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Strply_00030 : CDS information

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Organism
StrainNRRL 2433 (=NBRC 13058)
Entry nameStreptolydigin
Contig
Start / Stop / Direction1,429 / 4,260 / + [in whole cluster]
1,429 / 4,260 / + [in contig]
Location1429..4260 [in whole cluster]
1429..4260 [in contig]
TypeCDS
Length2,832 bp (943 aa)
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Category4.1 transcriptional regulator
ProductLuxR family transcriptional regulator
Product (GenBank)LuxR-family transcriptional regulator
Gene
Gene (GenBank)slgR2
EC number
Keyword
Note
Note (GenBank)
Reference
ACC
PmId
[19875077] Deciphering biosynthesis of the RNA polymerase inhibitor streptolydigin and generation of glycosylated derivatives. (Chem Biol. , 2009)
[22820841] Three pathway-specific regulators control streptolydigin biosynthesis in Streptomyces lydicus. (Microbiology. , 2012)
comment
[PMID:19875077]
streptolydigin生合成gene clusterの報告。

このORFについて機能実験はされていないが、相同性とモチーフ構成より機能付けされている。


[PMID:22820841]
３つのreguratory proteinの機能解析報告。

slgR1 TetR transcriptional regulator families
slgR2 LuxR transcriptional regulator families　<-this ORF
slgY ATP/GTP-binding proteins of DNA and RNA helicase superfamily I

slgR1 or slgR2を不活化するとstreptolydiginを産生出来ないので、SlgR1 と SlgR2はpathway-specific positive regulatorである。

slgR2の発現はSlgYにより制御をうける。

SlgR2はstreptolydigin bicyclic ketal moietyの形成に関与するregulator slgR1や3-methylaspartateの取り込みとプロセッシングを行う構造遺伝子の発現を制御する。
Related Reference
ACC
Q9S0N8
NITE
Aver_00010
PmId
[10449723] Organization of the biosynthetic gene cluster for the polyketide anthelmintic macrolide avermectin in Streptomyces avermitilis. (Proc Natl Acad Sci U S A. , 1999)
[19148632] Characterization of a regulatory gene, aveR, for the biosynthesis of avermectin in Streptomyces avermitilis. (Appl Microbiol Biotechnol. , 2009)
[20012992] The pathway-specific regulator AveR from Streptomyces avermitilis positively regulates avermectin production while it negatively affects oligomycin biosynthesis. (Mol Genet Genomics. , 2010)
comment
BLAST id37%
Streptomyces avermitilis_aveR
LuxR-family transcriptional regulator

avermectinにはpositiveに、oligomycinにはnegativeに作用するregulator.

--
[PMID:10449723]
avermectin生合成gene clusterの報告。
AveR: positive regulator

aveR mutantsの表現型、DNA segmentsを導入することによるその相補特性、helix-turn-helix motifを持つタンパクへの配列類似から、AveRがpotential regulatory functionを持つことが示される。

---
[PMID: 19148632]　abstract
aveR 不活化mutantは、avermectin中間体をいかなるavermectin派生体にも変換できない。よってAveRは、avermectinの生合成遺伝子と修飾遺伝子の両方の発現を調節するpositive regulatorであることが示唆された。
また、多量のaveRはavermectinの完全な損失をもたらすことから、aveRには最高許容限界濃度がある。

---
[PMID: 20012992]　abstract
aveR deletion mutantはavermectin産生を消失し、oligomycin産生が増える。この表現型はaveR geneのsingle copyによって相補された。

AveRのC末HTH domainの除去はavermectin生合成を消失。
ave clusterとolm clusterの両方のpredicted promoter regionsがAveRのtarget sitesであり、AveRのDNA-binding activityはHTH domainに依存的である。
aveの構造遺伝子の転写はAveRに依存的であるが、olmの構造遺伝子とputative pathway-specific regulatory genesの転写はaveR mutantsで増える。

avermectin PKS_AVES1をコードするaveA1の転写がAveRによって活性化される。
aveRの過剰発現でavermectin産生増加。
ACC
Q9ZGI0
NITE
Pikro_00180
PmId
[11344155] Characterization and analysis of the PikD regulatory factor in the pikromycin biosynthetic pathway of Streptomyces venezuelae. (J Bacteriol. , 2001)
[18245260] Enhanced heterologous production of desosaminyl macrolides and their hydroxylated derivatives by overexpression of the pikD regulatory gene in Streptomyces venezuelae. (Appl Environ Microbiol. , 2008)
[26608164] Interspecies Complementation of the LuxR Family Pathway-Specific Regulator Involved in Macrolide Biosynthesis. (J Microbiol Biotechnol. , 2016)
comment
BLAST id40%
Streptomyces venezuelae_pikD
[Pikro_00180]LuxR family transcriptional regulator

--
[PMID: 11344155](2001)
pikDは抗生物質産生に必須。pikD deletionによる抗生物質非産生は、plasmidによる相補で回復する。
PikDによって行使される調節のレベルを、pathway中間体の変換と、xylE reporter systemを使ったpromoter probingで見ている。
PikDが媒介する転写調節は、pikRII, pikAI, and desI の発現を調節するpromotersで起こるが、pikRI or pikCを調節するpromotersでは起こらない。

---
[PMID: 18245260](2008)
S.venezuelae ATCC 15439のPKS genes deletion mutantにtylosin PKS genesを導入した株と、さらにpikDの追加コピーを入れた株での産物解析。
pikD追加があるとdesosaminyl tylactone産生が増えるので、PikDはdesosamine生合成gene clusterの発現をupregulateすると示唆される。また、2つのhydroxylate型desosaminyl tylactoneが新たにこの株から検出され、P450 hydroxylaseをコードするpikCの発現がPikDによって増加したためであると考えられた。

RT-PCRによる遺伝子発現解析と、10-deoxymethynolide, narbonolide, and TL→対応するdesosaminyl macrolidesへの生物変換実験によっても、PikDがdes and pikC genesのpositive regulatorであることを確かめている。

[PMID: 11344155]との矛盾点はxylE assayでのせいであり、RT-PCRと生物変換実験を使った結果のほうが直接的な証拠であると言っている。

---
[PMID: 26608164](2016)
pikDの過剰発現はpikromycin産生を拡大し、pikD deletion mutantはrapHとfkbNで補完することができる。

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selected fasta
>LuxR family transcriptional regulator [LuxR-family transcriptional regulator]
MTLVGRKEETTVLRRMFADVQCGRGGVIIVTGSAALGKTGMLHAAAEHALQSGARWLSAT
ACSSEQALPLGVMSQLLRSAPLDEPATRRAEQLLREGAVPAADGPDAAEGRSARIHQGLC
EVLLTLAAETPLVITVDDVHQADTASMRCLSHLTRRLRSARIMVVLSKQLEAEPDLTPYT
DMSREPHVGHLGLRPLTESDVAALLGRRFDDAAARRLAPAVLAVSGGNPLLATVLADATG
SARAGRTGRAAVPAEPVVDEMFRQAVLTCLRRGDAKTGRVARALAVLDDAWSFDVLCRAL
DIDTLCAERAVRILEAAGLLVAGRFRHPAMRSAILDGMPAEERTRLHRRCARLLHDTGGP
ALDIARQLIGAGGAPDPEAVPVLREAAEQALAGDDAATAIRCLELAHRAALDNRQHVAVI
ADLARAELRVNLPAATRHLRSLLAPARDPHQRSAGVLAVIRRHLLWSVEERQAVEALRAP
GPSGAGEDRQLAAERHLSRVWLGCTFPSLVKELPACPSESAPDGSTPATIALNPELLAAT
LLSTALRDEDGKDVVADAEHILQNSALSDHTFEMLAFAILALFHADRLDKAAVWCRSLQA
QAVARRAPTWQAVFAALQAQIALRQGELSAAEEHARAALRLIPRRIWGPFGFLASSAMAL
ACTAMGKDTEAADQLSGPLPETAFDSLYGLYHLHARGQHHFANNRLQAALGDFLACGELM
TDWGVDVPTLVPWRSAAAEVLIQLGDRARARELLDAQLARPRANGPRLRGTTLRLLAATV
ELQRRPALLTEAVEELQSAHNPYELARALADLGDAHRALGAAGRARMVSRQAWNAARHCQ
AEPLLRRLKPTGGAEEVDRPLRVQAGPADIASLSSAERRVATLATLGYTNREISRKLHIT
VSTVEQHLTRVYRKLNVRHRTEIPSDLDLVVDSRRVGAERPVG
selected fasta
>LuxR family transcriptional regulator [LuxR-family transcriptional regulator]
ATGACGTTAGTCGGTCGGAAAGAGGAAACGACGGTCCTGCGAAGGATGTTCGCGGACGTC
CAATGCGGCAGAGGCGGCGTCATCATCGTCACCGGCTCCGCCGCTCTGGGAAAAACCGGG
ATGCTGCACGCTGCGGCCGAGCACGCCCTGCAGTCCGGTGCCCGATGGCTCAGTGCCACG
GCCTGCTCCTCGGAGCAGGCCCTCCCGCTGGGCGTGATGAGCCAGCTGCTGCGGAGCGCG
CCGCTGGACGAGCCGGCGACCAGGCGGGCCGAACAACTCCTGAGAGAAGGCGCCGTGCCG
GCGGCGGACGGCCCGGACGCCGCGGAGGGCAGGTCCGCGCGCATCCACCAGGGACTGTGC
GAAGTACTGCTGACGCTCGCGGCGGAAACCCCCCTCGTCATCACGGTGGACGACGTCCAC
CAGGCGGACACGGCGTCCATGCGCTGTCTGTCCCACCTGACCCGGCGGCTTCGCTCGGCC
CGCATCATGGTCGTGCTGAGCAAGCAGCTGGAGGCCGAGCCCGACCTGACGCCGTACACC
GACATGTCCCGGGAACCGCACGTCGGACACCTGGGGCTGCGGCCGCTGACCGAGTCCGAT
GTCGCCGCACTGCTCGGCCGTCGCTTCGACGACGCCGCCGCGCGGCGGCTGGCTCCGGCG
GTGCTCGCGGTCTCCGGCGGCAATCCGCTGCTGGCGACCGTCCTGGCCGATGCCACCGGG
TCCGCCCGGGCGGGCCGTACGGGCCGGGCCGCGGTGCCCGCCGAGCCGGTGGTCGACGAG
ATGTTCCGCCAGGCGGTGCTGACCTGCCTGCGGCGCGGGGACGCCAAGACGGGCCGGGTC
GCCAGGGCCCTGGCCGTGCTGGACGACGCCTGGTCCTTCGACGTGCTGTGCCGCGCACTG
GACATCGACACGCTGTGCGCCGAGCGTGCCGTACGCATCCTGGAGGCGGCCGGGCTGCTG
GTCGCCGGGCGCTTCAGGCACCCCGCGATGCGGTCCGCGATCCTCGACGGCATGCCGGCC
GAGGAACGGACCCGGCTGCACCGGCGGTGCGCACGGCTGCTGCATGACACCGGGGGCCCG
GCGCTGGACATCGCCCGGCAGCTGATCGGCGCCGGCGGGGCGCCCGACCCCGAGGCGGTC
CCCGTCCTGCGCGAGGCGGCCGAGCAGGCGCTGGCCGGCGACGACGCGGCAACCGCCATC
CGGTGCCTGGAACTTGCCCACCGGGCGGCCCTGGACAACCGACAGCACGTCGCCGTCATC
GCGGACCTGGCCCGTGCCGAACTGCGGGTGAACCTCCCCGCCGCCACCCGCCACCTGCGG
TCCCTGCTGGCCCCGGCGCGGGACCCGCACCAGCGCTCCGCCGGTGTGCTGGCCGTGATC
CGGCGCCATCTGCTGTGGTCGGTCGAGGAGCGGCAGGCCGTCGAGGCGCTGCGGGCGCCG
GGTCCGTCCGGTGCCGGGGAGGACCGGCAGCTCGCGGCCGAGCGGCACCTCTCCCGGGTG
TGGCTGGGCTGCACCTTCCCGTCCCTGGTGAAGGAGTTACCGGCGTGCCCGTCGGAGTCG
GCGCCCGACGGCAGCACCCCGGCCACCATCGCCCTCAATCCGGAGCTCCTGGCGGCGACG
CTGCTGTCCACCGCGCTCCGGGACGAGGACGGCAAGGACGTGGTGGCGGACGCCGAGCAC
ATCCTGCAGAACTCCGCGCTCAGCGACCACACCTTCGAGATGCTGGCCTTCGCGATCCTG
GCGCTGTTCCACGCCGACCGGCTGGACAAGGCGGCGGTCTGGTGCCGGAGTCTCCAGGCA
CAGGCGGTCGCCCGCCGGGCCCCCACCTGGCAGGCGGTGTTCGCCGCGCTGCAGGCGCAG
ATCGCGCTGCGGCAGGGAGAGCTGTCGGCGGCCGAGGAGCACGCCCGCGCCGCGCTGCGG
CTGATCCCGCGGCGGATCTGGGGACCGTTCGGCTTCCTGGCCTCCAGCGCCATGGCGCTC
GCCTGCACCGCGATGGGCAAGGACACGGAAGCGGCGGACCAGCTGTCGGGCCCCCTGCCG
GAGACCGCCTTCGACTCGCTGTACGGCCTGTACCACCTGCACGCCCGCGGACAGCACCAC
TTCGCCAACAACCGTCTGCAGGCGGCCCTGGGCGACTTCCTGGCCTGCGGCGAGCTGATG
ACGGACTGGGGGGTGGACGTCCCCACGCTCGTACCGTGGCGCTCCGCGGCGGCGGAGGTC
CTGATCCAGCTCGGGGACCGGGCGCGGGCCCGCGAACTCCTCGACGCGCAGCTGGCCCGC
CCCCGCGCGAACGGCCCGCGCCTCCGGGGCACCACGCTCCGCCTGCTCGCCGCGACCGTC
GAACTCCAGCGGCGCCCGGCGCTGTTGACGGAGGCGGTGGAGGAGCTCCAGTCGGCGCAC
AATCCGTACGAACTGGCCCGGGCGCTGGCCGATCTCGGTGACGCGCACCGTGCGCTCGGT
GCCGCGGGGCGGGCGCGGATGGTGTCCCGGCAGGCGTGGAACGCCGCCCGGCACTGCCAG
GCCGAGCCGCTGCTGCGCCGGCTCAAACCGACCGGCGGTGCCGAGGAGGTTGACCGGCCG
CTGCGTGTCCAGGCCGGCCCCGCCGACATCGCCTCGCTGAGCAGCGCCGAGCGGAGGGTG
GCCACCCTCGCCACGCTCGGCTACACCAACCGCGAGATCAGCCGCAAGCTGCACATCACG
GTCAGCACGGTGGAGCAGCATCTGACGCGGGTGTACCGCAAGCTCAATGTGCGGCACCGC
ACGGAGATCCCCTCGGACCTGGACCTGGTGGTGGACAGCCGGCGGGTGGGGGCCGAACGG
CCGGTGGGCTGA

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BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR000792 Transcription regulator LuxR, C-terminal (Domain)
[866-934] PS50043
PS50043   HTH_LUXR_2
[873-887] 6.80000200614765e-08 PR00038 [887-903] 6.80000200614765e-08 PR00038 [903-915] 6.80000200614765e-08 PR00038
PR00038   HTHLUXR
[887-914] PS00622
PS00622   HTH_LUXR_1
[870-927] 8.5999877623955e-20 SM00421
SM00421   HTH_LUXR
[871-923] 1.7e-12 PF00196
PF00196   GerE
IPR011990 Tetratricopeptide-like helical (Domain)
[538-675] 2e-11 G3DSA:1.25.40.10 [692-881] 2e-11 G3DSA:1.25.40.10
G3DSA:1.25.40.10   TPR-like_helical
IPR011991 Winged helix-turn-helix transcription repressor DNA-binding (Domain)
[882-923] 2.1e-17 G3DSA:1.10.10.10
G3DSA:1.10.10.10   Wing_hlx_DNA_bd
IPR016032 Signal transduction response regulator, C-terminal effector (Domain)
[851-923] 2.89999717862184e-15 SSF46894
SSF46894   Bipartite_resp_reg_C-effector
SignalP No significant hit
TMHMM No significant hit
Strply_00020 Strply_00020   Strply_00040 Strply_00040
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