Stref_00260 : CDS information

Location

Organism	Streptomyces steffisburgensis
Strain	NRRL 3193 (=NBRC 13446)
Entry name	Steffimycin
Contig	AM156932
Start / Stop / Direction	26,916 / 25,654 / - [in whole cluster] 26,916 / 25,654 / - [in contig]
Location	complement(25654..26916) [in whole cluster] complement(25654..26916) [in contig]
Type	CDS
Length	1,263 bp (420 aa)

Annotation

Category	2.3 modification addition of sugar moiety
Product	glycosyltransferase
Product (GenBank)	glycosyl transferase
Gene
Gene (GenBank)	stfG
EC number
Keyword	L-rhamnose
Note
Note (GenBank)
Reference	ACC Q2P9Y9 PmId [16751529] Isolation, characterization, and heterologous expression of the biosynthesis gene cluster for the antitumor anthracycline steffimycin. (Appl Environ Microbiol. , 2006) [18224649] Glycosylated derivatives of steffimycin: insights into the role of the sugar moieties for the biological activity. (Chembiochem. , 2008) comment [PMID: 16751529](2006) steffimycin生合成gene clusterのクローニング、特徴づけ。 36ORFsが見つかり、そのうち24ORFsを含む26.5 kb領域がおそらくsteffimycin生合成に関連する。 stfG: Glycosyltransferase stfGを不活化するとcompound 3を産生。glycosylateされた化合物なし。 compound 3 = 8-demethoxy-10-deoxysteffimycinone stfGで相補され、steffimycin産生を回復。 L-rhamnose生合成genesを持たないstf clusterをS. albusで発現しても同じcompound 3を検出。 StfG homologuesはanthracyclinesの生合成に関与するよく知られたglycosyltransferaseである。 --- [PMID: 18224649](2008) abstract steffimycinの新しいglycosylated派生体が作成できたことから、L-rhamnosyltransferase StfGが 8-demethoxy-10-deoxysteffimycinoneへ付着する基質糖の柔軟性が実証されている。
Related Reference	ACC Q9L4U6 NITE Acla_00210 PmId [15911373] AknT is an activating protein for the glycosyltransferase AknS in L-aminodeoxysugar transfer to the aglycone of aclacinomycin A. (Chem Biol. , 2005) [17685523] Characterization of rhodosaminyl transfer by the AknS/AknT glycosylation complex and its use in reconstituting the biosynthetic pathway of aclacinomycin A. (J Am Chem Soc. , 2007) comment BLAST id56% Streptomyces galilaeus_aknS Putative glycosyl transferase [DoBISCUIT]L-rhodosamine glycosyltransferase --- [PMID: 15911373](2005) AknKの実験に基づき代替基質として2-deoxyfucoseを用いたAknS/Tの実験。 AknS単独でも活性はあるが、AknTがないと活性は低い。 --- [PMID: 17685523](2007) dTDP-L-rhodosamineがAknS/AknTの自然な基質であることを確認。これまでに代替基質として使用されていたdTDP-2-deoxyfucoseより100倍、dTDP-daunosamineより1000倍速いKcat値を示す。 partner protein AknTは、L-rhodosamine移動のためのAknSの代謝回転速度を200倍に加速する。 AknTの存在はKm値に影響せず、kcatに影響する。AknS:AknTの最適比率は1:3。 aglycone, L-rhodosamine, 2-deoxyfucose, AknS/T, AknKでの産物は2糖型aclacinomycinが主要産物だったことから、3糖目は2-deoxyfucoseでなく、これまでの提唱通りL-rhodinoseでありそう。
Related Reference	ACC Q9ZGH7 NITE Pikro_00090 PmId [15161264] Characterization of the glycosyltransferase activity of desVII: analysis of and implications for the biosynthesis of macrolide antibiotics. (J Am Chem Soc. , 2004) [15358425] New olivosyl derivatives of methymycin/pikromycin from an engineered strain of Streptomyces venezuelae. (FEMS Microbiol Lett. , 2004) [20695498] Characterization of glycosyltransferase DesVII and its auxiliary partner protein DesVIII in the methymycin/picromycin biosynthetic pathway. (Biochemistry. , 2010) [23770075] Combinatorial biosynthesis and antibacterial evaluation of glycosylated derivatives of 12-membered macrolide antibiotic YC-17. (J Biotechnol. , 2013) [26552796] In vivo investigation to the macrolide-glycosylating enzyme pair DesVII/DesVIII in Saccharopolyspora erythraea. (Appl Microbiol Biotechnol. , 2016) comment BLAST id55% Streptomyces venezuelae_desVII Glycosyl transferase --- [PMID:15161264](2004) abstract glycosyltransferase DesVII のin vitro活性を実証。十分な活性を得るには、塩基性pHと追加タンパク成分DesVIII を必要とする。 --- [PMID:15358425](2004) 内因性deoxusugar(dTDP-D-desosamine)の生合成に関する全体的なgene clusterを削除し、dTDP-4-keto-6-deoxyglucose(内因性のdesosamine中間体)またはdTDP-D-olivose(外因性)の生合成に必要な遺伝子で置換したS.venezuelae mutant株において、'sugar-flexible' glycosyltransferase(DesVII) は12員環と14員環両方のmacrolactonesがquinovose or olivoseでglycosylateされた10-deoxymethynolide and narbonolideを産生した。またこれらのglycosylationにはDesVII に加えてDesVIII も必須であることが確認されている。 --- [PMID: 20695498](2010) DesVII はglycosyltransferases活性のために追加protein componentであるDesVIII を必要とする。 recombinant DesVIII proteinの追加でDesVII によるglycosylation効率を改善。量はとても少ないが、desVIII はそのhomolog dnrQによって置換されうる。 DesVII/DesVIII 複合体の形成はvivoでの両遺伝子の同時発現を必要とし、vitroでの個々に産生されたタンパクの混合では完全には達成されない。 DesVII と DesVIII の比率は1:1で、複合体はheterodimersの3量体[(αβ)3]として存在する。 DesVII/DesVIII 複合体の触媒効率は、DesVII のみのときより少なくとも2×10(3)倍高い。よって、DesVIII はタンパク産生のときDesVII の折りたたみを補助し、触媒中きつく結合したままにすることが示唆される。 --- [PMID:23770075](2013) abstract 基質が柔軟なglycosyltransferase DesVII とdeoxysugar生合成gene cassettesを用いて、様々な糖でD-desosamineを置換したglycosyl-10-deoxymethynolideを作成している。L-rhamnoseでの置換により抗菌活性が良くなった。

Sequence

>glycosyltransferase [glycosyl transferase]
MRVLMTSLAVEAHFNGAVPLAWALRAAGHEVRVAGQPALTEAITRAGLTAVPVGTDHTHH
ELVRELGAELTGFYRDIDLTGERGDDYLALKGANTLLTATFYAQANNDPMVDELVDYARY
WRPDLVIWEPFTFAGAVAARASGAAHARLLWGPDLFLRVRRAFRDQMERLPRELHDDTLE
EWLTWTLGRFGCDFDEETVVGQWDIDQMPAGIRLPLGRPTVPMRYVPYNGRSVVPAWLRE
PPRRPRICLTLGITSRDMAYPDRISLGELLEAVAELDVEIVATLTAAQRAEVARVPDNTR
VTDFVPMHALLPSCSAVVHHGGAGTWSTAAACGVPQLVIADMWDNVYRARRLADLGAGLF
LPPERLTVAGLRDGLEQLLTKPSFREDAERLRAEMTAEPSPADVVPALEELTRRHRTGRR

>glycosyltransferase [glycosyl transferase]
ATGCGCGTTCTGATGACGTCGCTCGCCGTCGAAGCACACTTCAACGGCGCTGTTCCACTG
GCCTGGGCGCTGCGCGCGGCGGGGCACGAGGTCCGGGTGGCCGGGCAGCCCGCGCTCACC
GAGGCCATCACCCGGGCCGGACTGACCGCGGTGCCCGTGGGCACCGACCACACCCACCAC
GAGCTCGTGCGTGAACTCGGTGCCGAACTCACCGGCTTCTACCGCGACATCGACCTGACG
GGGGAGCGCGGCGACGACTATCTGGCGCTCAAGGGCGCCAACACCCTGCTCACCGCGACG
TTCTACGCCCAGGCCAACAATGACCCGATGGTGGATGAACTGGTCGATTACGCCCGTTAC
TGGCGACCCGACCTGGTGATCTGGGAGCCGTTCACCTTCGCCGGCGCCGTGGCCGCGCGG
GCCAGTGGGGCCGCCCACGCGCGACTGCTGTGGGGGCCGGATCTCTTCCTCCGCGTACGC
CGGGCGTTCCGCGACCAGATGGAACGCCTGCCGCGGGAACTGCACGACGACACCCTCGAG
GAGTGGCTGACCTGGACGCTCGGGCGGTTCGGCTGTGACTTCGACGAGGAGACGGTGGTC
GGCCAGTGGGACATCGACCAGATGCCGGCCGGTATCCGGCTGCCCCTGGGGCGTCCGACG
GTGCCGATGCGTTATGTGCCCTACAACGGCAGGTCGGTCGTCCCCGCATGGCTGCGGGAA
CCGCCGCGTCGACCGCGGATCTGTCTGACGCTGGGCATCACCTCCCGTGACATGGCCTAT
CCGGATCGCATCTCCCTCGGCGAACTGCTCGAAGCCGTCGCCGAGTTGGACGTCGAGATC
GTCGCCACCCTCACCGCGGCGCAACGGGCCGAGGTGGCGCGGGTACCGGACAACACACGT
GTCACGGACTTCGTGCCCATGCACGCCCTGCTGCCGAGCTGCTCGGCCGTGGTCCACCAC
GGCGGCGCGGGCACCTGGTCCACCGCCGCCGCGTGCGGGGTGCCCCAACTCGTGATCGCC
GACATGTGGGACAACGTGTACCGGGCGCGACGGCTGGCAGACCTGGGCGCGGGGCTGTTC
CTGCCGCCGGAGCGACTGACGGTGGCCGGTCTGCGCGACGGCCTGGAGCAGCTGCTGACG
AAGCCGTCCTTCCGGGAGGACGCGGAGCGGCTCCGGGCGGAGATGACCGCCGAACCCAGC
CCCGCCGACGTCGTGCCCGCCCTGGAGGAACTGACCCGGCGCCACCGCACCGGCCGGCGG
TGA

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR004276 Glycosyl transferase, family 28 (Domain) PF03033 Glyco_transf_28 IPR010610 Domain of unknown function DUF1205 (Domain) PF06722 DUF1205
SignalP	Eukaryota
TMHMM	No significant hit

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