Strply_00110 : CDS information

Location

Organism	Streptomyces lydicus
Strain	NRRL 2433 (=NBRC 13058)
Entry name	Streptolydigin
Contig	FN433113
Start / Stop / Direction	14,104 / 12,752 / - [in whole cluster] 14,104 / 12,752 / - [in contig]
Location	complement(12752..14104) [in whole cluster] complement(12752..14104) [in contig]
Type	CDS
Length	1,353 bp (450 aa)

Annotation

Category	2.3 modification addition of sugar moiety
Product	putative NDP-hexose 2,3-dehydratase
Product (GenBank)	NDP-hexose-2,3-dehydratase
Gene
Gene (GenBank)	slgS3
EC number
Keyword	L-rhodinose
Note
Note (GenBank)
Reference	ACC D1GLT9 PmId [19875077] Deciphering biosynthesis of the RNA polymerase inhibitor streptolydigin and generation of glycosylated derivatives. (Chem Biol. , 2009) comment streptolydigin生合成gene clusterの報告。上流ORFの挿入変異株の解析より、本ORFはstreptolydigin生産に関与する領域(PKS-NRPS system)であることが示されている。本ORFの機能解析はしていない。 streptolydigin誘導体を検出するためL-rhodinose biosynthesisに関与するslg3からslg7までの遺伝子同時欠損株(SLM7H13)を作製。検出された2つの化合物(streptolydiginone,demethyl-streptolydiginone)の産生は、糖鎖形成の前にエポキシ化とメチル化が起こることを示した。 slg3-slg7を含むプラスミドの挿入によりstreptolydigin生合成能の回復を確認している。
Related Reference	ACC Q9ZA32 NITE Grana_00210 PmId [9831526] The granaticin biosynthetic gene cluster of Streptomyces violaceoruber Tu22: sequence analysis and expression in a heterologous host. (Chem Biol. , 1998) comment ORF27: dTDP-4-keto-6-deoxyglucose-2,3-dehydratase -- [Pubmed登録なし]Mechanism of the 2-Deoxygenation Step in the Biosynthesis of the Deoxyhexose Moieties of the Antibiotics Granaticin and Oleandomycin. J. Am. Chem. Soc. 1999/abst gra-orf27 or Tu99-orf10 + dTDP-4-keto-6-deoxyglucose → dTDP + maltol 明らかに酵素反応は不安定な化合物を産生しており、たぶんdTDP-3,4-diketo-2,6-dideoxyglucoseまたはその2,3-enolで、dTDPの容易な除去を起こす。 Gra-orf26 + dTDP-4-keto-6-deoxyglucose + NAD(P)H → 反応なし Gra-orf26 + dTDP-4-keto-6-deoxyglucose + NAD(P)H + Gra-orf27 → dTDP-4-keto-2,6-dideoxyglucose Gra-orf27をTu99-orf10で、Gra-orf26をTu99-orf11で置き換えても同じ産物を得た。(Tu99 genesはoleandomycin生合成genes) NADPHがbetterな還元剤だが、NADHでも代わりできる。 Gra-orf27 または Tu99-orf10は、dTDP-4-keto-6-deoxyglucose 2,3-dehydratasesとして働き、 dTDP-4-keto-6-deoxyglucose → dTDP-3,4-diketo-2,6-dideoxyglucoseへ変換する。 dTDP-3,4-diketo-2,6-dideoxyglucoseは3-ketoreductasesであるGra-orf26 または Tu99-orf11 によって還元的に捕獲され、dTDP-4-keto-2,6-dideoxyglucoseを与える。
Related Reference	ACC Q9ALN6 NITE Spino_00070 PmId [18345667] In vitro characterization of the enzymes involved in TDP-D-forosamine biosynthesis in the spinosyn pathway of Saccharopolyspora spinosa. (J Am Chem Soc. , 2008) comment Saccharopolyspora spinosa_spnO Probable NDP-hexose-2,3-dehydratase SpnOはforosamine合成の初期段階でNDP-4-keto-6-deoxy-glucoseの2,3位の脱水反応を行う。 dTDP-4-keto-6-deoxy-D-glucose 2,3-dehydratase_SpnO dTDP-D-glucose, RfbB(dTDP-D-glucose→dTDP-4-keto-6-deoxy-D-glucose), and either NADH or NADPHと一緒にSpnO and SpnNをインキュベートし、NAD(P)Hの消費量をフォローしてtandem reactionを測定。SpnO or SpnNのどちらかを欠いた場合、消費が見られなかった。 dTDP-3,4-diketo-2,6-dideoxy-D-glucoseは不安定で急速にdTDP and maltol に分解してしまうため、SpnOのみの触媒効率は定量できていない。 -- SpnNはdTDP-3,4-diketo-2,6-dideoxy-D-glucose 3-ketoreductaseであることが他で報告されている。

Sequence

>putative NDP-hexose 2,3-dehydratase [NDP-hexose-2,3-dehydratase]
MTTTAVPPRAPAFQEWFEARKAAHEHRVRPLALDRLDGWRFHEDTGNLVHRSGRFFTVEG
LRTYVGEEGRARWSQPVIVQPETGILGILVKRFGTVPYCLMQAKMEPGNINTLQLSPTVQ
ATRSNYTRVHQGNRVPYLEHFTAPRRGRVLLDVLQSEQGAWFLGKRNRNMIVEVEPDEDV
PVLDDFRWVELAELRSLLHTDNLVNMDSRTVLSGMPPTPPAAGTAGTDGFFRPAPDGRAR
HDTAYLRSWFTEARTANPLVQRRVPLADLADWEYRDGRLAHRQGGPFTVIGVDVEAGGRE
VPHWTQPMVAPTGRGLAAFLVRRLDGVPHVLVKAHTEPGTFDAVEMGPTVQCFPGRDDRD
DPAERPPYLDRIRTAPPSAVRFDAVHSEEGGRFHHAETRYVIAEAGPDAERDVPDTHVWM
TVEQLTGFVRCGGHVNVEARSLLACLHTLG

>putative NDP-hexose 2,3-dehydratase [NDP-hexose-2,3-dehydratase]
ATGACCACCACCGCCGTCCCGCCGCGGGCGCCCGCCTTCCAGGAGTGGTTCGAGGCCCGC
AAGGCCGCCCACGAGCACCGGGTACGGCCCCTCGCGCTGGACCGGCTCGACGGCTGGCGG
TTCCACGAGGACACCGGGAACCTCGTCCACCGCAGCGGCCGGTTCTTCACGGTCGAGGGG
CTCCGGACGTACGTCGGCGAAGAGGGCCGGGCCCGCTGGAGCCAGCCGGTCATCGTGCAG
CCGGAGACCGGCATCCTCGGCATCCTCGTCAAGCGGTTCGGGACGGTGCCGTACTGCCTG
ATGCAGGCGAAGATGGAGCCGGGCAACATCAACACGCTGCAGCTCTCGCCGACCGTCCAG
GCCACCCGCAGCAACTACACCCGCGTCCACCAGGGCAACCGCGTCCCCTACCTGGAGCAC
TTCACCGCGCCCCGCCGCGGCCGGGTCCTGCTGGACGTCCTGCAGTCCGAACAGGGCGCG
TGGTTCCTCGGCAAGCGCAACCGCAACATGATCGTCGAGGTGGAACCGGACGAGGACGTG
CCCGTCCTGGACGACTTCCGGTGGGTCGAACTGGCCGAACTCCGCTCCCTGCTGCACACC
GACAACCTCGTCAACATGGACTCCCGCACCGTCCTGTCCGGCATGCCGCCGACCCCACCG
GCCGCCGGAACGGCCGGGACCGACGGCTTCTTCCGGCCCGCGCCCGACGGCCGCGCACGG
CACGACACCGCGTATCTGCGCAGCTGGTTCACCGAGGCCCGGACCGCGAACCCCCTGGTG
CAGCGCCGGGTTCCGCTGGCGGACCTGGCCGACTGGGAGTACCGCGACGGGCGCCTCGCG
CACCGGCAGGGCGGCCCGTTCACCGTCATCGGTGTCGACGTCGAGGCCGGCGGCCGTGAG
GTGCCGCACTGGACCCAGCCCATGGTGGCCCCCACGGGCCGTGGACTGGCCGCCTTCCTC
GTCCGGCGGCTCGACGGCGTGCCGCATGTGCTGGTCAAGGCCCACACCGAGCCCGGCACC
TTCGACGCGGTGGAGATGGGCCCGACCGTGCAGTGCTTCCCCGGCCGGGACGACCGGGAC
GACCCCGCCGAACGGCCCCCGTACCTGGACCGGATCCGCACCGCCCCGCCGTCCGCCGTG
CGCTTCGACGCCGTGCATTCCGAGGAGGGCGGACGCTTCCACCACGCCGAGACCCGCTAT
GTGATCGCCGAGGCCGGCCCGGACGCGGAGCGCGACGTGCCGGACACCCACGTGTGGATG
ACGGTGGAACAACTCACCGGGTTCGTCCGCTGCGGCGGCCACGTCAATGTCGAAGCCCGC
AGCCTGCTGGCGTGCCTGCACACCCTGGGATGA

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR005212 NDP-hexose 2,3-dehydratase (Domain) PF03559 Hexose_dehydrat
SignalP	Bacteria, Gram-positive
TMHMM	No significant hit

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