| Category | 3.4 other modification |
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| Product | putative epoxide hydrolase/cyclase |
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| Product (GenBank) | NigBIII |
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| Gene | nigBII |
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| Gene (GenBank) | nigBIII |
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| EC number | |
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| Keyword | |
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| Note | - Belongs to polyether epoxide hydrolase(PEH)-A group.
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| Note (GenBank) | |
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| Reference | - ACC
- Q27W62
- PmId
[17584617] Insights into polyether biosynthesis from analysis of the nigericin biosynthetic gene cluster in Streptomyces sp. DSM4137. (Chem Biol. , 2007) - comment
- UniProt nameはnigBIII で登録されているが、論文内にそのようなORFは出てこない。
相当するのはnigBII である。
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Streptomyces sp. DSM4137におけるNigericin Biosynthetic Gene Clusterに関する文献。
nigBII (155 aa): cyclase
nigBII 自体の機能実験は行われておらず、monesin biosynthesis (Streptomyces cinnamonensis)のmonBII との相同性よりepoxide cyclase と予想している。
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| Related Reference | - ACC
- Q846W8
- NITE
- Monen_00230
- PmId
[12940979] Analysis of the biosynthetic gene cluster for the polyether antibiotic monensin in Streptomyces cinnamonensis and evidence for the role of monB and monC genes in oxidative cyclization. (Mol Microbiol. , 2003)
[16632258] Evidence for the role of the monB genes in polyether ring formation during monensin biosynthesis. (Chem Biol. , 2006) - comment
- <Probable monensin biosynthesis isomerase(monBII), BLAST 2; id=57%>
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[PMID: 12940979](2003)
monensin生合成 gene clusterの解析論文。
MonBII: Isomerase
MonBI and MonBII のN末は、3-ketosteroid isomerasesに低いが明らかな類似を示す。
MonBI and MonBII 同士はid48%(今回の結果では33%)。
AB-delta-BII (monBII deletion strain)は細胞内にも細胞外にもmonensinなし。
AB-delta-BII はcloned monBII geneによって相補され、monensin A and B産生を回復する。
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[PMID: 16632258](2006)
monBI and/or monBII genesの削除は、monensins A and Bの代わりにC-3-O-demethylmonensinsと多くのminor components(C-9-epi-monensin Aを含む)のmixtureを産生する株をもたらす。これら全てのminor componentsは、酸の処理によってmonensinsに効率的に変換された。
MonBI- and MonBII-欠損mutantsの産物のパターンは同一。
よってepoxide開環と随伴性のpolyether環形成がMonB enzymesによって触媒されると示唆される。
これに一致して、MonB-type enzymesの構造がRhodococcus erythropolis由来limonene-1,2-epoxide hydrolaseの構造に近しく似ていることがhomology modelingで示された。
MonBI and MonBIIがheterodimerを形成し、epoxide hydrolase/cyclaseとして働くことが提唱されている。
MonBI, MonBII それぞれの役割はわかっていない。
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- ACC
- B6ZK72
- NITE
- Lasal_00210
- PmId
[18710235] Epoxide hydrolase Lsd19 for polyether formation in the biosynthesis of lasalocid A: direct experimental evidence on polyene-polyepoxide hypothesis in polyether biosynthesis. (J Am Chem Soc. , 2008)
[21375229] Enzymatic epoxide-opening cascades catalyzed by a pair of epoxide hydrolases in the ionophore polyether biosynthesis. (Org Lett. , 2011)
[22388816] Enzymatic catalysis of anti-Baldwin ring closure in polyether biosynthesis. (Nature. , 2012) - comment
- Blast 4th, id43%, 1e-19(N-term) > id35%(C-term)
Streptomyces lasaliensis_lsd19
Epoxide hydrolase
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[PMID:18710235](2008)
Lsd19をE.coliにて発現、クローニング、精製し活性を見ている。
incubationによりsingle deastereomerである6-endo-tet cyclization productを産生。trichloroacetic acidでbisepoxideを処理すると5-exo-tet cyclization modeを介してisolasalocid Aを産生する。
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[PMID:21375229](2011)
site-directed mutagenesis, domain dissection analysisにより機能解析をしている。
D170A,E197Aでは一つ目のtetrahydrofuran環の形成で止まった化合物ができる。
lsd19A(N-term domain): 5-exo cyclization (bisepoxyprelasalocid A -> monocyclized intermediate)
lsd19B(C-term domain): 6-endo cyclization (monocyclized intermediate -> lasalocid A)
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[PMID:22388816](2012)
結晶構造解析、および、触媒メカニズムの予測を行っている。
Lsd19Bの酵素活性中心における重要なアミノ酸はH146,D170,E197,Y251を挙げている。
polyether epoxide hydrolaseについてまとめて解析あり（構造モデリングと配列alignment）。
配列alignmentから、NigBII はLsd19Aに似たPEH-Aに分類される。
Nigericinのような長めの基質で働くPEH-AはC末に余剰領域あり。
構造モデリングでPEH-Aは深いbinding pocketが見られ、internal cyclic ethersの形成を担うとされている。
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Niger_00120
Location
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![[13-110] 7.7e-12 PF12680](../../img/H.gif "[13-110] 7.7e-12 PF12680"){kind=small}
