Ncarz_00280 : CDS information

Location

Organism	Streptomyces carzinostaticus
Strain	ATCC 15944
Entry name	Neocarzinostatin
Contig	AY117439
Start / Stop / Direction	48,237 / 49,301 / + [in whole cluster] 48,237 / 49,301 / + [in contig]
Location	48237..49301 [in whole cluster] 48237..49301 [in contig]
Type	CDS
Length	1,065 bp (354 aa)

Annotation

Category	4.1 transcriptional regulator
Product	putative transcriptional regulator
Product (GenBank)	transcriptional regulator
Gene	ncsR6
Gene (GenBank)
EC number
Keyword
Note
Note (GenBank)
Reference	ACC Q84HA6 PmId [15797213] The neocarzinostatin biosynthetic gene cluster from Streptomyces carzinostaticus ATCC 15944 involving two iterative type I polyketide synthases. (Chem Biol. , 2005) comment Neocarzinostatin生合成遺伝子クラスターの報告。 ncsR6: StrR-like transcriptional regulator このORFについて機能解析されていない。
Related Reference	ACC Q8GME5 NITE C1027_00480 PmId [19159491] Role of sgcR3 in positive regulation of enediyne antibiotic C-1027 production of Streptomyces globisporus C-1027. (BMC Microbiol. , 2009) [20551990] Manipulation of pathway regulation in Streptomyces globisporus for overproduction of the enediyne antitumor antibiotic C-1027. (J Antibiot (Tokyo). , 2010) [21250756] Improvement of the enediyne antitumor antibiotic C-1027 production by manipulating its biosynthetic pathway regulation in Streptomyces globisporus. (J Nat Prod. , 2011) comment Streptomyces globisporus Putative regulatory protein [PMID:19159491] C-1027の生合成遺伝子SgcR1。制御遺伝子として同定されたSgcR1,R2,R3のSgcR3に関しての機能解析。 cross-complementation studyにて、SgcR3がプロモーター領域に直接結合することでsgcR1R2の転写を活性化することを示した。 [PMID:20551990] SgcR1,SgcR2の機能解析論文。 SgcR1過剰発現株はsgcR1,sgcR2,sgcR3の過剰発現株よりも力価の改善でより効果的であったことから、SgcR1による一つ、あるいは多数の遺伝子の制御がC-1027の生産のボトルネックになっていると予想している。 sgcR1の過剰発現株では、enedyne生合成メカニズムの早期段階でheptaeneの生産を活性化した。また、sgcR2,sgcR3の過剰発現株で産生したheptaeneの力価はWTより高かったことから、SgcR1,SgcR2,SgcR3はpositiveなregulatorであると同定した。 [PMID:21250756] C-1027 regulation proteinsの解析 sgcR欠損株においてsgcR1の過剰発現させると、C-1027産生は約7倍に上がったことをみている。

Sequence

>putative transcriptional regulator [transcriptional regulator]
MKNTEGTPEPLTDLTDWVKVDTLLPADSPRLNGLDEQHVKQLADVYPTLPPILVHSRTMR
VIDGMHRLAAARRNRLDFVAVRYFTGTEEESFLRSVSANVAHGLPLSPDERKTAAHRILD
MCPELSDRAVGACTGLSPKTVASVRSRSTEDSTRLNVRVRSNGKAHPLDRTAERLHAAQL
MIAQPDLPLRAVVKETGLSLGTVHDVRQRLLRGDAPVPASRRRPPRVQPSGTDLPASRRS
CGPEGPDPLHRAPETVPGRSRTSLEMLRKLASDPALRHSESGRHFLRWLHDHFVVDDSWR
QWAEAVPPHSAATLADLALHCSRTWKRFAEELTSRRLTGVQLSEELRADSKRRI

>putative transcriptional regulator [transcriptional regulator]
TTGAAAAACACTGAAGGGACCCCGGAACCATTGACGGACCTCACCGACTGGGTGAAGGTG
GATACGTTGCTGCCGGCGGATTCTCCGCGGCTGAATGGCCTTGATGAGCAGCACGTCAAA
CAACTGGCAGACGTCTATCCGACGCTGCCTCCGATTCTCGTGCACAGCAGAACGATGCGC
GTGATCGACGGGATGCACCGACTGGCGGCCGCACGACGCAATCGTCTGGACTTCGTGGCG
GTGCGGTACTTCACGGGAACCGAGGAGGAGTCGTTCCTCCGCTCCGTATCGGCCAACGTC
GCACACGGCCTCCCGCTGTCACCCGACGAACGCAAGACGGCGGCACACCGCATCCTGGAC
ATGTGTCCGGAACTCTCGGACCGGGCCGTCGGCGCGTGCACGGGCCTGTCGCCCAAGACG
GTAGCCTCGGTCCGGTCGCGTTCAACTGAGGATTCCACCCGGTTGAACGTCCGGGTCAGG
AGCAACGGCAAAGCCCATCCGCTCGACCGCACTGCCGAGCGTCTGCACGCGGCCCAGCTG
ATGATCGCCCAGCCCGACCTCCCGCTGCGGGCGGTCGTCAAGGAGACCGGGCTCTCGCTG
GGGACGGTGCACGACGTCCGCCAGCGCCTGCTGCGCGGGGACGCACCCGTGCCCGCCAGC
CGCCGGCGGCCACCTCGCGTCCAGCCCTCGGGCACCGACCTCCCCGCATCCCGGCGCAGC
TGCGGTCCGGAAGGCCCAGACCCGCTCCACCGCGCGCCCGAAACGGTCCCAGGGCGGTCA
CGCACATCCCTGGAAATGCTGCGCAAACTCGCTTCCGACCCGGCGCTGCGACACTCGGAA
TCCGGCCGGCACTTCTTGCGCTGGCTCCACGACCACTTCGTTGTGGACGATTCCTGGCGC
CAATGGGCGGAAGCTGTTCCACCTCACTCAGCTGCCACACTGGCGGATCTCGCTCTCCAC
TGCTCACGCACGTGGAAAAGGTTCGCCGAAGAGCTCACCAGTCGTCGACTGACCGGCGTC
CAGCTCTCCGAAGAGTTGCGAGCGGACTCGAAGCGACGGATTTAA

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR003115 ParB-like nuclease (Domain) SSF110849 ParBc SM00470 ParB PF02195 ParBc
SignalP	No significant hit
TMHMM	No significant hit

Ncarz_00270 Ncarz_00290