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Strply_00090 : CDS information

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Organism
StrainNRRL 2433 (=NBRC 13058)
Entry nameStreptolydigin
Contig
Start / Stop / Direction11,742 / 10,720 / - [in whole cluster]
11,742 / 10,720 / - [in contig]
Locationcomplement(10720..11742) [in whole cluster]
complement(10720..11742) [in contig]
TypeCDS
Length1,023 bp (340 aa)
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Category2.3 modification addition of sugar moiety
Productputative NDP-hexose C-4 ketoreductase
Product (GenBank)NDP-4-keto-6-deoxyhexose reductase
Gene
Gene (GenBank)slgS5
EC number
Keyword
  • L-rhodinose
Note
Note (GenBank)
Reference
ACC
PmId
[19875077] Deciphering biosynthesis of the RNA polymerase inhibitor streptolydigin and generation of glycosylated derivatives. (Chem Biol. , 2009)
comment
streptolydigin生合成gene clusterの報告。

上流ORFの挿入変異株の解析より、本ORFはstreptolydigin生産に関与する領域(PKS-NRPS system)であることが示されている。

本ORFの機能解析はしていない。

streptolydigin誘導体を検出するためL-rhodinose biosynthesisに関与するslg3からslg7までの遺伝子同時欠損株(SLM7H13)を作製。
検出された2つの化合物(streptolydiginone,demethyl-streptolydiginone)の産生は、糖鎖形成の前にエポキシ化とメチル化が起こることを示した。
slg3-slg7を含むプラスミドの挿入によりstreptolydigin生合成能の回復を確認している。
Related Reference
ACC
O33708
NITE
Adria_00200
PmId
[9209071] Cloning and characterization of the Streptomyces peucetius dnmZUV genes encoding three enzymes required for biosynthesis of the daunorubicin precursor thymidine diphospho-L-daunosamine. (J Bacteriol. , 1997)
[10631513] A two-plasmid system for the glycosylation of polyketide antibiotics: bioconversion of epsilon-rhodomycinone to rhodomycin D. (Chem Biol. , 1999)
[9447597] Production of the antitumor drug epirubicin (4'-epidoxorubicin) and its precursor by a genetically engineered strain of Streptomyces peucetius. (Nat Biotechnol. , 1998)
comment
Streptomyces peucetius subsp. caesius
NDP-hexose C-4 ketoreductase(dnmV)
daunosamine生合成遺伝子

[PMID: 9209071]
dnmV: 4-keto基の還元

dnmV不活化mutant産物解析と相補による回復から、daunosamine生合成に関与することは確認されている。
dTDP-4-ketodeoxyhexulose ketoreductase機能の割り当ては配列解析に基づく。

[PMID: 10631513]
異種性ホストにおけるL-daunosamineの生合成と付着のための最少の情報は、dnmLMJVUTS genesによってコードされる。
dnmV とavrE and eryBIV genesの産物は、DNR and DXRに由来する4'-epimeric anthracyclinesの合成を通して、dTDP-4-ketohexulose reductasesであることが証明されている(ref26)。

↓そのref26
[PMID: 9447597]
S.peucetius dnmV mutantに、Streptomyces avermitilis avrE or Saccharopolyspora eryBIV genesを異種性に導入すると、epirubicin (4'-epidoxorubicin) and 4'-epidaunorubicinを形成。
Saccharopolyspora eryBIV = dTDP-4-keto-6-deoxy-L-hexose 4-reductase

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selected fasta
>putative NDP-hexose C-4 ketoreductase [NDP-4-keto-6-deoxyhexose reductase]
MTGREQRDAPGTARRVLVLGGSGFLGRHLTAAFHRAGWQVTAVSRSGEAGQPAGGPEPAA
RMLALDVPGADPGTLTEVLTRTAPHVVVNAAGAVWAASEEEMARGNVLLVDRLLTVLPRL
PRPPRLLQLGTVHEYGPPLGDGPVTEAAALRPVSGYGRTKARASEAVLGAARDGALEATV
LRISNAVGAGLPPASLLGGVAAALAAAPGDGAPAVLRLGPLTARRDFVDATDVAEAVVAA
AAAPAAVPVVNIGRGTSVAAGDLVRRLLAVSGRPAELVERQQPAAVPAAPGGTAYAQRLD
ITLARRALGWRPSRELDDSLRCLWLAAGDPPYASGRGARK
selected fasta
>putative NDP-hexose C-4 ketoreductase [NDP-4-keto-6-deoxyhexose reductase]
GTGACCGGCCGCGAGCAGCGGGACGCCCCCGGCACGGCCCGCCGCGTCCTGGTCCTGGGC
GGCAGCGGCTTCCTCGGCCGGCACCTCACCGCCGCCTTCCACCGCGCGGGCTGGCAGGTC
ACCGCCGTCTCCCGCTCGGGGGAGGCCGGGCAGCCGGCCGGCGGCCCGGAGCCGGCGGCG
CGCATGCTGGCGCTGGACGTGCCGGGTGCGGACCCCGGCACGCTGACCGAGGTCCTGACC
CGGACCGCCCCGCACGTCGTCGTCAACGCCGCGGGCGCGGTGTGGGCCGCGTCCGAGGAG
GAGATGGCCCGCGGCAACGTCCTCCTCGTCGACCGCCTGCTGACCGTCCTGCCGCGGCTG
CCCCGGCCGCCGCGGCTGCTCCAGCTCGGCACCGTCCACGAGTACGGACCGCCCCTGGGC
GACGGCCCGGTCACCGAGGCGGCGGCGCTGCGCCCGGTCTCCGGCTACGGACGGACCAAG
GCACGGGCGAGCGAGGCCGTGCTCGGCGCGGCGCGGGACGGCGCGCTGGAGGCGACGGTG
CTGCGCATCTCCAACGCCGTGGGCGCCGGACTGCCCCCGGCCAGCCTGCTGGGCGGGGTC
GCCGCGGCGCTGGCCGCGGCACCGGGCGACGGCGCCCCGGCCGTCCTGCGGCTCGGCCCG
CTGACCGCCCGCCGCGACTTCGTCGACGCCACCGACGTGGCCGAGGCCGTGGTCGCGGCC
GCCGCCGCGCCGGCCGCCGTACCCGTCGTGAACATCGGCCGGGGCACCTCGGTCGCCGCC
GGGGACCTGGTCCGGCGGCTGCTGGCGGTCAGCGGCCGGCCCGCCGAGCTCGTCGAACGG
CAGCAGCCGGCGGCCGTCCCGGCGGCACCGGGCGGCACCGCTTACGCACAGCGGCTCGAC
ATCACCCTCGCCCGCCGGGCACTGGGCTGGCGACCGAGCAGAGAACTGGACGACTCCCTG
CGGTGTCTGTGGCTCGCGGCCGGCGACCCGCCGTACGCGTCCGGCCGGGGCGCGAGGAAA
TGA

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BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR001509 NAD-dependent epimerase/dehydratase (Domain)
[16-253] 3.5e-37 PF01370
PF01370   Epimerase
IPR016040 NAD(P)-binding domain (Domain)
[14-217] 9.29999999999998e-25 G3DSA:3.40.50.720
G3DSA:3.40.50.720   NAD(P)-bd
SignalP
[1-31] 0.311 Signal
Bacteria, Gram-positive   
TMHMM No significant hit
Strply_00080 Strply_00080   Strply_00100 Strply_00100
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