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Kirro_00280 : CDS information

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Organism
StrainTü365
Entry nameKirromycin
Contig
Start / Stop / Direction83,835 / 84,683 / + [in whole cluster]
83,835 / 84,683 / + [in contig]
Location83835..84683 [in whole cluster]
83835..84683 [in contig]
TypeCDS
Length849 bp (282 aa)
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Category3.4 other modification
Productcyclase
Product (GenBank)hypothetical protein
Gene
Gene (GenBank)kirHI
EC number
Keyword
  • pyridone moiety
Note
Note (GenBank)
Reference
ACC
PmId
[18291322] Molecular analysis of the kirromycin biosynthetic gene cluster revealed beta-alanine as precursor of the pyridone moiety. (Chem Biol. , 2008)
[25621700] Discovery of a new family of Dieckmann cyclases essential to tetramic acid and pyridone-based natural products biosynthesis. (Org Lett. , 2015)
comment
[PMID: 18291322](2008)
kirromycin生合成gene clusterの報告。

KirHI-KirHVIの6 genesは、unknown function proteinと相同性を示す。
kirromycin生合成におけるこれらの機能はわかっていない。

---
[PMID: 25621700](2015)
遺伝子不活化と相補、合成類似物とのin vitro生化学アッセイ、点変異、系統樹解析から、TrdC, SlgL, LipX2, KirHI, FacHI が二次代謝の際にテトラミン酸とピリドンの部分の骨格形成を触媒するDieckmann cyclasesの新規familyであると導いている。主に実験に使用されているのはTrdCである。

クローニングしたKirHI を用いて合成類似物とのin vitro生化学アッセイをしている。
Related Reference
ACC
F1DI35
PmId
[25621700] Discovery of a new family of Dieckmann cyclases essential to tetramic acid and pyridone-based natural products biosynthesis. (Org Lett. , 2015)
comment
BLAST id45%
Streptomyces sp. SCSIO1666
TrdC

遺伝子不活化と相補、合成類似物とのin vitro生化学アッセイ、点変異、系統樹解析から、TrdC, SlgL, LipX2, KirHI, FacHI が二次代謝の際にテトラミン酸とピリドンの部分の骨格形成を触媒するDieckmann cyclasesの新規familyであると導いている。

主に実験に使用されているTrdCのentry。

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selected fasta
>cyclase [hypothetical protein]
MPSPSVWNVVLDAASDADVVLATDFPVTGRNEGGFADLTPSLGLDCALWQTVAPARAPGP
GIDPDEYLAPWLAEVAASGRRVRAVLGYCAGSVFAGALAERIADRQPVAPQVVVFDPELV
DVPTVHLQFGRVIGNMTAVLTPAEVDELAGAAERLAARPGITPAAFATELYAIFEPIGSA
ALRRAGLDEGYAGELVALVGSFMTYLGVAAGLDPRPGWSRATVVTSASPASGLNRMRATP
GLAPIAVADEVRFEVEHRDLLRTPEVATTVAGLLGTGSQARR
selected fasta
>cyclase [hypothetical protein]
ATGCCAAGCCCTTCCGTGTGGAATGTGGTGCTCGACGCAGCATCGGACGCCGACGTCGTG
CTCGCCACCGACTTCCCGGTGACGGGCCGCAACGAGGGCGGTTTCGCCGACCTGACGCCC
AGCCTGGGACTGGACTGCGCGCTGTGGCAGACCGTCGCACCGGCCCGGGCCCCCGGCCCC
GGCATCGACCCGGACGAGTACCTCGCGCCCTGGCTGGCCGAGGTCGCCGCGAGCGGACGC
AGGGTCCGGGCGGTCCTCGGCTACTGCGCCGGATCGGTCTTCGCCGGCGCCCTGGCCGAG
AGGATCGCCGACCGCCAGCCGGTCGCCCCGCAGGTGGTGGTCTTCGACCCCGAACTCGTC
GACGTGCCCACCGTGCACCTGCAGTTCGGCCGGGTCATCGGCAACATGACCGCCGTACTG
ACCCCGGCCGAGGTCGACGAGCTGGCCGGCGCCGCGGAGCGCCTGGCCGCCCGGCCCGGG
ATCACCCCGGCCGCGTTCGCCACCGAGCTCTATGCGATCTTCGAGCCGATCGGCTCGGCC
GCGCTGCGCCGCGCCGGCCTCGACGAGGGCTACGCCGGTGAACTGGTGGCCCTGGTCGGC
TCGTTCATGACCTATCTCGGCGTCGCCGCCGGACTCGATCCGCGTCCCGGCTGGTCCCGG
GCCACCGTCGTCACCTCGGCGAGCCCGGCCAGCGGACTCAACCGGATGCGCGCCACCCCC
GGCCTGGCACCGATCGCCGTGGCGGACGAGGTCCGGTTCGAGGTGGAGCACCGCGATCTG
CTGCGCACCCCGGAGGTCGCCACGACCGTGGCCGGCCTGCTCGGCACCGGCTCGCAGGCC
CGCCGATGA

close this sectionFeature

BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro No significant hit
SignalP
[1-22] 0.256 Signal
Bacteria, Gram-positive   
[1-22] 0.242 Signal
Eukaryota   
TMHMM No significant hit
Kirro_00270 Kirro_00270   Kirro_00290 Kirro_00290
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