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Strply_00040 : CDS information

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Organism
StrainNRRL 2433 (=NBRC 13058)
Entry nameStreptolydigin
Contig
Start / Stop / Direction6,441 / 4,318 / - [in whole cluster]
6,441 / 4,318 / - [in contig]
Locationcomplement(4318..6441) [in whole cluster]
complement(4318..6441) [in contig]
TypeCDS
Length2,124 bp (707 aa)
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Category1.2 NRPS
Productnon-ribosomal peptide synthetase
Product (GenBank)non-ribosomal peptide synthetase
Gene
Gene (GenBank)slgN2
EC number
Keyword
  • 3-methylaspartate
Note
  • A domain seems to be imcomplete.
  • According to the reference, NRPS is composed of SlgN1, SlgN2 and SlgL.
Note (GenBank)
Reference
ACC
PmId
[19875077] Deciphering biosynthesis of the RNA polymerase inhibitor streptolydigin and generation of glycosylated derivatives. (Chem Biol. , 2009)
[22569159] Novel compounds produced by Streptomyces lydicus NRRL 2433 engineered mutants altered in the biosynthesis of streptolydigin. (J Antibiot (Tokyo). , 2012)
comment
[PMID:19875077]
streptolydigin生合成gene clusterの報告。

slgN2: NRPS domains C, A, T

本ORF上流の挿入変異株の解析より、本ORFはstreptolydigin生産に関与する領域であることが示されている。

このORFについて機能実験はされていない。

クラスター内、NRPSと予測されるORFは2つ(SlgN1,SlgN2)。
A domainの構成モチーフに関して、slgN2は大半のmotifが欠けており、slgN1は大半を保存しているが基質結合ポケットに関与するモチーフが欠けている。
SlgN1とSlgN2でA domainの構成モチーフがすべて揃うことから、両者の共同作用によりbeta-methylaspartic acidの導入を行っていると考えている。


[PMID:22569159]
slgN1, slgN2 ,slgL欠損株作製、どの株からもstreptolydiginの生産はみらず、tetrameric acid生合成が抑制された。
欠損株への各遺伝子導入によるstreptolydigin生合成のrestoreも確認している。
また、欠損株においてstreptolydigin中間体が見られなかったことから、SlgN1, SlgN2, SlgLはstreptolydigin生合成に関与する遺伝子であるとしている。
SlgN1,SlgN2,SlgLでA domainの構成モチーフが揃うことから、これら3つのORFが複合体を形成しNRPSへの基質(beta-methylaspartic acid)の導入を行っていると予想している。
Related Reference
ACC
Q30CS3
NITE
Alip_00120
PmId
[16723573] Biosynthetic gene cluster for the polyenoyltetramic acid alpha-lipomycin. (Antimicrob Agents Chemother. , 2006)
comment
alpha-lipomycin生合成遺伝子_lipNrps

lipNrpsの挿入破壊株を作成し、この変異株ではlipomycinが生産されないことを確認している。
→LipNrpsはlipomycin生産に必須の遺伝子。
また、lipomycinの構造からLipNrpsの基質としてglutamic acidを予想している。

close this sectionPKS/NRPS Module

8
C17..298
A497..552
PCP636..703

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selected fasta
>non-ribosomal peptide synthetase [non-ribosomal peptide synthetase]
MSLSTGATARTASPKERSLWMLDRLVPDAGANNVPAALRIGGRLDRPALRTALTAVVRRH
DALRTVFHAADDTLTASVLAPGGTDLDVQEITPSADGPQAALTAFAATPFALDGRPLIRV
GLLADGDDDVLCFVVHHLVFDTVSAGVFTRSLARAYARVLRGEQPYPADEGAGPVPVLDE
PAPRPQSTDFWRDHLAGFDPGALETDCGTGHNPARPTLAGGRLDHTLTPGATAAVRKLAK
ELRAPEAVVLLAAYYLLLAAHGAGPDLVVGTPVNVRGDGAADAIGYHVNTLPLRTAVDPG
ESFRALVTRTRNVFFGALSHADAPVDALLAEVARPGASWRGSLFRHVFNYVPAPGDAGLA
FGDTPARTEPAESGYCKFDLELNVLATPETLSLRVVHGTEALAEADARALVRRYDALLSG
LGEAADRTVAEIEVGTDADRTALRTGYEEAVRAGGTAGFVASAGGREALPGVRGELCLVA
TSRPAADDGHDGAHPQHGPYRRTGELARRGYDGTLEILGRADRRVTVHGVPVQLDRLEAL
LASEDGVRAAAVVLRKGDDTDPGGLVAFLAAPDDPQLLDRLRKRIGAELPAAAEPGSFVV
LDALPTAADGRPDLAELERRAAAGGTTGADDADGQLLADLVELWNDVLERDDVGPQANFF
ELGGHSLLAAKVAQRSGKLAGVRVRLADVFANPTPLTLAEHLRAARA
selected fasta
>non-ribosomal peptide synthetase [non-ribosomal peptide synthetase]
ATGTCACTCTCGACGGGGGCCACAGCGCGCACCGCCTCCCCCAAGGAACGGTCGCTGTGG
ATGCTCGACCGGCTCGTACCCGACGCGGGCGCCAACAACGTCCCGGCGGCCCTGCGGATC
GGCGGCCGGCTGGACCGCCCGGCCCTGCGGACGGCCCTGACCGCGGTGGTACGCCGCCAC
GACGCCCTGCGCACCGTCTTCCACGCCGCCGACGACACCCTCACCGCCTCGGTGCTCGCC
CCCGGCGGGACGGACCTGGACGTCCAGGAGATCACGCCCTCGGCGGACGGGCCGCAGGCC
GCCCTGACGGCCTTCGCCGCCACGCCGTTCGCCCTCGACGGCCGCCCGCTGATCCGCGTG
GGCCTCCTCGCCGACGGCGACGACGACGTGCTCTGCTTCGTCGTGCACCACCTGGTCTTC
GACACCGTCTCCGCGGGCGTCTTCACCCGCTCCCTGGCCCGGGCGTACGCACGGGTGCTG
CGCGGCGAGCAGCCGTACCCGGCCGACGAGGGCGCCGGCCCGGTCCCGGTGCTGGACGAA
CCCGCCCCTCGGCCGCAGAGCACCGACTTCTGGCGCGACCACCTGGCCGGCTTCGACCCC
GGCGCGCTGGAGACGGACTGCGGCACCGGCCACAACCCCGCCCGGCCCACGCTGGCCGGC
GGCAGGCTGGACCACACCCTCACGCCCGGGGCGACCGCGGCGGTGCGCAAGCTGGCCAAG
GAACTGCGCGCCCCCGAGGCCGTGGTGCTGCTCGCCGCCTACTACCTGCTGCTGGCCGCG
CACGGCGCCGGCCCCGACCTCGTCGTCGGCACGCCCGTCAACGTCCGCGGCGACGGCGCG
GCGGACGCCATCGGCTACCACGTCAACACCCTGCCGCTGCGGACGGCGGTGGACCCCGGC
GAGTCGTTCCGCGCGCTCGTCACCCGCACCCGGAACGTCTTCTTCGGCGCCCTGTCCCAT
GCGGACGCCCCCGTCGACGCCCTGCTCGCGGAGGTCGCCCGGCCCGGCGCGTCCTGGCGC
GGCTCGCTCTTCCGCCATGTGTTCAACTACGTCCCCGCCCCGGGCGACGCCGGCCTGGCC
TTCGGCGACACCCCGGCCCGCACGGAGCCCGCCGAGTCCGGGTACTGCAAGTTCGACCTG
GAACTGAACGTTCTCGCGACGCCGGAGACCCTCTCCCTGCGCGTGGTCCACGGCACCGAG
GCGCTCGCCGAGGCGGACGCCCGGGCGCTGGTACGGCGCTATGACGCCCTGCTGTCCGGC
CTGGGTGAGGCGGCGGACCGGACCGTGGCGGAGATCGAGGTGGGCACCGACGCCGACCGC
ACCGCGCTGCGGACCGGGTACGAGGAGGCGGTCCGCGCCGGGGGGACGGCCGGGTTCGTG
GCCTCCGCCGGCGGCCGGGAGGCGCTGCCCGGCGTGCGCGGCGAGCTGTGCCTCGTGGCC
ACGTCCCGCCCCGCGGCCGACGACGGGCACGACGGCGCACACCCGCAGCACGGGCCCTAC
CGCCGCACCGGCGAACTGGCCCGCCGCGGCTACGACGGCACGCTGGAGATCCTCGGCCGG
GCGGACCGCCGGGTCACCGTCCACGGCGTCCCGGTTCAACTCGACCGCCTGGAGGCCCTG
TTGGCCTCGGAGGACGGCGTGCGGGCGGCGGCCGTGGTGCTGCGGAAGGGCGACGACACC
GACCCCGGCGGACTGGTCGCCTTCCTCGCCGCCCCCGACGACCCGCAGCTCCTGGACCGG
CTGCGCAAGCGCATCGGCGCCGAACTGCCGGCCGCCGCCGAACCGGGCTCCTTCGTGGTC
CTGGACGCGCTGCCCACGGCCGCCGACGGGCGGCCGGACCTCGCGGAGCTGGAGCGCCGG
GCCGCCGCCGGAGGGACCACCGGCGCCGATGACGCCGACGGGCAGCTGCTGGCGGACCTG
GTCGAGCTGTGGAACGACGTCCTGGAACGGGACGACGTCGGCCCGCAGGCCAACTTCTTC
GAGCTGGGCGGCCATTCCCTGCTCGCCGCGAAGGTGGCACAGCGCAGCGGCAAGCTGGCC
GGCGTACGGGTCAGGCTCGCCGACGTCTTCGCCAACCCGACCCCGCTCACCCTGGCCGAG
CATCTGCGCGCCGCCCGCGCCTGA
[8] C17..298
[8] A497..552
[8] PCP636..703
[8] C49..894
[8] A1489..1656
[8] PCP1906..2109

close this sectionFeature

BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR000873 AMP-dependent synthetase/ligase (Domain)
[496-552] 1.8e-07 PF00501
PF00501   AMP-binding
IPR001242 Condensation domain (Domain)
[17-298] 9.60000000000003e-42 PF00668
PF00668   Condensation
IPR009081 Acyl carrier protein-like (Domain)
[629-704] 1.89999859865864e-15 SSF47336
SSF47336   ACP_like
[632-705] 1.8e-20 G3DSA:1.10.1200.10
G3DSA:1.10.1200.10   ACP_like
[639-702] 4.1e-11 PF00550
PF00550   PP-binding
[636-703] PS50075
PS50075   ACP_DOMAIN
SignalP
[1-31] 0.151 Signal
Eukaryota   
TMHMM No significant hit
Strply_00030 Strply_00030   Strply_00050 Strply_00050
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