Strply_00120 : CDS information

Location

Organism	Streptomyces lydicus
Strain	NRRL 2433 (=NBRC 13058)
Entry name	Streptolydigin
Contig	FN433113
Start / Stop / Direction	15,342 / 14,101 / - [in whole cluster] 15,342 / 14,101 / - [in contig]
Location	complement(14101..15342) [in whole cluster] complement(14101..15342) [in contig]
Type	CDS
Length	1,242 bp (413 aa)

Annotation

Category	3.3 modification reduction
Product	putative cytochrome P450
Product (GenBank)	cytochrome P450
Gene
Gene (GenBank)	slgO2
EC number
Keyword
Note
Note (GenBank)
Reference	ACC D1GLU0 PmId [19875077] Deciphering biosynthesis of the RNA polymerase inhibitor streptolydigin and generation of glycosylated derivatives. (Chem Biol. , 2009) [22569159] Novel compounds produced by Streptomyces lydicus NRRL 2433 engineered mutants altered in the biosynthesis of streptolydigin. (J Antibiot (Tokyo). , 2012) comment [PMID:19875077] streptolydigin生合成gene clusterの報告。上流ORFの挿入変異株の解析より、本ORFはstreptolydigin生産に関与する領域(PKS-NRPS system)であることが示されている。 SlgO1,SlgO2はcytochrome P450と相同性あり O2 binding site、及びC末にheme binding domainを保存している。 cytochrome P450によるepoxide groupの導入後、SlgMによるN-メチル化が起こると推測している。本ORFの機能解析実験はされていない。 [PMID:22569159] SlgN1, SlgN2, SlgL, SlgO2遺伝子の欠損株を作製し、機能同定を行っている。 slgO2欠損株の培養抽出液をUPLCで検出(360nm)すると、streptolydiginや他の中間体のいずれも示さなかった。slgO2 geneの挿入でstreptolydigin生産は回復した。したがって、SlgO2はstreptolydigin生合成に関与する遺伝子だとしている。 slgO2欠損株において生産されたstreptolydigin analogの構造から、SlgO2はstreptolydiginの中で二環式ケタールの形成に関与していると考えられた。また、TrdI,TamI(tetramic acid tirandamycin生合成においてoxidative modificationに関与するcytochromes P450)との相同性はSlgO1よりもSlgO2の方が低い。さらに、slgO2欠損株ではtrdI,tamI欠損株で生産されたようなoxidative modificationを欠いた中間体を生産しない。以上より、SlgO2がstreptolydigin 二環式ケタール形成のための酸化的反応に関与し、SlgO1がstreptolydigin eposide moietyに関与すると推測している。
Related Reference	ACC P33271 PmId [1732208] Characterization of Saccharopolyspora erythraea cytochrome P-450 genes and enzymes, including 6-deoxyerythronolide B hydroxylase. (J Bacteriol. , 1992) comment Saccharopolyspora erythraea_CYP107B1 Cytochrome P450 107B1(EC 1.14.-.-) orf405に相当するentry. catalytically active cytochrome P-450 fractionより、majorなものとminorな種類の P-450 を精製し、各々の遺伝子orf405(major) とeryF(minor)の遺伝子をクローニングしている。また、各々の遺伝子をE. coliで発現させて活性を調べ、EryFは6-deoxyerythronolide B hydroxylase activityを持つのに対して、Orf405は6-deoxyerythronolide B hydroxylase activityを持たないこと、EryF, Orf405共に弱いながらも7-ethoxycoumarinのO-dealkylation活性を持つことが示されている。

Sequence

>putative cytochrome P450 [cytochrome P450]
MSERTPVADAFGDADFMQDPHAVYRRLREQGPVHRTTLPKGVPLFGGLPVWVVSTYSAVR
AALTDPRLSTDLKHTSALFARHGTDTAGGAFGAVLARHMLHSDQPDHTRLRKLVNKAFTP
GAVDRLRPRIEDITSGLLDAMKGREQVDLLEEFAFPLPVTVICELLGVPEADRADFTRWS
QRLVSGPSAEEVAAAQASMVGYLTELTAAKRAEPQDDILSALVQARDEGDRLADSELVPM
AFLLLVGGHETTTNLIGNGTLHLLRDRTKLRALLDDPALLPNAVEEFLRFEGPIKHATFR
YTTDEVEVDGVRIPAGELVLVSLVSANRDGERFTDPDRLDLTRAPGGNLAFGHGIHYCVG
APLARLEAQIAFRQLLERYPDMELAAEPAELYWRASTLMRGLHSLPVRLGGGG

>putative cytochrome P450 [cytochrome P450]
ATGAGCGAGCGGACACCGGTCGCGGACGCCTTCGGCGACGCCGACTTCATGCAGGACCCG
CACGCGGTCTACCGGCGGCTGCGCGAGCAGGGCCCGGTGCACCGCACCACGCTCCCCAAG
GGCGTACCGCTCTTCGGCGGGCTGCCGGTGTGGGTGGTCAGCACGTACTCCGCGGTGCGG
GCCGCGCTGACCGACCCCCGGCTGAGCACCGACCTCAAACACACCAGCGCGCTGTTCGCC
CGGCACGGCACCGACACCGCCGGCGGCGCGTTCGGCGCGGTGCTCGCCCGGCACATGCTC
CACTCCGACCAGCCGGACCACACCCGGCTGCGCAAACTGGTCAACAAGGCGTTCACCCCG
GGCGCCGTGGACCGGCTGCGGCCGCGCATCGAGGACATCACCAGCGGCCTGCTGGACGCC
ATGAAGGGGCGCGAACAGGTCGACCTGCTGGAGGAGTTCGCCTTCCCGCTGCCGGTCACC
GTCATCTGCGAACTGCTCGGCGTCCCCGAGGCCGACCGGGCCGACTTCACGCGCTGGTCC
CAGCGCCTGGTCTCCGGCCCCTCCGCCGAGGAGGTCGCCGCCGCCCAGGCGTCGATGGTC
GGCTACCTGACCGAGCTGACCGCGGCCAAGCGCGCCGAGCCGCAGGACGACATCCTCAGC
GCCCTGGTCCAGGCCCGCGACGAGGGCGACCGCCTCGCCGACAGCGAACTGGTCCCGATG
GCGTTCCTGCTGCTGGTCGGCGGACACGAGACGACCACCAACCTGATCGGCAACGGCACC
CTCCATCTGCTGCGCGACCGCACCAAGCTGCGTGCCCTGCTCGACGATCCGGCCCTGCTG
CCCAACGCGGTCGAGGAGTTCCTGCGGTTCGAAGGGCCCATCAAGCACGCCACGTTCCGG
TACACCACCGACGAGGTCGAGGTGGACGGCGTCCGCATCCCCGCCGGGGAACTGGTCCTC
GTTTCACTGGTGTCCGCCAATCGCGACGGCGAGCGCTTCACCGACCCGGACCGGCTCGAC
CTGACCCGCGCGCCCGGCGGCAACCTGGCCTTCGGCCACGGCATCCACTACTGCGTCGGC
GCGCCCCTCGCCCGCCTCGAAGCGCAGATCGCCTTCCGCCAACTCCTTGAACGCTACCCG
GACATGGAGCTGGCGGCCGAGCCGGCCGAGCTGTACTGGCGGGCCAGCACCCTGATGCGG
GGCCTGCACTCGCTGCCCGTCCGCCTCGGGGGCGGCGGATGA

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR001128 Cytochrome P450 (Family) G3DSA:1.10.630.10 Cyt_P450 SSF48264 Cytochrome_P450 PF00067 p450 IPR002397 Cytochrome P450, B-class (Family) PR00359 BP450 IPR017972 Cytochrome P450, conserved site (Conserved_site) PS00086 CYTOCHROME_P450
SignalP	No significant hit
TMHMM	No significant hit

Strply_00110 Strply_00130