLNSHAQAVM
REITGLIDGSSE
selected fasta
>putative type II thioesterase [type II thioesterase]
ATGGCGGCACCGTCCACCCCGACCAGCGCCTGGGTCCGGCGCTTCCACCCGGAGCCGGAA
GCTGCGACGCAGGTGATCTGCTTTCCGCACGCAGGTGGTTCGGCCACGTTCTACTTCCCG
GTCGCCCAGGCCCTGTCGCCCGCCGTGGACGTACTCGCCATCCAGTATCCCGGCCGCCAG
GACCGGCGCGTCGAACCCTGCATCGACGACATGGACACCCTTGCCGACCTCGTCAGCGAG
GAACTGCGACCCTGGCTCGACCGGCCCTTCACCCTGTTCGGCCACAGCATGGGCGCCACG
CTGGCCTTCGAGGTCGCCCTCCGGCTGGAGCGCAGCGGACACACCGCGCTGGGGCTGTTC
GCGTCCGGTCGGCGCGCGCCCTCGCGGCACCGCGACGAACAGGTCCACCTCGCCACCGAC
GAACGCCTGATCAGCGAGATCAAACGGCTGGAGGGCACCGAGTCCCGGGTCTTCGAGGAC
GAGGAGATCGTCAGGATGATCCTGCCCGCCGTACGCAGCGACTACCGGGCCGCGGAGAGC
TACCGCTACCGGCCGGGACCCGCGTTGAGCTGCCCCGTCACCGCCCTCACCGGCGACCGC
GACCCGCACGTCACCCTCGACGAGGCCGAGGCATGGCGGGAGCACACCACGGGCCCCTTC
CGGCTCAGGGTCTTCCCCGGCGGGCACTTCTTCCTCAACTCCCATGCCCAGGCGGTGATG
CGGGAGATCACCGGCCTGATCGACGGCTCGTCCGAGTAG

close this sectionFeature

BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR001031 Thioesterase (Domain)
[24-245] 9e-63 PF00975
PF00975   Thioesterase
SignalP
[1-44] 0.259 Signal
Bacteria, Gram-negative   
TMHMM No significant hit
Indano_00040 Indano_00040   Indano_00060 Indano_00060
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