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Strply_00200 : CDS information

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Organism
StrainNRRL 2433 (=NBRC 13058)
Entry nameStreptolydigin
Contig
Start / Stop / Direction25,845 / 24,496 / - [in whole cluster]
25,845 / 24,496 / - [in contig]
Locationcomplement(24496..25845) [in whole cluster]
complement(24496..25845) [in contig]
TypeCDS
Length1,350 bp (449 aa)
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Category2.1 modification addition of extender units
Productputative glutamate mutase E chain
Product (GenBank)glutamate mutase-E chain
Gene
Gene (GenBank)slgE2
EC number
Keyword
Note
Note (GenBank)
Reference
ACC
PmId
[19875077] Deciphering biosynthesis of the RNA polymerase inhibitor streptolydigin and generation of glycosylated derivatives. (Chem Biol. , 2009)
[21665968] Amino acid precursor supply in the biosynthesis of the RNA polymerase inhibitor streptolydigin by Streptomyces lydicus. (J Bacteriol. , 2011)
comment
[PMID:19875077]
streptolydigin生合成gene clusterの報告。
本ORF上流の挿入変異株の解析より、本ORFはstreptolydigin生産に関与する領域であることが示されている。
SlgE1, SlgE2, SlgE3は、NRPSの基質であるbeta-methylaspartic acidの生合成に関与すると考えられている。
SlgE1, SlgE2でglutamate mutase systemを構成していると示唆している。


[PMID:21665968]
SlgE1-SlgE2 はglutamateを3-methylaspartateにするglutamate mutaseのtwo subunit。

SlgE1-SlgE2 不活性株へのSlgE1-SlgE2導入によりstreptolydigin生産能が回復したこと、SlgE1,SlgE2過剰発現株を作製し、WT株と比較しstreptolydigin生産能があがったことからstreptolydigin生合成に関与すると示した。

SlgE1-SlgE2不活性化株は、3-methylaspartateに変わってglutamateから誘導されるstreptolydigin Bとstreptolydigin Cを生産。
streptolydigin Bは、ammonia-dependent 3-methylasparagine synthetase slgZに影響を受ける。これは、streptolydigin NRPSが streptolydiginまたはstreptolydiginB生合成の基質として3-methylaspartateの代わりにglutamateも許容する柔軟性があると考察している。
また、amidationやmethylationにより tetramic lateral side chainを修飾するstreptolydigin Cの生産は、amidating,methylating glutamyl-NRPS,glutaminyl-NRPS中間体に対してのSlgZやSlgMの柔軟性があると考察している。
Related Reference
ACC
Q7X543
PmId
[12543643] A glutamate mutase is involved in the biosynthesis of the lipopeptide antibiotic friulimicin in Actinoplanes friuliensis. (Antimicrob Agents Chemother. , 2003)
comment
Actinoplanes friuliensis
Glutamate mutase subunit B(glmB)

active enzymeは2つのsubunit GlmA ,GlmBから成る。
異種性発現、disruption mutagenesisあり。

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selected fasta
>putative glutamate mutase E chain [glutamate mutase-E chain]
MTVEFRVPSHTAEDGTAGNSTGFGEFVRHRAASGELVVQPRMGFSDPARMRAGLLATRRA
AATTVGTLTVDSYTRVGDLAAARDALRAGIALNGYPLATHPRETTAQVLAGIAADDFPVQ
VRHGSADPGHIFTALTAAGLSATEGGPVSYCLPYGRTPLEKSVDSWARCCEDFAEPRRPG
VRPHLETFGGCMLGQLCPPGQLVALSVLEALFFHRHGVRSISVSYAQQSHPGQDREAVRA
LRVLCARLLPDADVHIVVYAYMGLFPQTADGARALLGEATRLARATGAERLIVKTEAEAD
RIPTVAENVAALEHAARTARRHRAEAPAGADDDSQVHAEAYALIDAVLNAAPDIGRALVQ
AFKRGLLDIPYCLHPDNAGRSRSYLDRDGRLRWADVGSLPLAPLVGAGRSRPVTSGELMS
ALSYVRRTFDGDPYGELRGRPRGKAVEDR
selected fasta
>putative glutamate mutase E chain [glutamate mutase-E chain]
ATGACCGTCGAATTCCGTGTTCCGTCGCACACGGCGGAAGACGGGACGGCCGGTAATTCC
ACCGGCTTCGGCGAGTTCGTACGCCACCGGGCCGCATCCGGCGAACTCGTCGTCCAACCG
CGCATGGGATTCAGCGATCCCGCGCGGATGCGGGCCGGACTGCTGGCCACCCGGCGCGCC
GCGGCCACCACCGTGGGCACCCTCACCGTCGACAGCTACACCCGCGTCGGCGACCTGGCG
GCGGCCCGCGACGCCCTGCGCGCGGGCATCGCGCTCAACGGCTACCCCCTCGCGACGCAC
CCACGGGAGACCACCGCGCAGGTCCTCGCGGGCATCGCGGCCGACGACTTCCCCGTACAG
GTCCGGCACGGCTCGGCTGATCCCGGCCACATCTTCACCGCCCTGACCGCCGCCGGGCTC
TCGGCGACCGAGGGCGGACCGGTCTCCTACTGCCTGCCCTACGGCCGCACGCCGCTGGAG
AAGTCCGTCGACAGCTGGGCGCGGTGCTGCGAGGACTTCGCCGAACCGCGGCGGCCGGGC
GTACGGCCGCACCTGGAGACCTTCGGCGGCTGCATGCTCGGGCAGCTGTGCCCGCCCGGC
CAGCTGGTGGCGCTCAGCGTCCTGGAGGCGCTGTTCTTCCACCGCCACGGCGTGCGCAGC
ATTTCGGTGAGCTACGCCCAGCAGAGCCACCCCGGCCAGGACCGGGAGGCGGTCCGGGCG
CTGCGCGTCCTGTGCGCGCGGCTGCTGCCCGACGCGGACGTGCACATCGTGGTCTACGCC
TACATGGGTCTGTTCCCGCAGACCGCGGACGGCGCCCGGGCGCTGCTCGGCGAGGCCACG
CGGCTGGCCCGGGCCACCGGAGCCGAACGGCTCATCGTCAAGACCGAGGCCGAGGCCGAC
CGCATCCCCACGGTCGCCGAGAACGTCGCCGCGCTGGAACACGCGGCCCGCACCGCCCGC
CGCCACCGCGCGGAGGCCCCGGCCGGCGCCGACGACGACTCCCAGGTGCACGCCGAGGCG
TACGCCCTCATCGACGCGGTGCTCAACGCCGCGCCGGACATCGGCCGGGCCCTGGTGCAG
GCGTTCAAGCGCGGGCTGCTGGACATCCCCTACTGCCTCCACCCGGACAACGCCGGCCGC
AGCCGGAGCTATCTGGACCGCGACGGCCGGCTGCGCTGGGCCGACGTCGGTTCGCTCCCG
CTGGCCCCGCTGGTCGGGGCCGGCCGCAGCCGGCCGGTCACCTCCGGCGAGCTGATGAGT
GCCCTGTCCTATGTGCGCCGCACCTTCGACGGCGACCCGTACGGCGAGCTGCGCGGGCGC
CCGCGCGGAAAGGCGGTCGAAGACCGATGA

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BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR006396 Glutamate mutase, E subunit (Family)
[1-442] PIRSF001495
PIRSF001495   Met_asp_mut_epsi
[22-405] 2.39999999999997e-102 PF06368
PF06368   Met_asp_mut_E
IPR014348 Cobalamin (vitamin B12)-dependent enzyme, catalytic subdomain (Domain)
[20-380] 2.39999999999997e-105 G3DSA:3.20.20.240
G3DSA:3.20.20.240   Cobalamin-dep_enz_cat
IPR016176 Cobalamin (vitamin B12)-dependent enzyme, catalytic (Domain)
[16-442] 4.50001022902825e-111 SSF51703
SSF51703   Cbl-dep_enz_cat
SignalP No significant hit
TMHMM No significant hit
Strply_00190 Strply_00190   Strply_00210 Strply_00210
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