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Strply_00050 : CDS information

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Organism
StrainNRRL 2433 (=NBRC 13058)
Entry nameStreptolydigin
Contig
Start / Stop / Direction7,337 / 6,495 / - [in whole cluster]
7,337 / 6,495 / - [in contig]
Locationcomplement(6495..7337) [in whole cluster]
complement(6495..7337) [in contig]
TypeCDS
Length843 bp (280 aa)
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Category3.4 other modification
Productcyclase
Product (GenBank)hypothetical protein
Gene
Gene (GenBank)slgL
EC number
Keyword
  • tetramic acid moiety
Note
Note (GenBank)
Reference
ACC
PmId
[19875077] Deciphering biosynthesis of the RNA polymerase inhibitor streptolydigin and generation of glycosylated derivatives. (Chem Biol. , 2009)
[22569159] Novel compounds produced by Streptomyces lydicus NRRL 2433 engineered mutants altered in the biosynthesis of streptolydigin. (J Antibiot (Tokyo). , 2012)
[25621700] Discovery of a new family of Dieckmann cyclases essential to tetramic acid and pyridone-based natural products biosynthesis. (Org Lett. , 2015)
comment
[PMID:19875077]
streptolydigin生合成gene clusterの報告。

slgL: Unknown

上流ORFの挿入変異株の解析より、本ORFはstreptolydigin生産に関与する領域(PKS-NRPS system)に含まれることが示されている。

このORFについて機能解析はされていない。

---
[PMID:22569159]
slgN1, slgN2, slgL, slgO2遺伝子の配列解析及び欠損株を作製している。

いずれの欠損株からもstreptolydiginの生産はみられなかった。
欠損株への各遺伝子導入によるstreptolydigin生合成のrestoreも確認している。
また、中間体や誘導体の形成から、これらのORFはstreptolydigin生合成に関与する遺伝子であると示した。

また、配列解析によりSlgLは A4 adenylation core motifを保存しているためadenylation prossesに関与しているかもしれないと予測している。
A4 motif[FDxS] =>this ORF[FDPS]
SlgN1のA4 motifに相当する配列は [WDAF]
SlgN2のA4 motifに相当する配列は [FVAS]
SlgN1,SlgN2,SlgLでA domainの構成モチーフが揃うことから、これら3つのORFが複合体を形成しNRPSへの基質(beta-methylaspartic acid)の導入を行っていると予想している。

---
[PMID: 25621700]
遺伝子不活化と相補、合成類似物とのin vitro生化学アッセイ、点変異、系統樹解析から、TrdC, SlgL, LipX2, KirHI, FacHI が二次代謝の際にテトラミン酸とピリドンの部分の骨格形成を触媒するDieckmann cyclasesの新規familyであると導いている。主に実験に使用されているのはTrdCである。

slgL不活化mutantを作成し、相補での確認をしている。クローニングしたSlgLを用いて合成類似物とのin vitro生化学アッセイもしている。
Related Reference
ACC
F1DI35
PmId
[25621700] Discovery of a new family of Dieckmann cyclases essential to tetramic acid and pyridone-based natural products biosynthesis. (Org Lett. , 2015)
comment
BLAST id38%
Streptomyces sp. SCSIO1666
TrdC

遺伝子不活化と相補、合成類似物とのin vitro生化学アッセイ、点変異、系統樹解析から、TrdC, SlgL, LipX2, KirHI, FacHI が二次代謝の際にテトラミン酸とピリドンの部分の骨格形成を触媒するDieckmann cyclasesの新規familyであると導いている。

主に実験に使用されているTrdCのentry。

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selected fasta
>cyclase [hypothetical protein]
MNTSLNASDAPRAAAPAAPDGWKVLHDGGPGELVLAVDYASTGRRESSFFDIVPNLPADR
TVWETTQPALGQETEMGGAAYVARWMRAVTESGRYVRAVMGYCVGSVFAAALAEEIGRIQ
AEPPAVLMFDPSVPVSVNLRHDFCNVIDHYATILTEDEVVHCKAEAHRLFAEDDDFDRLG
ARYSRMFEEVVETAFVRSELDVELGRELSDTFVSFVRYLVAARQVDPSRVWARGTAVSSR
DSTPAADLAGREIQFDIDHLDILRDPGVGRAVTELLTAPR
selected fasta
>cyclase [hypothetical protein]
GTGAATACATCCCTGAACGCGTCGGACGCACCCCGTGCGGCGGCCCCCGCCGCCCCGGAC
GGCTGGAAGGTGCTCCACGACGGCGGCCCCGGCGAACTGGTGCTGGCCGTCGACTACGCC
TCCACCGGCCGGCGCGAGTCCAGCTTCTTCGACATCGTCCCCAACCTGCCCGCGGACCGG
ACCGTCTGGGAGACCACCCAGCCCGCGCTCGGGCAGGAGACCGAGATGGGCGGCGCCGCG
TACGTGGCCCGCTGGATGCGCGCGGTCACGGAGTCCGGCCGGTACGTCCGGGCCGTCATG
GGCTACTGCGTGGGCAGCGTCTTCGCGGCCGCGCTGGCCGAGGAGATCGGCCGGATCCAG
GCCGAGCCGCCCGCGGTGCTGATGTTCGACCCCTCCGTGCCGGTCTCGGTCAACCTCCGG
CATGACTTCTGCAACGTCATCGACCACTACGCGACCATCCTCACCGAGGACGAGGTCGTC
CACTGCAAGGCCGAGGCGCACCGGCTGTTCGCCGAGGACGACGACTTCGACCGGCTGGGG
GCGCGGTACTCCCGGATGTTCGAGGAGGTCGTGGAGACCGCCTTCGTCCGCAGCGAACTG
GACGTCGAGCTGGGCCGCGAACTGTCGGACACCTTCGTCTCCTTCGTCCGCTACCTGGTC
GCCGCCCGGCAGGTGGACCCCAGCCGCGTCTGGGCGCGGGGCACCGCCGTCAGCTCACGG
GACTCGACCCCGGCCGCCGACCTCGCCGGCCGCGAGATCCAGTTCGACATCGACCACCTC
GACATCCTCCGCGACCCCGGCGTCGGCCGGGCGGTGACCGAGCTGCTGACCGCTCCCCGC
TGA

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BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0 		No significant hit
SignalP
[1-7] 0.447 Signal
Bacteria, Gram-negative   
TMHMM No significant hit
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