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Stref_00030 : CDS information

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Organism
StrainNRRL 3193 (=NBRC 13446)
Entry nameSteffimycin
Contig
Start / Stop / Direction3,023 / 1,980 / - [in whole cluster]
3,023 / 1,980 / - [in contig]
Locationcomplement(1980..3023) [in whole cluster]
complement(1980..3023) [in contig]
TypeCDS
Length1,044 bp (347 aa)
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Category5.1 general function
Productputative transcriptional regulator
Product (GenBank)putative transcriptional regulator
Gene
Gene (GenBank)
EC number
Keyword
Note
  • It is supposed that this ORF is not involved in steffimycin biosynthesis.
Note (GenBank)
  • ORF3
Reference
ACC
PmId
[16751529] Isolation, characterization, and heterologous expression of the biosynthesis gene cluster for the antitumor anthracycline steffimycin. (Appl Environ Microbiol. , 2006)
comment
steffimycin生合成gene clusterのクローニング、特徴づけ。

36ORFsが見つかり、そのうち24ORFsを含む26.5 kb領域がおそらくsteffimycin生合成に関連し、一次代謝関連genesとhousekeeping genesを含む12ORFsによって挟まれている。

orf1-4, 33-36は、S. coelicolor A3(2) and S. avermitilis MA-4680由来の関連タンパクと有意な類似性あり。遺伝子構成も同じ。

orf3はsteffimycin生合成には関係ないとされる12ORFsに含まれるが、異種性steffimycin発現のためのplasmid pEM4STFaには含まれている。
Related Reference
ACC
P39140
PmId
[8550462] ( , )
[10074062] ( , )
[10714997] ( , )
comment
Blast 287th, id28%, 1e-18
Bacillus subtilis_deoR
Deoxyribonucleoside regulator

deoR-dra-nupC-pdp operonのregulatorであるdeoRに関して。
primerextensionによって、このoperonの転写開始点を同定。
DeoRを精製し、gel shirt assayでoperatorとの結合を確認。
footprintingによって、結合にはprindromとdirect repeatが必要であることも確認している。

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selected fasta
>putative transcriptional regulator [putative transcriptional regulator]
MNSSEEIAVSGMSAGRSAMRMGPAELVQAAAMARRFYLEGKSKIQIAEEFGVSRFKVARV
LETALERDLVRIEIRVPAELDAERSDALRARYGLRHAVVVESPAEAEETPDPENLGEVAA
DLLGELVNEGDVLGLAWGRSTIHMAAALDRLPPCTVVQLTGVYDAGTAERGSVEAVRRAA
QVSGGDAHPIYAPMLLPDAATASALRNQTGIARAFEHFDKVTVACVSIGSWEPGISTVHD
MLSDEERAHYASLGVAAEMSAHLFDAQGRRVGRDLGERCITVKADQLRRIPEVVAIAGGQ
RKGPAIDAVLRSGLVTSLVTDTSAADYLMTAGPAPKSALNRADPDGV
selected fasta
>putative transcriptional regulator [putative transcriptional regulator]
GTGAACAGCAGTGAGGAGATCGCCGTGTCCGGTATGTCGGCGGGCCGGTCAGCCATGCGG
ATGGGACCCGCTGAGCTGGTGCAGGCGGCGGCCATGGCCCGCCGCTTCTACCTCGAGGGC
AAGTCCAAGATCCAGATCGCGGAGGAGTTCGGCGTCAGCCGCTTCAAGGTGGCCCGGGTC
CTGGAGACCGCCCTCGAACGGGATCTCGTACGCATCGAGATCCGTGTGCCCGCCGAACTG
GACGCCGAGCGCTCGGACGCGCTCCGCGCCCGCTACGGCCTGCGGCACGCCGTCGTGGTC
GAGTCCCCGGCCGAGGCCGAGGAGACGCCCGACCCCGAGAACCTGGGAGAGGTGGCCGCC
GACCTGCTCGGCGAACTGGTCAACGAAGGTGATGTGCTGGGCCTGGCCTGGGGCCGCTCC
ACCATTCACATGGCGGCGGCGCTCGACCGGCTGCCGCCGTGCACGGTGGTGCAGCTGACG
GGCGTGTACGACGCCGGCACCGCCGAGCGCGGCTCGGTCGAGGCGGTACGCCGCGCCGCC
CAGGTGTCCGGGGGCGACGCCCACCCCATCTACGCCCCGATGCTGCTGCCCGACGCGGCC
ACGGCCTCCGCGCTGCGCAACCAGACCGGCATCGCCCGCGCCTTCGAGCACTTCGACAAG
GTCACCGTCGCCTGTGTCTCCATCGGCTCCTGGGAGCCGGGCATCTCCACGGTGCACGAC
ATGCTCAGCGACGAGGAACGCGCGCACTACGCCTCCCTCGGTGTCGCCGCCGAGATGTCC
GCGCACCTCTTCGACGCCCAGGGCCGCCGCGTCGGCCGGGACCTGGGCGAGCGGTGCATC
ACCGTCAAGGCCGACCAGCTGCGCCGGATCCCCGAGGTCGTCGCGATCGCGGGCGGGCAG
CGCAAGGGACCCGCGATCGACGCCGTGCTGCGCTCCGGGCTGGTCACCAGCCTGGTGACG
GACACGTCGGCGGCGGACTACCTCATGACGGCGGGCCCGGCGCCGAAGTCCGCGCTCAAC
CGGGCCGACCCGGACGGAGTCTGA

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BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR007324 Sugar-binding domain, putative (Domain)
[81-329] 1.5e-66 PF04198
PF04198   Sugar-bind
SignalP
[1-29] 0.275 Signal
Bacteria, Gram-positive   
TMHMM No significant hit
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