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Strply_00070 : CDS information

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Organism
StrainNRRL 2433 (=NBRC 13058)
Entry nameStreptolydigin
Contig
Start / Stop / Direction9,423 / 8,767 / - [in whole cluster]
9,423 / 8,767 / - [in contig]
Locationcomplement(8767..9423) [in whole cluster]
complement(8767..9423) [in contig]
TypeCDS
Length657 bp (218 aa)
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Category2.3 modification addition of sugar moiety
Productputative NDP-hexose epimerase
Product (GenBank)NDP-hexose-3,5-epimerase
Gene
Gene (GenBank)slgS7
EC number5.1.3.-
Keyword
  • L-rhodinose
Note
Note (GenBank)
Reference
ACC
PmId
[19875077] Deciphering biosynthesis of the RNA polymerase inhibitor streptolydigin and generation of glycosylated derivatives. (Chem Biol. , 2009)
comment
streptolydigin生合成gene clusterの報告。

上流ORFの挿入変異株の解析より、本ORFはstreptolydigin生産に関与する領域(PKS-NRPS system)に含まれることが示されている。

slgS7はdTDP-sugar-isomerases (Pfam00908)を持つORF。
D体→L体への異性化を触媒する5- or 3,5-epimerasesとして提案されている。
本ORFの機能解析はしていない。

streptolydigin誘導体を検出するためL-rhodinose biosynthesisに関与するslg3からslg7までの遺伝子同時欠損株(SLM7H13)を作製。
検出された2つの化合物(streptolydiginone,demethyl-streptolydiginone)の産生は、糖鎖形成の前にエポキシ化とメチル化が起こることを示した。
slg3-slg7を含むプラスミドの挿入によりstreptolydigin生合成能の回復を確認している。
Related Reference
ACC
Q9L9E5
PmId
[16514445] Characterisation of Streptomyces spheroides NovW and revision of its functional assignment to a dTDP-6-deoxy-D-xylo-4-hexulose 3-epimerase. (Chem Commun (Camb). , 2006)
comment
Streptomyces spheroides_novW

abstract:
vitroでのrecombinant Streptomyces spheroides NovWの特徴づけから、3,5-epimeraseではなく有意に3-epimerase活性のみを持つことが示唆される。

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selected fasta
>putative NDP-hexose epimerase [NDP-hexose-3,5-epimerase]
MRYRELSIEGGLLLSPDKITDSRGCFYEAYRPGELADHAGHPFTVAQTNFSVSAHGVLRG
IHGTLTPPGQAKIVTCHRGAVLDVIVDLRQGSPTFGRHQSQVLRAESGAAVYLAEGLGHA
FLALTDDTCVGYLCSTPFVPGTQIDLDPFDPDLAIDWGPAKDLHVSEKDRRAPGLAEAAR
SGLLPRYGDCLALYERLRRAADPSAPPDPGARTAAAPS
selected fasta
>putative NDP-hexose epimerase [NDP-hexose-3,5-epimerase]
ATGCGGTACCGCGAACTGAGCATCGAGGGCGGCCTGCTGCTGTCCCCCGACAAGATCACC
GACTCCCGCGGCTGCTTCTACGAGGCGTACCGGCCCGGTGAACTCGCCGACCACGCGGGC
CACCCCTTCACCGTCGCCCAGACCAACTTCTCCGTCTCGGCACACGGGGTGCTGCGCGGC
ATCCACGGCACGCTCACCCCGCCCGGCCAGGCCAAAATCGTCACCTGCCACCGGGGCGCC
GTACTGGACGTGATCGTCGACCTCCGCCAGGGGTCGCCCACCTTCGGCCGGCACCAGAGC
CAGGTGCTGCGTGCCGAGTCCGGCGCGGCCGTGTACCTCGCCGAGGGCCTGGGACACGCC
TTCCTCGCCCTCACCGACGACACCTGCGTGGGGTACCTGTGCTCCACCCCGTTCGTACCG
GGCACCCAGATCGACCTCGACCCCTTCGACCCGGACCTCGCCATCGACTGGGGACCGGCG
AAGGACCTGCACGTCTCGGAGAAGGACCGGCGGGCGCCCGGGCTCGCCGAGGCGGCGCGG
TCCGGGCTGCTGCCCCGCTACGGCGACTGCCTGGCGCTCTACGAGCGGCTCCGCCGGGCC
GCGGACCCTTCCGCGCCGCCGGACCCGGGCGCCCGGACCGCGGCGGCCCCCTCGTGA

close this sectionFeature

BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR000888 dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase-related (Family)
[4-177] 1.40000000000001e-49 PF00908
PF00908   dTDP_sugar_isom
[21-182] PD001462
PD001462   dTDP_sugar_isom
IPR011051 RmlC-like cupin domain (Domain)
[1-182] 6.39998633403535e-63 SSF51182
SSF51182   RmlC_like_cupin
IPR014710 RmlC-like jelly roll fold (Domain)
[1-189] 2.59999999999998e-57 G3DSA:2.60.120.10
G3DSA:2.60.120.10   RmlC-like_jellyroll
SignalP No significant hit
TMHMM No significant hit
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