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Strply_00020 : CDS information

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Organism
StrainNRRL 2433 (=NBRC 13058)
Entry nameStreptolydigin
Contig
Start / Stop / Direction808 / 1,194 / + [in whole cluster]
808 / 1,194 / + [in contig]
Location808..1194 [in whole cluster]
808..1194 [in contig]
TypeCDS
Length387 bp (128 aa)
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Category5.4 hypothetical protein
Producthypothetical protein
Product (GenBank)hypothetical protein
Gene
Gene (GenBank)
EC number
Keyword
Note
  • This ORF is not involved in streptolydigin biosynthesis.
Note (GenBank)
  • ORF2
Reference
ACC
PmId
[19875077] Deciphering biosynthesis of the RNA polymerase inhibitor streptolydigin and generation of glycosylated derivatives. (Chem Biol. , 2009)
comment
streptolydigin生合成gene clusterの報告。

Orf2は、Q82N09(SAV1494),Q9K3Q6(SCO1092)と相同性を示すことからこれらと同様の機能を果たすと示唆している。いずれもhypothetical protein。

streptolydigin生合成領域を特定するために、orf2から上流および orf3から下流領域の不活化株を作製。いずれも streotolydiginの生産量が変化しなかった(data not shown)ことから、Orf2から上流およびOrf3から下流領域は streptolydiginの生合成には関与していないと考察している。
この領域は、一次代謝やhousekeepingに関与しているのだろうと推測している。

本ORFは機能解析実験はされていない。

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selected fasta
>hypothetical protein [hypothetical protein]
MVHVLSSRVLLRPSDPERSRAFYGEALGLEIYREFGTGPERGTVYFLGGGFLEVSGRAAQ
PATDTLKLWLQVADAAAAHQELLAHGVEVLRPPVQEPWGLIEMWIADPDGHRIVLTQVPA
DHPLRYRP
selected fasta
>hypothetical protein [hypothetical protein]
ATGGTGCACGTACTGAGCAGCCGAGTGCTGTTGCGGCCGTCCGATCCCGAGCGCTCGCGG
GCGTTCTACGGCGAGGCGCTGGGGCTGGAGATCTACCGGGAGTTCGGCACCGGGCCCGAG
CGCGGCACGGTGTACTTCCTCGGCGGCGGCTTCCTGGAGGTCTCCGGCCGCGCCGCGCAG
CCCGCCACCGACACCCTCAAGCTGTGGCTCCAGGTGGCGGACGCGGCGGCGGCGCACCAG
GAGCTGCTGGCACACGGGGTCGAGGTGCTGCGGCCGCCCGTCCAGGAGCCGTGGGGCCTG
ATCGAGATGTGGATCGCCGATCCGGACGGCCACCGGATCGTGCTGACCCAGGTCCCGGCG
GACCATCCGCTGCGCTACCGGCCCTGA

close this sectionFeature

BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR025870 Glyoxalase-like domain (Domain)
[14-115] 7.4e-20 PF12681
PF12681   Glyoxalase_2
SignalP
[1-21] 0.286 Signal
Bacteria, Gram-positive   
[1-21] 0.164 Signal
Eukaryota   
TMHMM No significant hit
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