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Strply_00060 : CDS information

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Organism
StrainNRRL 2433 (=NBRC 13058)
Entry nameStreptolydigin
Contig
Start / Stop / Direction8,672 / 7,392 / - [in whole cluster]
8,672 / 7,392 / - [in contig]
Locationcomplement(7392..8672) [in whole cluster]
complement(7392..8672) [in contig]
TypeCDS
Length1,281 bp (426 aa)
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Category3.2 modification methylation
Productputative methyltransferase
Product (GenBank)methyltransferase
Gene
Gene (GenBank)slgM
EC number
Keyword
Note
Note (GenBank)
Reference
ACC
PmId
[19875077] Deciphering biosynthesis of the RNA polymerase inhibitor streptolydigin and generation of glycosylated derivatives. (Chem Biol. , 2009)
[21398531] Biosynthesis of the RNA polymerase inhibitor streptolydigin in Streptomyces lydicus: tailoring modification of 3-methyl-aspartate. (J Bacteriol. , 2011)
comment
[PMID:19875077]
streptolydigin生合成gene clusterの報告。

上流ORFの挿入変異株の解析より、本ORFはstreptolydigin生産に関与する領域(PKS-NRPS system)に含まれることが示されている。

SlgMは、SAM-dependent methyltransferasesのドメインを持つグループに属する。
相同性よりmethyltransferasesと予測している。
Dimetyl-streptolydiginone ->streptolydiginone への反応に関与しているとしている。


[PMID:21395831]
tailoring modificationに関与するslgMの欠損株作製。
mutant株へのslgMの挿入でstreptolydigin生合成能が回復したことをみている。
また、slgM過剰発現株ではstreptolydigin生合成能が増加したことを確認している。

欠損株ではstreptolydigineおよび他の誘導体も検出されなかった(data not shown)ことから、SlgMのメチル化はすでに形成されたpolyketide骨格へのamino acid-NRPSの縮合を要求すると考察している。
SlgMの基質は、demethyl-streptolydiginoneではなく3-methyl-asparagine-NRPSが提案されている。
これにより生産される化合物に基づいて生合成経路の改変を提案もしている。

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selected fasta
>putative methyltransferase [methyltransferase]
MSEQRVPTHQPPSAPEPARGDHEGQTLNSFYGAFPYPWSPHQLTTLDDPAFYTRFLCQDV
GDDTGGRVPVDADIWVAGCGTNQALITALRFPGARVLGTDASENSLALCEANARSLGVSN
LTLRHEGLTKAAYREQFDYVLCTGVIHHNPDPSVCLRSLAAALRPDAVLELMVYNTYHRQ
EMIAFQKALTLIGIDQVGELPERLALARGLGESVPADGLLGRKMEMFEYTDEAAWADSWM
SPLEHSYSVEELAAMADGCGLALETPTVNAFDQVSDSNQWDVPVPDGELRARYDALPDPT
RWQLVNLLLMDRSPMLWFYLGRAGRPRRTEAERDRAFLDTVHRHSAARQRRWTRQPDGGY
QEAAATTAFPAAKPPAAVRPLYDAVDGERTIRQLLADLGATPTPAEVRSARLQLTSSQFP
FLVAAR
selected fasta
>putative methyltransferase [methyltransferase]
GTGTCCGAGCAGCGCGTACCGACGCACCAGCCCCCCAGCGCCCCCGAACCGGCGCGCGGG
GACCACGAGGGCCAGACCCTCAACTCCTTCTACGGTGCCTTCCCCTACCCCTGGTCGCCG
CACCAGCTGACCACGCTGGACGACCCGGCCTTCTACACCCGCTTCCTGTGCCAGGACGTG
GGCGACGACACGGGCGGCCGGGTCCCCGTCGACGCCGACATCTGGGTCGCCGGCTGCGGC
ACGAACCAGGCGCTGATCACCGCCCTGCGCTTCCCGGGCGCCCGCGTCCTGGGCACCGAC
GCCTCCGAGAACTCCCTCGCGCTGTGCGAGGCCAACGCCCGCAGCCTCGGCGTCAGCAAC
CTGACGCTCCGTCACGAGGGGCTGACGAAGGCCGCGTACCGCGAGCAGTTCGACTACGTC
CTGTGCACCGGCGTCATCCACCACAACCCGGACCCGTCGGTCTGTCTGCGGTCGCTGGCC
GCCGCCCTGCGGCCGGACGCCGTGCTGGAGCTGATGGTCTACAACACCTACCACCGCCAG
GAGATGATCGCCTTCCAGAAGGCGCTCACCCTGATCGGCATCGACCAGGTGGGGGAGCTG
CCCGAGCGGCTCGCGCTGGCCCGCGGGCTGGGGGAGTCCGTACCGGCCGACGGGCTGCTC
GGCCGCAAGATGGAGATGTTCGAGTACACCGACGAGGCGGCCTGGGCCGACAGTTGGATG
AGTCCCCTCGAACACAGCTACTCCGTCGAGGAGCTGGCGGCGATGGCGGACGGCTGCGGC
CTCGCCCTGGAGACGCCCACCGTCAACGCCTTCGACCAGGTCAGCGACAGCAACCAGTGG
GACGTCCCGGTGCCGGACGGCGAGCTGCGCGCCCGCTATGACGCGCTGCCGGACCCGACG
CGCTGGCAGCTGGTCAACCTGCTGCTGATGGACCGCTCGCCGATGCTGTGGTTCTACCTG
GGCCGGGCCGGCCGGCCGCGCCGCACCGAGGCCGAGCGCGACCGCGCGTTCCTGGACACC
GTGCACCGCCACAGCGCCGCCCGCCAGCGCCGCTGGACCCGGCAGCCGGACGGCGGCTAC
CAGGAGGCGGCGGCCACCACGGCCTTCCCCGCGGCCAAGCCGCCCGCCGCGGTCCGCCCC
CTGTACGACGCCGTCGACGGCGAGCGCACGATCCGGCAGCTGCTCGCGGACCTGGGTGCC
ACCCCCACCCCGGCCGAAGTGCGCAGCGCGCGGCTGCAATTGACGAGCAGTCAATTCCCG
TTCCTGGTCGCCGCCCGGTGA

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BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0 		No significant hit
SignalP No significant hit
TMHMM No significant hit
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